问题标签 [survival-analysis]
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r - 如何将 survfit 结果转换为相等的分层 data.table?
我创建了这个生存模型(带有多条曲线)..
..生成的fit对象将结果存储在fit$surv
. 然而,就我而言,不同曲线/组的生存估计长度是不相等的。不同曲线的长度见fit$strata
。
基本上数据是这样的:
我需要将这些数据提取到data.table
相同的组长度,就像这样..
有没有一种简单的方法可以做到这一点 - 或者我完全错过了一些明显的东西?
r - R coxph() 警告:Loglik 在变量之前收敛
我在使用 coxph() 时遇到了一些麻烦。我有两个分类变量:Sex 和 Probable Cause,我想将它们用作预测变量。性别只是典型的男性/女性,但可能的原因有 5 个选项。我不知道警告消息有什么问题。为什么置信区间从 0 到 Inf 且 p 值如此之高?
这是代码和输出:
谢谢
r - 在 R 中求生存函数的导数
我正在寻找 R 中生存函数的导数并将其存储在一个新函数中。
到目前为止,这是我的代码:
r - 如何将 R 中的“生存”包和 Surv 函数与左截断数据一起使用?
我正在尝试使用生存包中的Surv
andsurvfit
函数运行生存分析。我的大部分数据都被截断了,我不确定我是否将其输入Surv
功能正确。我的响应变量是时间(以年为单位),从桥梁被归类为缺陷开始,到倒塌结束。我可以追踪每座桥梁从 2012 年到 1992 年的缺陷状态,但不能再进一步了。审查的发生是因为许多桥梁从倒塌到 1992 年就被归类为缺陷,因此我不知道它们何时变得缺陷,因此我不知道它们真正的“寿命”(从分类不足而崩溃)。例如,一座桥在 1995 年倒塌,并在 1995 年、1994 年、1993 年和 1992 年被归类为有缺陷的。它可能在 1992 年首次被归类为有缺陷的,也有可能被归类为有缺陷的自 1984 年以来。
一些示例数据:
请注意,8 座桥中有 4 座被截断,即 1、2、4 和 8 号桥。我无法准确地观察到它们最初被归类为缺陷的时间。对于 3、5、6 和 7 号桥,我知道它们的确切寿命,因为它们在 1992 年之后出现缺陷,因此这些观察结果没有被删减。
然后我拟合以下模型:
我只是不确定这个模型是否正确。一方面,在文档中它说“时间”是针对右删失数据或间隔删失数据的开始时间。另一方面,我看不出这个模型如何解释未审查的观察结果。谁能告诉我这是否正确,如果不是,我需要改变什么以及为什么。任何帮助是极大的赞赏。非常感谢!
r - 如何从 survfit 对象中提取值
我创建了这个模型:
输出是:
所以,我想提取男性的中位数和女性的中位数,但不知道该怎么做。这是我的尝试:
我只想要每个值(“720”和“234.5”),有人可以帮助我吗?
提前致谢
r - 对拟合的生存对象进行交叉验证?
我可以看到 cv.glm 如何与 glm 对象一起工作,但是拟合的生存模型呢?
我有一堆模型(Weibull、Gompertz、lognormal 等)。我想使用交叉验证来评估预测误差。哪个包/函数可以在 R 中做到这一点?
r - 在生存分析中计算 AIC (survfit/coxph)
我想为我的生存分析对象(suvfit/coxph)计算 AIC 值。当我尝试这样做时,它说:
据我了解,这是软件限制。任何人都可以在不手动计算 AIC 值的情况下帮助我解决这个问题吗?
r - R中的应用生存分析
我似乎在处理该主题的基础知识时遇到了问题。对文献/网站/示例有什么建议吗?
我在“survfit”的语法及其参数和绘制 KM 曲线方面遇到了具体问题。
谢谢立然
r - 使用 lines() 后如何添加图例
首先,我制作了一个 CIF 图:
然后我添加一条 1 公里的曲线
我想知道为什么 1-KM 曲线没有图例
我尝试使用legend("topleft",c("1-KM curve"),lty=2:3,lwd=0.5)
,但无法删除第一个情节中的标签。
如果您能帮助我,我将非常合适!
r - Median Survival Rate
I'm trying to use the survival package in R to run a log rank test on median survival rates - is that possible? I'm using the code:
where Age = age at diagnosis; Survival = is how many years they survived; Treatment = is whether they received treatment (coded as 1 or 2)
If this is right, why am I getting the error:
Does Treatment need to coded as 0 or 1 instead of 1 or 2?