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我经常使用Sweave生成​​ LaTeX 文档，其中某些块是通过执行 R 代码动态生成的。这很好用——但是否也可以有以不同方式执行的代码块，例如通过在 shell 中执行代码，或通过运行 Perl 等等？能够混合起来会很有帮助，所以我可以做一些事情，比如运行一些 shell 命令来获取一些数据，运行一些 perl 命令来预处理它，然后运行 ​​R 命令来分析它。

当然，我可以使用所有 R 块并system()用作穷人的替代品，但这并不能使文档中的阅读变得非常愉快。

不幸的是，当谈到在Eclipse中使用Sweave和OS X 下的StatET时，我会绕圈子。

Foo如果我在默认位置创建一个项目/Users/xxxx/Documents/workspace/Foo，并添加一个 Sweave 文件 ( Foo.Rnw)，当我尝试使用配置了工作目录的 R 控制台进行 Sweave 时${workspace_loc}。我收到消息：

An error occurred while running 'Processing 'Foo.Rnw'' in Workspace [R Console] R2.12_64 / RJ (Feb 26, 2011 5:58:04 PM). Path must include project and resource name: /Foo.tex

如果我尝试 Sweave 相同的Foo.Rnw文件（保存在同一个项目和同一个工作区中）但这次使用配置为使用外部工作目录的 R 控制台（例如，不是使用${workspace_loc}而是使用/Users/xxxx/Documents/R_data），则处理该文件并生成pdf。除了所有的输出Foo.aux, Foo.log, Foo.pdf, Foo.tex, Foo-fig1.eps,Foo-fig1.pdf等）都出现在外部目录/Users/xxxx/Documents/R_data中，这导致一个目录中的文件乱七八糟。

任何关于如何正确安排这一点并保持 Sweave 在 Eclipse 中工作的建议（我非常喜欢）都将受到欢迎。

我正在尝试将\Sexpr{}我的 R 对象中的值包含在 LaTeX 表中。我实际上是在尝试lm在 R 中复制对象的摘要输出，因为 xtable 的内置方法似乎不包括 Fstats、调整后的 R 平方等（lm 对象的摘要打印输出底部的所有xtable.lm内容xtable.summary.lm在 R 控制台中）所以我尝试通过构建一个矩阵来复制xtable.summary.lm输出来实现这一点，然后为额外的东西构建一个相关信息的数据框，这样我就可以使用\Sexpr{}. 我尝试通过使用add.to.row附加\multicolumn{}命令来合并 LaTeX 表最后一行的所有列，然后将我需要的所有信息传递到表的该单元格中。

问题是我在表达式中得到了一个"Undefined control sequence"for表达式。这两个不兼容吗？如果是这样，我做错了什么，如果没有，有人知道如何做我想做的事吗？\Sexpr{}\multicolumn{}

谢谢，

这是我的代码的相关部分：

我有以下 R 代码

我想将选项 [keepaspectratio=true, scale = 0.75] 添加到 \includegraphics{} 调用中，以便生成上述 R 代码块

我知道您可以使用 \SweaveOpt{width=x, height=y} 指定宽度和高度，但我想指定比例并让它在生成时保持图形的纵横比。

是否有捷径可寻？

谢谢

是否可以在 Sweave 的 \Sexper{} 中使用条件？我正在尝试做的一个例子是

更详细地说，我想要类似的东西

当我尝试第一段代码时，出现以下错误：

有任何想法吗？

谢谢你的帮助，

-标记

所以我有一些像这样的参数估计

我有一些像这样的标准错误

我想输出一个 Latex（或 HTML）表，其中每个参数估计在其下方的括号中都有其标准误差。

该表应如下所示

除了，你知道，在适当的乳胶（或 HTML）。我怎样才能从 R 中做到这一点？

我是可重复研究的忠实粉丝。我经常使用 make、Sweave、LaTeX 和 R 来生成大型研究报告（即，大量Sexpr()命令和大量图形和表格）。

显然，R CMD Sweave在编译时识别 R 代码块中的某些错误。但生成的 PDF 仍可能包含不良结果。我有一些校对此类文档的策略，但我有兴趣向其他人学习 SO。

问题：

1. 在基于大型多文件 Sweave 项目制作 PDF 时，是否有人有任何与校对和质量控制相关的提示或技巧？
2. 您在生成的 PDF 中遇到的最常见错误是什么？
3. 您如何有效地识别生成的 PDF 中的错误？
4. 您如何有效地在 PDF 和 Rnw 源之间移动？

我将 odfWeave 用于可重复的研究。我发现它在使用 Word 中生成的 .odt 文件的 MS Office 2007 上通常运行良好，但\Sexpr{}命令几乎总是失败。我怀疑 Word 正在以一种奇怪的方式处理底层 XML，但我很好奇是否有人看到了这个问题并想出了如何让它工作。

谢谢，

账单

过去 2 天我一直在搜索，虽然我在 Stack Overflow 和 Google 上的其他讨论中发现了类似的问题，但没有找到符合我要求的内容。

我有一个我支持的预先存在的应用程序，它是围绕 R 构建的。Sweave Rnw 模板文件用于生成 .tex 文件，这些文件用于生成 .pdf 文件。

在 Rnw 中，存在如下代码：

问题是，myReport$courseInfo$shortname 具有需要为 LaTeX 转义的值，因为它包含诸如 & 之类的字符（这会强制 LaTeX 抛出有关表格列的错误）。我尝试包含 seqinr 库，并在整个数据对象上使用 stresc，但生成的 .tex 文件仍然显示一个不带斜线的 & from shortname。

我还不是完全熟悉 R，但是在使用模板时，我发现甚至不需要对上面的“print()”的调用，因为只需在 \Sexpr 中直接指定变量就会产生打印值，但是当记录在 .tex 中时，我的转义值仍然是未转义的。

我还尝试将 stresc 直接放在 \Sexpr 中（而不是打印），没有区别。

所以看起来 R/Sweave 自己的过程正在剥离斜线，这意味着我可能需要双斜线值，但我对 R 不够熟悉，不知道如何做到这一点。

将动态数据打印到 .tex 文件中的正确方法是什么？

更新：根据@Aaron 的回复，这是我创建的函数：

我更新的模板（在我上面的原始帖子中引用）现在看起来像这样：

因此，带有 & 的字符串现在正确显示在生成的 LaTeX 文件中：

一些字符串 \& 一些其他字符串

我的当前Makefile编织看起来像：

假设我想更改 Sweave 驱动程序以使用highlight包（比如说）。这样做的最佳方法是什么？