r - 更高效的 R / Sweave / TeXShop 工作流程？

Question

我现在已经在我的 Mac OS X 10.6 机器上正常工作，这样我就可以使用 Sweave 创建外观不错的 LaTeX 文档，其中包括 R 代码、输出和 LaTeX 格式的片段。不幸的是，我觉得我的工作流程有点笨拙且效率低下：

使用 TextWrangler，我将 LaTeX 代码和 R 代码（由上面的 <<>>= 和下面的 R 代码块包围）一起编写在一个 .Rnw 文件中。
保存更改后，我使用 Sweave 命令从 R 调用 .Rnw 文件
```
Sweave(file="/Users/mymachine/Documents/Assign4.Rnw", 
        syntax="SweaveSyntaxNoweb")
```
作为响应，R 输出以下消息：

您现在可以在“Assign4.tex”上运行 LaTeX

因此，我在 R 目录中找到 .tex 文件（Assign4.tex）并将其复制到我的文档~/Documents/中 .Rnw 文件所在的文件夹中（以将所有内容保存在一个地方）。
然后我在 TeXShop 中打开 .tex 文件（例如 Assign4.tex）并将其编译成 pdf 格式。只有在这一点上，我才能看到我对文档所做的任何更改，看看它是否“看起来不错”。

有没有一种方法可以一键编译所有内容？ 具体来说，直接从 TextWrangler 或 TeXShop 调用 Sweave / R 会很好。我怀疑可以在终端中编写一个脚本来执行此操作，但我没有使用终端的经验。

如果我可以做任何其他事情来简化或改进我的工作流程，请告诉我。

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我Makefile对我的 Sweave 文档使用以下表格：

pdf: myfile.tex
    R CMD texi2pdf myfile.tex

myfile.tex: myfile.Rnw
    R CMD Sweave myfile.Rnw

然后我可以通过运行命令在 Mac OS 终端中一步构建文档make pdf

我确信有一种方法可以让您在 Mac OS X 中更接近一键式目标，但这对我来说已经足够好了。

score 9 · Accepted Answer

使用 Gregor Gorjanc 的 Sweave.sh 脚本在 TeXShop 中很容易实现一键编织。从http://cran.r-project.org/contrib/extra/scripts/Sweave.sh获取它并将其放入您的~/Library/TeXShop/bin/文件夹中。

然后将以下文件添加到您的~/Library/TeXShop/engines/文件夹中：

作为Sweave.engine：

#!/bin/bash
~/Library/TeXShop/bin/Sweave.sh  -ld "$1"

作为SweaveNoClean.engine：

#!/bin/bash
~/Library/TeXShop/bin/Sweave.sh  -nc -ld "$1"

您必须设置 Sweave.sh 和两个引擎文件的权限以允许执行。

要一键 Sweave，添加这些文件后重新启动 TeXShop，打开 Sweave 文档（带有 Rnw 扩展名）并在文档窗口上方的下拉菜单中，将其从 LaTeX 更改为 Sweave 或 SweaveNoClean。

注意：“Sweave”选项会自行清理，删除 LaTeX 和 Sweave 创建的所有额外文件。如果您的文件名为 myfile.Rnw，这将包括名为 myfile.R 和 myfile.tex 的文件。所以对聪明人说一句话：确保你的 Rnw 文件的基本名称是唯一的；然后不会有任何意外的内容被写入然后删除。

SweaveNoClean 选项不会自行清理。这样可以确保您不会删除任何意外的内容；虽然如果你 Sweave 一个 myfile.Rnw，它仍然可以覆盖一个名为 myfile.tex 的文件。这也不会删除任何已创建的图形，以防您希望将它们与完整的排版文档分开。

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在 bash shell 命令行上：

R CMD Sweave foo.Rnw && pdflatex foo.tex

运行 Sweave，如果成功则继续执行 pdflatex。弹出一个pdf。如果您在 bash 终端中有此操作，则只需按向上箭头即可将其取回并再次执行。然后再次。然后再次。

Makefile 解决方案也不错。

score 8 · Accepted Answer

RStudio有一个按钮可以一次性完成。一个警告是它在自己的会话中运行，因此您可能设置的任何工作区变量都将被忽略。

编译按钮

score 7 · Accepted Answer

请注意：您实际上可以使用 texi2dvi（在工具包中）直接从 R 调用 pdflatex 等内容。例如：

Sweave(file="/Users/mymachine/Documents/Assign4.Rnw")

texi2pdf("Assign4.tex")

