问题标签 [sweave]

如何配置 Sweave 它的工作并识别 Rpy2？

我用这个

但我收到这些错误

感谢您的回答和帮助

我前段时间开始使用 Sweave。然而，像大多数人一样，我很快就遇到了一个主要问题：速度。编织大型文档需要很长时间才能运行，这使得高效工作非常具有挑战性。使用 cacheSweave 可以极大地加速数据处理。但是，绘图 - 尤其是 ggplot ;) - 仍然需要很长时间才能渲染。这就是我想使用 pgfSweave 的方式。

经过很多很多小时后，我终于成功地使用 Eclipse/StatET/Texlipse 建立了一个工作系统。然后，我想将现有报告转换为与 pgfSweave 一起使用，但有一个严重的意外：我的大多数 ggplots 似乎不再工作了。例如，以下图在控制台和 Sweave 中完美运行：

但是，使用 pgfSweave 运行它，我得到了这个错误：

当我从 geom_point 中删除 aes(...) 时，该图与 pgfSweave 完美配合。

编辑：我对问题进行了更多调查，可以将问题减少到 tikz-device。

这工作得很好：

这给出了上述错误：

这也很好用：

我可以用 5 个不同的 ggplots 重复这个。在映射中不使用颜色（或大小、alpha、...）时，它适用于 tikz。

Q1：有人对此行为有任何解释吗？

此外，非绘图代码块的缓存效果不佳。使用 Sweave，以下代码块完全不需要时间。使用 pgfSweave 大约需要 10 秒。

这似乎也是一个很奇怪的行为，因为只设置了一些变量供以后使用。

Q2：有人对此有任何解释吗？

Q3：更一般地说，我想问一下是否有人成功地使用了 pgfSweave？成功我的意思是所有在 Sweave 中工作的东西也可以在 pgfSweave 中工作，还有漂亮的字体和提高速度的额外好处。;)

非常感谢您的回复！

1. Project使用 Sweave 和 R 使用 StatET 和 Eclipse 时，菜单有什么作用吗？

2. 如果是这样，是否有任何学习资源可以解释这可能如何工作？

3. 这些菜单是否提供了生成文件之外的任何内容？

我很想了解更多关于构建中等复杂的 Sweave/LaTeX/R 项目的信息。具体来说，Project菜单有选项Clean...，Build Automatically这让我很感兴趣。

怎么把xtable的大表放在每一页的表头上？，这样更容易读表页之间的表。

我在 Sweave 中使用以下内容：

感谢您的回答

如何在xtable的表格中放置颜色间距？

我使用以下说明生成表格：

谢谢你的回答

xtableinSweave作品很棒，但每次回归只做一张表。你也可以给它一个数据框，所以我一直在手动将结果输入数据框rbind，paste但这似乎不是很可扩展。

是否有更自动化/更强大的解决方案可以像xtable，但在多个lm对象上工作？我在论文/书籍中看到的所有表格都是手动生成的吗？我的 janky 代码是否有更好的解决方案来生成数据框以供输入xtable？

产生数据框：

鉴于 R 的惊人绘图包，我觉得 google 和 rseek 对我隐瞒了一些东西。

load("file.R")我将 R 和 Rnw 文件分开，然后在第一个 Sweave 块中加载 R 数据/绘图。有没有一种方法可以在不执行所有代码的情况下将源 R 文件打印到附录？（即，代码足够慢，我不想把source()它放在echo=TRUE一块）。

谢谢！

更新——实际上，我认为我的source()想法行不通。

我已经被困了好几个小时了。我想向 Paul Johnsson 的 R outreg 函数添加强大的标准错误（和其他一些东西）（这里的原始代码http://pj.freefaculty.org/R/outreg-worked.R）

我有一个很大的问题，你使标准错误变得健壮。在我替换的代码中

和

但无论如何，当我使用 Sweave 生成​​乳胶文件时，会出现非稳健标准错误。我查看了 并且我的代码块确实返回了健壮的 SE（或其他值，然后是原始代码）。我快疯了！=)

这是我完整的函数代码。

我发现了这个关于在 Sweave 中更改 ggplot2 图的大小的问题。我添加了Sweaveopts{width=3, height=3}它，它确实缩小了绘图的大小，但它并没有缩小文本。所以最后，轴上的所有数字都重叠了。

有没有办法在 Sweave 中缩放整个 ggplot2 图，这样我就不必手动缩放原始 ggplot2 调用中的每个组件？这似乎是我应该能够做的事情，但我在 ggplot2 书或网站上找不到它。谢谢！

FWIW，这是我在 Sweave 中的电话：

以及生成 ggplot2 图的调用：

从 emacs-ess 运行 Sweave 时，会提供带有代码块编号的错误。有没有一种简单的方法可以按数字在代码块之间导航？否则，它们很难识别。