python - How to solve IOError: [Errno 2] No such file or directory: in Biopython?

Question

I am trying to parse a fasta file in Biopython using the following code.How can I solve this error?

from Bio import SeqIO
handle = open("C:/Users/Desktop/kk.fasta", "rU")



File "<pyshell#19>", line 1, in <module>
IOError: [Errno 2] No such file or directory: 'kk.fasta'

I am getting the above error. But my file is already there. I am using windows7 OS , python 2.7 and Biopython 1.57. Any suggestions please.

Answer 1

尝试：

import os
print os.path.isfile(r"C:\Users\Desktop\kk.fasta")

如果输出为真，可以尝试替换原代码中的字符串，看看是否有效。如果没有，请确保路径中没有拼写错误。

小的r意味着生的。它将全部转义\以\\确保路径有效（\n 不会成为换行符）

Answer 2

你的路径是错误的。

打开资源管理器并放入此路径：

c:\Users\

这可能会帮助您更正路径。用户下面的下一个目录将是用户名或默认值，而不是桌面。