会将您的 Rnw 文件编译为 pdf。因此，无需离开 R 来处理 tex->pdf 步骤。

score 2 · Accepted Answer

我将这些（保存为 sweave.engine 和 sweavebibtex.engine）用于 texshop 中的自定义引擎。我通常在 R 中处理一个代码块，然后将该块复制到我在 texshop 中打开的 rnw 文件中。我想要一个解决方案，它可以让我在同一个文档（不是 emacs）中对 R 和 tex 进行语法突出显示和拼写更正。

#!/bin/bash
echo 'SWEAVE | PDFLATEX. Custom engine--Akasurak-16Nov2009'
export PATH=$PATH:/usr/texbin:/usr/local/bin
R CMD Sweave "$1"
pdflatex "${1%.*}"

第二个，也用于 bibtex ：

#!/bin/bash
date
before="$(date +%s)"
echo 'SWEAVE | PDFLATEX | BIBTEX | PDFLATEX | PDFLATEX. Custom engine--Akasurak-16Nov2009'
#Updated 20Jul2010 for auto including Sweave.sty


export PATH=$PATH:/usr/texbin:/usr/local/bin

R CMD Sweave "$1"
R CMD pdflatex "${1%.*}"
bibtex  "${1%.*}.aux"
R CMD pdflatex "${1%.*}"
R CMD pdflatex "${1%.*}"


after="$(date +%s)"
elapsed_seconds="$(expr $after - $before)"
date
echo Elapsed time '(m:s)': $(date -r $elapsed_seconds +%M:%S)

不能说它们是最好的做事方式，但它们确实有效。

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我使用 Aquamacs 或 Eclipse 来编辑.Rnw文件，然后我使用以下 shell 函数来编译和查看它：

sweaveCache () {
  Rscript -e "library(cacheSweave); setCacheDir(getwd()); 
    Sweave('$1.Rnw', driver = cacheSweaveDriver)" && 
  pdflatex --shell-escape $1.tex && 
  open $1.pdf
}

请注意，我正在使用cacheSweave驱动程序，这有助于避免不断地重新执行需要很长时间才能运行的代码部分。

顺便说一句，我也在尝试切换到Babel而不是 Sweave；不确定我最终会更频繁地使用哪个，但肯定有我喜欢 Babel 的某些方面。

score 2 · Accepted Answer

最好的解决方案在这里：创建一个新的 *.engine 供 TeXShop 使用，然后使用快捷方式或 1 按钮进行排版。

http://cameron.bracken.bz/sweave-for-texshop

Cameron 也非常敏感，所以我强烈推荐他的解决方案。

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如果您愿意切换到（付费）解决方案，TextMate有一个 Sweave 插件，可以一步将您从 .Rnw 转换为 PDF：Sweave、排版和查看。结合可以配置为重新加载 PDF 的 Skim，它使调整文件变得非常容易。

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我遇到了同样的问题（我使用 Mac OSX），我选择下载 Eclipse Classic 3.6.2。然后安装 StatET 插件。设置起来有点麻烦，但是一旦你这样做了，这个环境就很好了，因为你可以使用 pdflatex 一键编译你的 .Rwn Sweave 文档，并为你最喜欢的查看器设置选项，这样当你编译时 .pdf 会自动弹出。在 TeXShop。您也可以在 TeXShop 中执行此操作，但 TeXShop 对于调试 .Rnw 文件很糟糕，并且它不会突出显示 .Rwn 文件中的 R 代码。在 Eclipse 中，您可以自定义语法突出显示（不是从 Texclipse 端最大的，但可以），以便您可以轻松区分 R 和 LaTeX 代码。您还可以从 Eclipse 中启动 R 控制台，它有一个图形对象浏览器。无论如何，我可以继续。

score 1 · Accepted Answer

猜猜我迟到了，但我整理了一个网页，记录了我基于 Eclipse 的 Sweave 工作流程（一键式 sweave）：

http://www.stanford.edu/~messing/ComputationalSocialScienceWorkflow.html

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