biopython - 如何使用for循环获得两个原子之间的距离？

Question

我有一个 PDB 结构。该结构有 13 个残基。我必须使用 for 循环找到两个原子之间的距离（只有 C、O、N、S）。首先，我必须找到第一个和第二个残基之间的距离。在第一个和第三个残留物之后。直到第一个和第 13 个残留物，依此类推。如何使用 for 循环编写 python 脚本？

Answer 1

使用 xyz 坐标，您可以计算每个原子之间的距离。首先，您必须解析 PDB 文件并存储坐标。然后只需遍历原子列表（对于 list_of_atoms 中的原子）并计算它们之间的欧几里德距离..

http://en.wikipedia.org/wiki/Euclidean_distance#Three_dimensions

Biopython 的 Bio.PDB 模块也可以很容易地进行这样的计算。