问题标签 [spatstat]

几个月前，我刚开始使用 spatstat。我正在尝试检测 4 个林地 (250mx250m) 上 15 个物种的直径在 2cm 和 4cm 之间的树苗的聚类（和聚类大小）。

我有 3 个协变量（地形、高度和树冠的开口）显示对密度（或强度）的影响。然而，使用聚类模型很可能是不可能的，因为弱聚类会根据方法给出非常不同的聚类大小（这可能与点数无关，因为对于超过 400 个点的物种，我获得了相同的结果）。

因此，我使用具有 3 个协变量（上述）的非齐次泊松模型来解释点的密度/强度（定量变量的对数二次关系和协变量之间的相互作用）。

然后我尝试使用基于汇总函数（配对相关函数）的蒙特卡罗检验来检测聚类并推断聚类大小。簇大小将是在观察点上计算的对相关性高于模拟的最大距离。但我想知道是否应该使用非齐次或齐次对相关函数来检测聚类并推断聚类大小，因为在 Baddeley 等人的书中。2015 年，他们在数据页 398-399 上使用了具有非齐次泊松模型的齐次 L 汇总函数。我认为如果点过程不是齐次的（就是这种情况），我应该使用非齐次函数作为汇总函数。此外，根据集群大小不同的模拟，我得到的结果也大不相同。是因为模型拟合不佳还是仅仅因为方法本身？有没有更好的方法来测量集群的大小？

如果有人可以帮助我，我将不胜感激！

问候，

我正在尝试在 R 版本 3.2.3 中从德国（明斯特）的 CRAN 镜像安装软件包 Spatstat，但由于该软件包未包含在可安装的软件包列表中，所以这是不可能的。

关于安装这个包的问题有一个类似的问题，但问题是旧版本的 R，这不是我的情况。

有谁知道为什么我的 CRAN 镜像的软件包列表中不包含“spatstats”，我该如何解决这个问题？

在此先感谢您的帮助。

我正在使用 R 中的 Spatstat 包进行空间点分析。我的数据集包含位置坐标，即某些事件的纬度和经度，最多小数点后 6 位。它有大约 9898 个观测值。

这是点模式摘要的输出：

平面点图案：9898点

平均强度 149786.3 点每平方单位

坐标精确到小数点后 6 位

单位

窗口面积 = 0.0660808 平方单位

我的问题是，平均强度值怎么会这么大？还是我创建点模式的方法是错误的？请帮忙！

我正在尝试使用 R 包中的kppm函数来拟合集群过程模型spatstat。现在，我收到一条错误消息：

系统在计算上是奇异的：倒数条件数 = 6.62594e-21"

连同警告信息：

无法计算方差：Fisher 信息矩阵是奇异的

这是什么意思？我选择的型号有错吗？还是我应该只使用 ppm 模型？这是错误消息的屏幕截图：-

请帮忙！

我想知道是否有人知道如何在 spatstat 中分配标记，以便它们倾向于在空间上聚集？我有一组经纬度坐标，我想将其分为 4 组。我已经想出如何使用以下代码为这些点随机分配标记/组：

但我不知道如何分配标记，以便各组倾向于占据彼此更接近的点。作为更复杂的情况，我还希望每组内的点数每次都相同，指定的数字。有人有线索吗？提前致谢！

我在尝试为 中的点模式模型生成杠杆图时遇到一些麻烦spatstat。不过这很奇怪，因为昨天它在完全相同的模型上工作得非常好，而现在却不行。

我有一个具有 3 个协变量和一个 Geyer 交互的模型，它可以正常运行而不会产生任何警告消息。但是，当我尝试生成杠杆图时，我首先收到以下警告：

然后这个错误：

我认为问题与 R 试图拆分正交方案这一事实有关，因为之前，当它没有崩溃并且我能够使用完全相同的模型生成杠杆图时，它不必拆分它（或者至少它不会让我知道它！）

我正在运行 R 版本 3.3.1 和 spatstat 版本 1.46-1

我正在使用 spatstat 包和 ppp 函数基于 xy 位置创建树木的空间图。我已经能够做到这一点，每个点的大小都基于树的直径。我没能做的，我希望在这里找到一些帮助，是创建一个图例，让我能够展示这些不同的圆圈，并在情节中包括 6 种树种。这是我正在使用的代码：

我对情节中的每个物种都有类似的结构（西部铁杉和代码相同......）

谢谢！</p>

我有一个数据框

我想ppp通过pppofspatstat包转换为文件。我希望diameterandheight变量是marks，我不能这样做。我试过 f.ex 这个

但不起作用。

我想要的输出类似于finepines附加到spatstat包的数据文件

我试图避免手动运行 ~250 克拉克和埃文斯测试 (clarkevans.test)。

我在 excel 文件中有一个 xmin、xmax、ymin、ymax 坐标表，其中每一行都是操作窗口的尺寸。

在将 excel 文件 (read.csv) 读入 RI 后，似乎无法获得任何形式的“应用”和“owin”来协同工作以为每一行输出一个 owin。最终我需要创建 ppp 并以类似的方式运行 clarkevans.test，但现在我只需要第一步的帮助。

我已经尝试了几种变体，但我无法得到任何工作。

我目前正在使用 Lascelles 等人 (2016) 在他们的论文“将全球标准应用于跟踪数据以定义海洋保护的重要区域”中提供的脚本分析运动数据。我对脚本进行了一些更改和添加，现在面临的问题是所需的不同包在同一版本的 R 中不起作用。

我正在使用包“trip”，据我所见，它适用于> = 3.2.5，但取决于适用于> = 3.3.0的spatstat。该脚本还使用“sp”包中的覆盖函数，但是该函数已被弃用，因此为了运行需要旧版本的 R（我以前使用过 3.0.3 版本。

有没有办法在同一个项目中使用多个版本的 R，或者我是否必须重写脚本以避免使用在同一个 R 版本中不起作用的函数？