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我是可重复研究的忠实粉丝。我经常使用 make、Sweave、LaTeX 和 R 来生成大型研究报告（即，大量Sexpr()命令和大量图形和表格）。

显然，R CMD Sweave在编译时识别 R 代码块中的某些错误。但生成的 PDF 仍可能包含不良结果。我有一些校对此类文档的策略，但我有兴趣向其他人学习 SO。

问题：

  1. 在基于大型多文件 Sweave 项目制作 PDF 时，是否有人有任何与校对和质量控制相关的提示或技巧？
  2. 您在生成的 PDF 中遇到的最常见错误是什么？
  3. 您如何有效地识别生成的 PDF 中的错误？
  4. 您如何有效地在 PDF 和 Rnw 源之间移动？
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我不确定这是否是您正在寻找的，但是如果您使用 emacs、auctex 和 emacs 统计数据，这些问题中的大多数问题都可以减少。它们都在 linux 存储库中可用，并且有一个可用于 Windows 的预编译二进制文件http://vgoulet.act.ulaval.ca/en/emacs/windows/

Emacs 的主要优点是您可以将 R 控制台放在一个窗口中，将 tex 源代码放在另一个窗口中，并且 Emacs 会在 .Rnw 文件中适当地突出显示 LaTeX 和 R，这确实有助于我发现错误。您还可以评估 R 代码的小区域，并在 TeX 中预览表格和其他对象。它绝对是一个学习曲线，但我已经使用它大约一个月了，它已经使我在可重复的研究中的工作效率提高了大约 50%。一旦你知道了一些键绑定就很直观，另一个优点是 Emacs 为几乎所有的编程语言提供了模式，这意味着花在学习如何使用它上的时间会一次又一次地得到回报。更具体地说 1) Emacs 在这里帮助语法突出显示和预览区域，以确保特定表按照您的需要进行格式化，没有丢失的行或标签。2）我通常最终会犯拼写错误并打包丢失的错误，因为我倾向于在文档的多次传递中开发我的统计分析。3) Emacs 会发现任何编译错误，并且 R 代码都可以在整个文档编译之前单独测试。4）如果您使用命令sweave（Alt + m，s），然后编译为LateX ctrl c，（通常两次以获得标签和Bibtex正确）另一个ctrl c将打开PDF进行查看（遗憾的是，它没有打开默认情况下在emacs中，但我想有人已经做了一个包或脚本来启用它）。2）我通常最终会犯拼写错误并打包丢失的错误，因为我倾向于在文档的多次传递中开发我的统计分析。3) Emacs 会发现任何编译错误，并且 R 代码都可以在整个文档编译之前单独测试。4）如果您使用命令sweave（Alt + m，s），然后编译为LateX ctrl c，（通常两次以获得标签和Bibtex正确）另一个ctrl c将打开PDF进行查看（遗憾的是，它没有打开默认情况下在emacs中，但我想有人已经做了一个包或脚本来启用它）。2）我通常最终会犯拼写错误并打包丢失的错误，因为我倾向于在文档的多次传递中开发我的统计分析。3) Emacs 会发现任何编译错误，并且 R 代码都可以在整个文档编译之前单独测试。4）如果您使用命令sweave（Alt + m，s），然后编译为LateX ctrl c，（通常两次以获得标签和Bibtex正确）另一个ctrl c将打开PDF进行查看（遗憾的是，它没有打开默认情况下在emacs中，但我想有人已经做了一个包或脚本来启用它）。

我相信其他人可以举出更多关于 emacs 对这类工作有用的例子，正如我所说，我刚刚开始使用它（但它比我使用过的所有其他 tex 和 R 程序要好得多 - Technix 中心， kile, texmaker)。

我不会向不了解 R 和 LaTeX 的人推荐它，但如果你这样做，它会让你的效率提高几个数量级。

于 2011-03-19T10:35:27.803 回答
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好问题。一个人看到的问题在很大程度上取决于他所做的工作。对我来说，最常见的非 R 问题是拼写错误、不正常的数字、有错误的方程式等等。

我发现的最可靠、独立于平台、最有效的错误捕获策略是频繁导出为 PDF 。工作一点点；查看。多工作一点，再检查一次。是的，这对于一个大型项目来说很糟糕。不过，像 cacheSweave 这样的工具可以提供帮助。底线 - 如果你在整个地方工作了 2 个小时并得到一个错误，那么试图追踪它就没有乐趣了。

对于一个大型项目，当我在块 287（或其他内容）中遇到错误时，花点时间处理 R 代码会有所帮助。从上下文中我通常可以找出错误所在并快速导航到那里。另一种选择是命名代码块，但谁想提出 591 个名称？

对于方程/数学问题，具有在线预览功能的编辑器很有帮助。LyX 有这个，AUCTeX 也有。这样，如果您在某处错过了斜线或逗号，那么您会立即知道，因为预览搞砸了。这为我节省了无数个小时。

LyX 不存在图像的内联预览（由 Sweave 生成​​），但它适用于 Org 模式。出于同样的原因，这是一个非常非常强大的优势。

这些天我真的没有任何其他 LaTeX 错误，因为 LyX 是所见即所得；它在没有我的情况下生成 LaTeX。组织模式在这方面也很好。AUCTeX 和 ESS 有工具可以提供帮助并且没问题（Rstudio 看起来很相似）。我还没有玩过 Eclipse 等。非常。

有些问题在不研究日志的情况下真的很难注意到，例如从页面运行的 URL（或表格等）。PDF 经常。工作和检查。这是最好的方法，除非用另一双眼睛进行同行评审。

顺便说一句，LyX 使用 aspell 对非 LaTeX 标记进行拼写检查。

于 2011-03-19T20:51:24.417 回答
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当您的意思是“校对”时，我不确定您到底在寻找什么，但我发现在 LaTeX 中通常使用大量\marginpar语句来记录任何问题，以便将来修复效果很好。另一种方法是使用好的 PDF 阅读器在最终的 PDF 中添加注释，但如果您重新编译，它们就会消失。

对于我们这些因使用 Emacs（不是在开玩笑！）而遇到永久性手部问题的人来说，Sweave 的基于 GUI 的选项是 Eclipse。它可以设置为一键编译 Sweave，进行适当的代码突出显示，并具有通常的 IDE 功能。Eclipse 还通过一个包提供拼写检查，这有助于校对。不确定您是否可以将拼写检查器设置为仅证明 LaTeX 部分，这将是理想的。

RStudio 也是一个新的但有趣的选择。

于 2011-03-19T14:56:57.203 回答