biopython - 如何使用 Biopython 运行 clustalw

Question

我使用的是 Windows 7。我已经安装了 python 2.7 和 Biopython 1.57。我创建了以下脚本：

from Bio.Clustalw import MultipleAlignCL 
cl = MultipleAlignCL("myseqs.fasta") 
print("Command line: %s"%cl) 
clpath="C:\Program Files\ClustalW2\clustalw2.exe" 
cl = MultipleAlignCL("myseqs.fasta",command=clpath) 

from Bio.Clustalw import do_alignment align = do_alignment(cl) 

但我收到一条错误消息。

Answer 1

这是一个措辞不当的问题——细节在哪里？

您是否能够在命令行中手动安装和运行 ClustalW？什么版本？您尝试了哪个版本的 Biopython？您使用的是哪个操作系统（这会产生很大的不同）？您收到了哪些错误消息？

您是否尝试过 Biopython 教程中运行 ClustalW 的示例？http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html或http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.pdf