问题标签 [survival-analysis]
For questions regarding programming in ECMAScript (JavaScript/JS) and its various dialects/implementations (excluding ActionScript). Note JavaScript is NOT the same as Java! Please include all relevant tags on your question; e.g., [node.js], [jquery], [json], [reactjs], [angular], [ember.js], [vue.js], [typescript], [svelte], etc.
r - 在 r 中创建时变协变量的工作流程
我有一个长格式的巨大数据文件——下面提供了其中的一部分。每个 ID 可以有几行，其中 status 是最终状态。但是我需要使用时变协变量进行分析，因此需要创建两个新的时间变量并更新状态变量。我已经为此苦苦挣扎了一段时间，我无法弄清楚如何有效地做到这一点，因为每个 ID 最多可以有四行。时变变量为NUM.AFTER.DIAG。如果NUM.AFTER.DIAG==0那么它很容易，在哪里time1=0和time2=STATUSDATE。但是，NUM.AFTER.DIAG==1那时我需要在哪里创建一个新行time1=0，time2=DOB-DATE.DIAG并且NUM.AFTER.DIAG=0还要确保STATUS="B"。然后第二行将time1=time2来自前一行，并且time2=STATUSDATE-DATE.DIAG-time1从这一行开始。同样，如果有更多行，则需要相互减去不同的行。此外，如果 NUM.AFTER.DIAG==0 但有多行，则可以删除所有额外的行。
有什么想法可以有效解决这个问题吗？我看过 john Fox 展开命令，但它假定所有间隔都是宽格式开始的。
编辑：请求的表。至于审查变量：“D”=事件（死亡）
编辑：我确实想出了一个解决方案，虽然可能不是很有效。
r - plot.survfit 中用于颜色或线型的组的顺序是什么？
我正在编写一个脚本，它将生成plot(survfit(Surv(time, event)~factor)).
不同的生存曲线会有不同的颜色。颜色的顺序是如何定义的？是levels(factor)吗？unique(factor)?
我的意思是我想自动编写图例标签和文本的脚本。我可以安全地levels(factor)用作图例文本吗？
我确定这在某处有记录，但帮助条目?plot.survfit不是很有帮助？
r - 我可以在 R 中为 Cox 比例风险模型执行所有子集变量选择吗？
在为我的数据选择顶级 Cox 比例危险模型时，我正在尝试使用类似于（如果不是实际上）程序 R 中的 jumps 包中的 regsubsets 的函数。这可能吗？如果是这样，功能是否已经存在？
r - 通过箱线图为 R 中的右删失数据绘制生命表四分位数
我有一项回顾性调查的数据。在调查时间之前没有经历过感兴趣的特定事件的个人被放入审查观察类别，其余部分未经审查。如何为这个正确的审查数据绘制箱线图，显示生命表四分位数，同时考虑审查和未审查的观察？
（我感兴趣的变量“fbi”是一个持续时间变量，因此对于未经审查的 obs 持续时间是可用的，对于审查我已经用原点到调查日期之间的时间间隔替换了持续时间“fbi”，另一个二分变量“cens”在那里承认审查和未经审查的案件。）
数据可以模拟：
r - 使用 stargazer 和 coxph 时出错 - 生存数据
尝试stargazer::stargazer与 coxph (Survival) 一起使用时出现以下错误：
模型中的变量是企业级、行业级和区域级的，并且存在一个交互项。我尝试仅在一个变量（例如创新）上运行模型，我得到相同的错误消息。行名为 NULL。
更新的问题和响应：
很抱歉造成混乱。我没有意识到我可以编辑原始问题。下面是在一个变量上运行的模型 - 创新，产生了相同的错误）。
Cox 模型的结构
r - 获取每组 survfit 对象的事件总数
我使用 R 的生存包并生成了具有不同组的 survfit 对象。
我知道想要访问records - right censored每个组的事件数（即 ）。
当我使用时print(survobject)，有一列events显示每个组的事件数。但是，我没有成功将此列提取为向量。
r - 生成 2 个 survdiff 对象之间的差异
是否可以使用生存包从 R 中的另一个对象中减去一个 survdiff 对象？
我想绘制一个图，显示一条生存曲线高于/低于另一条的间隔以及多少。
r - 生存包的 coxph 函数中的时间相关数据
在生存分析中考虑时间相关数据时，您有多个个体受试者的起止时间，每个起止时间都有协变量的测量值。coxph 函数如何跟踪它将开始和停止时间与协变量相关联的主题？
该函数如下所示
您的数据可能如下所示
如果没有单独的主题说明符，该功能如何逃脱？
r - 在 R 中拟合具有时变协变量的全参数比例风险模型
我需要用时变协变量拟合参数 PH 模型（因此，不是 Cox 模型）。我们可以在 R 中做到这一点吗？我听说 survreg 函数无法处理随时间变化的协变量。我徒劳地寻找可以解决这个问题的软件包。
r - 我的生存对象有什么问题？
我有一个生存对象R。
print(surv)给我
但是，quantile(surv)不起作用并输出
对我来说这有点奇怪，因为R能够计算中位数（177）但不能计算其他四分位数。
我的生存对象有什么问题？
[编辑]
也许这是问题的最小示例：在文档中（http://stat.ethz.ch/R-manual/R-patched/library/survival/html/quantile.survfit.html）有这个例子：
现在，如果我只想重复这个输出的第一行，我会做
quantile(fit$time)@Edwin建议在下面使用
然而，这显然会导致不同的结果。
[已关闭]
请忽略下面的答案，因为它们没有quantile.survfit在survival包中使用，而是使用Rs 内置quantile函数。
更新到最新版本的survival-package 以解决此问题。
这样做
请注意，您可能需要 root 权限才能执行此操作。