问题标签 [trilinos]

我正在尝试调用 SANDIA 的 zoltan 并执行负载平衡当我将 zoltan 库作为独立的静态库链接时它工作正常，但是当我链接到 Trillinos 下的同一个库时（不是我的偏好，根据集群管理员）。它给出了以下错误：

即使是创建 zoltan 函数的第一步也失败了。任何帮助表示赞赏。

我一直在尝试zoltan2使用 cmake 构建，但出现以下错误：

CMAKE_MODULE_PATH包括TribitsConstants存在但错误仍然存​​在的目录。

CMAKE_MODULE_PATH='/home/invinciblycool/Documents/SEM5/pdc_lab/Trilinos-trilinos-release-12-12-1/packages/zoltan2/src;/home/invinciblycool/Documents/SEM5/pdc_lab/Trilinos-trilinos-release-12 -12-1/packages/zoltan2/src/cmake;/home/invinciblycool/Documents/SEM5/pdc_lab/Trilinos-trilinos-release-12-12-1/packages/zoltan2/src/cmake/tribits/core/utils； /home/invinciblycool/Documents/SEM5/pdc_lab/Trilinos-trilinos-release-12-12-1/packages/zoltan2/src/cmake/tribits/core/package_arch/;/home/invinciblycool/Documents/SEM5/pdc_lab/Trilinos -trilinos-release-12-12-1/packages/zoltan2/src/cmake/tribits/core/config_tests;/home/invinciblycool/Documents/SEM5/pdc_lab/Trilinos-trilinos-release-12-12-1/packages/ zoltan2/src/cmake/tribits/核心/模块；/home/invinciblycool/Documents/SEM5/pdc_lab/Trilinos-trilinos-release-12-12-1/packages/zoltan2/src/cmake/tribits/core/installation'

我正在尝试使用 clang-cl 编译一个大型线性代数包 Trilinos。我配置它

我得到如下所示的错误。我是否需要通过 clang-cl 一些标志才能在包含路径中有 time.h ？让其他类型正确？

谢谢.....约翰卡里

我几个月前下载了 FiPy，本周我决定测试它的并行功能。所以我尝试运行我从github获得的mesh1D.py 示例

$ mpirun -np 2 python 示例/diffusion/mesh1D.py

弹出两个查看器，每个查看器都按预期解决了一半的问题。第一个问题完成后（显式瞬态扩散），它要求我按回车键继续。

True
True
Explicit 瞬态扩散。按 <'return> 继续...显式瞬态扩散。按 <'return> 继续...

但是当我按下回车键时什么也没有发生。我对并行编程知之甚少，但是两个处理器都要求按return是否正常？这部分代码不应该只由一个核心处理吗？
一些额外信息：如果我不使用 mpi，mesh1D 示例可以正常工作。我也运行了parallel.py 测试，它工作正常。

我正在使用 python 2.7.14、Trilinos 12.12.1、FiPy 3.2 和 mpi4py 3.0.0

我目前正在尝试使用 fipy 模拟围绕圆柱形障碍物流动的悬浮液。因为我使用的是精细网格并且我的方程非常复杂，所以模拟需要很长时间才能收敛。这就是为什么我想并行运行它们。但是，当我这样做时，程序会继续使用越来越多的内存，直到 Linux 最终杀死它（在我使用 4 个处理器时大约 3 小时后）。更重要的是：即使我只使用一个处理器，trilinos 也会增加内存使用量。例如，当我运行此示例时（首先将扫描次数从 300 更改为 5,000）：

python stokesCavity.py --trilinos -> 内存使用量在 10 分钟内从 638M 变为
958M python stokesCavity.py --pysparse -> 内存使用量在 10 分钟内从 616M 变为 635M

我在这里看到有人之前报告过类似的问题，但我找不到解决方案。任何帮助，将不胜感激。

一些信息：我正在使用 Trilinos 12.12.1（针对 swig 3.0 编译）和 fipy 3.2。

在过去的几天里，我尝试在我的 Ubuntu 16.04 系统上安装 Dakota v. 6.10。根据将库包含到我的代码中的 dakota.6.10 用户手册，其工作方式如下：

当我尝试编译时，g++ 编译器抛出以下错误：

“/usr/local/dakota/include/Teuchos_as.hpp 在行中。438: 未定义对 `Teuchos::TestForException_incrThrowNumber() 的引用”

多行出现相同的错误：第 438、443、448、553、563、570 行

在 Teuchos_as.hpp 中，Test_For_Exception() 方法被多次使用，但仅在上述行内引用未定义。

在 cmake 安装期间，已找到以下包和库：

我尝试在外部安装 trilinos-library，然后将其链接到 dakota cmake 安装。虽然这会在安装过程中引起其他问题。在这种情况下，我使用了 dakota.6.10.src 安装目录附带的 trilinos/teuchos 包。

您能否就如何解决此问题给我任何建议。是否可能需要设置其他全局参数才能使包含正常工作？

*** 控制台错误输出*** 方法“Test_For_Exception()”的所有其他调用的类似输出

这些是头文件，我排除了所有不必要的代码部分，错误行适合调用“Test_For_Exception”的行。

*** Teuchos_as.hpp***

*** Teuchos_Assert.hpp***

*** Teuchos_TestForException.hpp***

我正在尝试从依赖 hdf5的源trilinos进行编译。如本指南中所述，如有必要，可以为 hdf5 配置并行支持，我通过传递HDF5_ENABLE_PARALLEL=ON给 cmake 来做到这一点。我在这里发现一些选项与并行支持不兼容（例如线程安全），所以我禁用了它们。这是cmake的输出：

然而，当我编译 trilinos 时，我得到了类似的编译错误 error: use of undeclared identifier 'H5Pset_fapl_mpio'; did you mean 'H5Pset_fapl_core'?，这似乎表明 hdf5 没有正确配置并行支持。我的问题是：如何检查配置是否正常（即 hdf5 是否真的配置了并行支持）？如果是这种情况，那么问题是：我在使用 trilinos 时遇到的编译问题的实际原因是什么？

我正在尝试使用 MPI 功能编译 Trilinos。但要指定 cmake 命令，我还需要指定 MPI 基目录：

但是，即使我的机器上安装了 MPI，我也找不到任何基本目录。当我输入类似的命令时mpirun --version，我得到：

或ompi_info：

如果有用的信息，我正在 WSL 上运行 Ubuntu 18.04 LTS。

我正在尝试使用 Trilinos 包中的 LAPACK 求解器求解大型稀疏 30,000x1,000 矩阵。我的目标是最小化计算时间，但是这个 Lapack 求解器只需要方阵。所以我通过乘以它的转置手动将我的非方阵（A）转换为方阵，基本上像这样解决系统：

(A ^T *A)x = A ^T *b

使我的求解速度变慢的是矩阵乘以 A ^T步。有想法该怎么解决这个吗？

平台：macOS 11.1

当我尝试配置 Trilinos 时，我遇到了一个问题，我无法处理它。以下命令用于编译 Trilinos：

错误信息如下所示：

我真的不知道如何解决它。我还尝试将 gcc 编译器设置为自制 gcc 而不是 clang。

谁能帮我解决这个问题？