问题标签 [spatstat]

当我尝试在 spatstat 中计算 Gest 时，出现错误：

缺少引导输出矩阵。

有谁知道我做错了什么？

我想知道 Spatialpolygons 类的对象与 Polygons 类的对象有哪些信息。

我有 (x, y, z) 形式的数据，其中 x 和 y 不在常规网格上。我希望显示这些数据的 2D 颜色图，其中强度（例如灰度）映射到 z 变量。一个明显的解决方案是在规则网格上插值（见下文），

但是，这会丢失初始网格的信息（具有实际数据的点的位置），这些信息在某些位置可能非常精细或非常粗糙。我更喜欢使用三角形的 delaunay 平铺，它准确地代表了原始数据点的实际位置和密度。

理想情况下，解决方案将

• 在绘图函数之外计算曲面细分，以便可以使用 、 或 基本图形来绘制生成ggplot2的lattice多边形

• 快点。在我的真实示例中（约 1e5 分），曲面细分的计算deldir可能非常缓慢。

“镶嵌”是指 Delaunay 三角形或 Voronoi 图，尽管我更喜欢前者。然而，它带来了基于原始数据点对每个三角形的颜色进行插值的额外复杂性。

我希望在具有以下约束的正方形中创建一组 2D 的 N 点（通常为 1e2 - 1e4）：

• 所有点之间应有最小距离（硬核禁区）

• 填充正方形的点数是预先给出的（或近似估计），因为我想获得固定的密度（如果需要，我可以在之后稍微调整正方形的大小）。

• 模式应该是合理的“随机”

• 快速解决方案是首选

我以前在包 spatstat 中使用过 rStrauss，但我永远无法弄清楚如何可靠地获得给定数量的点，而且该功能经常会使我的机器停顿 10 分钟，大概是因为任务太难了。我猜可能有更合适的功能。

编辑：如答案中所建议

我已将 shapefile 转换为 SpatialPolygons 类，并将其转换为带有 as(x, "owin") 的窗口，但我找不到任何可以使用的东西

我必须以什么格式获取 shapefile 才能将其用作 PPP 对象中的窗口？

谢谢

我正在尝试在另一个已经使用 R 的彩色多边形的 shapefile 之上绘制多边形的 shapefile，并且我正在使用 maptools 和 rgdal。我想将底部 shapefile（具有多个多边形）剪辑到由顶部 shapefile 分隔的区域，顶部 shapefile 具有四个多边形（我认为）。我知道如何填充顶部多边形的内部，当然，通过使用 plot() 中的 col= 命令。但我想要做的是将顶部多边形的外部填充为白色，并通过顶部多边形的内部使底部彩色多边形可见。在我能够做到这一点之后，我将重新绘制底部多边形的边界。我在 Windows 7 机器上使用 R 2.13.2 和最新版本的 maptools 和 rgdal 以及它们的所有依赖项。

我有依赖于这些 shapefile 的代码：ftp: //ftpext.usgs.gov/pub/er/wi/la.crosse/McKann/bcr%20arcinfo%20files/

我可以使范围图的内部成为一种颜色

但我想做的是让外面变成白色（这样我以后可以在上面画出州和省的边界），并保持里面透明，这样我就可以看到范围内的州和省的颜色。

如果您需要更多信息，请告诉我，并提前感谢您的帮助。也许有更简单的方法...

我有一个土地覆盖栅格文件，我已将其缩减为仅包含树木覆盖单元格。我clump在 raster 包中使用了 clump() 将森林的连续区域聚集在一起。这使所有相互接触的单元格都具有相同的 ID，因为它们是同一个补丁的一部分。
然后我想找出每个丛的 PatchStat()，我通过将丛栅格转换为 as.matrix 来做到这一点。我试图让 PatchStat() 对栅格执行此操作，但它仅在它位于矩阵中时才有效。

我现在想用补丁统计输出制作一个栅格，即“perim.area.ratio”。因此，对应于丛 1 的每个单元格都将获得与丛 1 对应的 perim.area.ratio 值。为此，我从我的丛栅格中制作了一个 data.frame()，它具有：lon, lat, layer(clumpID), cellID。我尝试使用layer和patchID
将我的丛集栅格 data.frame 与 PatchStat 输出合并。但是，会发生错误：

fix.by(by.x, x) 中的错误：“by”必须指定有效的列。

任何想法我可以如何以另一种方式做到这一点，或者为什么这些列无效？代码如下。

我有一个距离序列，我想在 spatstat 中绘制一条线。例子：

我想以下列方式在用作标签的lengths基础上进行绘图（the.line使用Illustrator 添加的标签）：seqs$name

有人知道该怎么做吗？非常感谢您的帮助！

所以我遇到的问题是非常基本的，但我似乎无法解决它。我一直在使用 spatstat 的 F、G、J、K 和 L 函数，我想在与不同点过程的 F 函数相同的图上绘制一个点过程的 F 函数。这很容易，除了我的一个点过程将函数评估为 r = 20，另一个评估为 r = 15（'r' 是 x 轴上的自变量）。我希望它们都被评估为相同的 r 值，最好是 20。我该怎么做？本质上，这就是问题所在。

首先，我创建包含函数值的数据框：

然后，出于某种原因，这行代码：

不会评估为与此代码行相同的“r”（自变量）值：

两个图都来自 xlim = c(0,20) 和 ylim = c(0,0.8)，但由于某种原因，第二个图在 x = 15 处停止评估函数。考虑到它们是从同一个对象绘制的，我没有不知道为什么他们不产生相同的情节。

附带说明一下，我遇到了另一个问题：在使用 F、J 和 K 函数时，我发现调整限制（尤其是自变量的限制）会导致 R 意外崩溃。如果您遇到此问题，或知道解决方案，请告诉我。

谢谢！

我正在使用包 spatstat。我有一个坐标数据框，我分为两组，健康（Mark=no）和患病（Mark=yes）。我能够找到病变点与所有其他点之间的距离：

但是现在我需要根据它们与患病点的距离来评论我的点，有点像：

我是在 R 中使用循环的新手，在 Matlab 中我从来没有真正擅长它，我仍在阅读所有帮助指南，但任何关于如何做到这一点的提示都会非常有帮助。

D 看起来像：