python - 如何配置 Sweave 它的工作并识别 Rpy2？

Question

如何配置 Sweave 它的工作并识别 Rpy2？

我用这个

 import rpy2.robjects as robjects

  R["library"]("utils")
  R["library"]("tools")
  R['sweave("/var/www/tmp/pywps/central.Rnw")']
  R['texi2dvi("/var/www/tmp/pywps/central.tex", pdf=TRUE)']

但我收到这些错误

[File "/usr/lib/python2.6/dist-packages/rpy2/robjects/__init__.py", line 241, in   __getitem__
    res = rinterface.globalenv.get(item)
    LookupError: 'Sweave("/var/www/tmp/pywps/central.Rnw")' not found
     Traceback (most recent call last):]

感谢您的回答和帮助

Answer 1

使用方括号获取 R 对象，然后从 Python 调用它。或者使用 () 括号将一行传递给 R：

R["Sweave"]("/var/www/tmp/pywps/central.Rnw")
R('Sweave("/var/www/tmp/pywps/central.Rnw")')

Sweave 需要一个大写的 S（在我的测试中）。

Answer 2

呃，这行得通吗？您不会以相同的方式执行所有 R[] 调用。

import rpy2.robjects as robjects

R["library"]("utils")
R["library"]("tools")
R["sweave"]("/var/www/tmp/pywps/central.Rnw")
R["texi2dvi"]("/var/www/tmp/pywps/central.tex", "pdf=TRUE")

（我从未使用过 Rpy2，所以这完全是猜测。）

Answer 3

使用 R 包导入器可以让您在 IDE 或交互式 shell 中使用自动完成功能，并使代码更像 Python。

from rpy2.robjects.packages import importr
utils = importr('utils')
utils.Sweave("/var/www/tmp/pywps/central.Rnw")