问题标签 [sweave]

我将 pgfsweave 与 Lyx 1.6.8 和 xtable 一起使用。提供表格标题

如何在表格标题中插入一个标签，我可以在 lyx>Insert>Cross-reference 菜单中的文本中进行交叉引用？

我试图插入>浮动>表格并插入 print(xtable(<dataframe>,floating=FALSE))表格 "Here is my caption"标题内部框架，但这会导致（字面意思）：

甚至是交叉引用的赤脚解决方法

来自 ERT-box 会有所帮助。

我很想在我的 Sweave 报告创建的所有 graphics.pdf 上使用一些基于 shell 脚本的 pdfcrop。因此，如果所有图形都存储到一个子文件夹而不是被丢弃在所有乳胶文件（如 .aux .log 文件（等等）所在的位置），我会很好。如果我只需要对特定目录中的所有文件使用裁剪脚本，那就容易多了。

这是我的 Sweave 块：

如果我运行 sweave 代码 mygraph.pdf 存储在与 report.tex 文件本身相同的目录中。

有没有办法将此文件存储在现有的子文件夹中，如 /graphics ？

作为这个问题RweaveHTML的细化，有谁知道在使用包中的驱动程序时如何告诉 Sweave（或更好的驱动程序）将所有图形放在特定目录中R2HTML？我找不到任何选项:(

（这个问题与我昨天在 tex.stackexchange 上发布的问题很接近，但我意识到我应该在这里发布。）

当我使用 Vim latex-suite 缩进我的.Rnw文件时，Sweave 块（例如，类似 的行<<>>=）会缩进（如果它跟随缩进的文本，例如在逐项列表中）。不幸的是，这会“破坏” Sweave 命令，因为它们必须从第一列开始。

我对 Vim 的技能很少，而且一上午的搜索并没有告诉我如何更改我的~/.vim/indent/tex.vim（或其他相关的）文件以使 Sweave 块的缩进为零，而是让后面的乳胶代码正确缩进。有任何想法吗？

我遇到以下代码片段的问题：

其中“myscatterplot.pdf”由 R 中的以下代码生成：

问题是使用 texworks (pdfLatex+makeindex+bibtex) 编译时生成的 LaTeX 文档具有图形轴，但绘图或轴标签中没有任何点（在这种情况下，它只是 3d 轴本身）。R 或 LaTeX 不会输出错误或警告消息。我在用：

• Windows 7 上的 R 2.12.1，
• MiKTeX 2.8,
• TeXworks
• Adobe Reader 9（不确定这是否相关......）

我已经能够使用 \includegraphics 命令来包含该图的 png 版本，并且使用 adobe 打开“myscatterplot.pdf”会显示我想要在我的文档中的图。

我曾尝试使用 tikz 包作为解决方法，但似乎 scatterplot3d 生成的信息太多，由于内存大小（错误（我的实际绘图将有 10000 + 点！ ）。

我怀疑问题出在“.pdf”文件中的字体，但我尝试使用更改 pdf 字体

使用 \includegraphics(changefont.pdf) 时的结果完全相同。

我正在考虑的另一个可能的问题是，也许 scatterplot3d 输出实际上是多个图像，而 \includegraphics 只是从 pdf 文件中获取第一个数字（轴）。在这种情况下，我仍然不确定如何解决它。

我真的很感激一个解决方法，因为我最终想用 Sweave 完成所有这些，这让我对包的其他漂亮输出感到痛苦！

预先感谢您的回复。

编辑1：

因此，第一个建议是使用 EPS 格式而不是 pdf。这产生了一些结果，但不是我想要的。我运行了以下内容：

我使用生成“change.eps”

这确实产生了改进（尽管奇怪的是，它在乳胶输出中将图顺时针旋转了 90 度！），我现在在我的乳胶输出中有了散点图中的轴和点！但是，轴标签仍然不在图中，即使我已经使用 ghostview 打开了“change.eps”，并且轴在图中！scatterplot3d 输出数字的方式似乎与 \includegraphics 搜索数字的方式不一致......

因此，我仍在寻找包含轴标签的解决方案。

有没有人设法在Sweave 文档的输出中使用颜色语法突出显示？我已经能够通过在Sweave.sty文件中添加框等来自定义输出样式，如下所示：

我可以让minted包在我的文档中对逐字代码块进行语法突出显示，如下所示：

但我不确定如何将两者结合起来用于 R 输入部分。我尝试了以下方法：

有什么建议么？

我很乐意使用Sweave和cacheSweave。

有时我有一个文档，其中某些部分需要很长时间（例如 20 分钟或其他时间），处理后我想打开它创建的对象并在交互式会话中玩弄它们。

有谁知道这样做的方法，大概是通过直接获取stashR数据库或其他方式？

我一直在使用 makefile 为我在 R 中的分析报告自动运行 Sweave，使用Jeromy Anglim概述的方法取得了巨大成功。我最近听说了 cacheSweave 包，我想将该功能合并到我的 Rnw 文件中。我使用 ProjectTemplate 包在启动时加载所有必要的文件，这需要一些时间，因为我必须预处理原始数据文件。cacheSweave 小插图中的示例展示了如何在 R 会话中使用 cacheSweave 驱动程序运行 Sweave：

如何在命令中使用 cacheSweaveDriver 以批处理模式运行 Sweave？在我的 makefile 中，这就是我调用 Sweave 的方式：

我正在使用 Emacs+ESS 创建 .Rnw 文件并运行 make。这是我的makefile的其余部分以供参考：

我现在已经在我的 Mac OS X 10.6 机器上正常工作，这样我就可以使用 Sweave 创建外观不错的 LaTeX 文档，其中包括 R 代码、输出和 LaTeX 格式的片段。不幸的是，我觉得我的工作流程有点笨拙且效率低下：

1. 使用 TextWrangler，我将 LaTeX 代码和 R 代码（由上面的 <<>>= 和下面的 R 代码块包围）一起编写在一个 .Rnw 文件中。

2. 保存更改后，我使用 Sweave 命令从 R 调用 .Rnw 文件

   作为响应，R 输出以下消息：

   您现在可以在“Assign4.tex”上运行 LaTeX

   因此，我在 R 目录中找到 .tex 文件（Assign4.tex）并将其复制到我的文档~/Documents/中 .Rnw 文件所在的文件夹中（以将所有内容保存在一个地方）。

3. 然后我在 TeXShop 中打开 .tex 文件（例如 Assign4.tex）并将其编译成 pdf 格式。只有在这一点上，我才能看到我对文档所做的任何更改，看看它是否“看起来不错”。

有没有一种方法可以一键编译所有内容？ 具体来说，直接从 TextWrangler 或 TeXShop 调用 Sweave / R 会很好。我怀疑可以在终端中编写一个脚本来执行此操作，但我没有使用终端的经验。

如果我可以做任何其他事情来简化或改进我的工作流程，请告诉我。

我无法理解我在 stackoverflow 上提出的上一个问题的答案，该问题位于：

更高效的 R / Sweave / TeXShop 工作流程？

答案特别来自用户：las3rjock，他建议创建一个“makefile”并运行该makefile 以自动在R（Sweave）中编译.Rnw，然后在LaTeX 中编译。我不知道 makefile 是什么，或者如何在 Mac OS X 上的终端（？）中使用它。我的互联网搜索返回的内容超出了我的知识水平。我想我需要一些手来创建和运行一个makefile。

谁能给出关于如何创建一个生成文件来运行 Sweave / LaTeX 的“虚拟”说明，或者更确切地说，利用上一个问题中 las3rjock 的答案？ 谢谢！