问题标签 [spatstat]

我在（R 库）中创建了一个无错误的 ppmspatstat以及相关的残差。它基于大约 25,000 个数据点。但是，当我尝试使用 plot.msr 绘制残差时，我收到以下消息：

关于这意味着什么以及我可以做些什么来解决问题的任何建议

谢谢

我正在尝试使用 R 中 spatstat 包中的 ppm() 函数对带有图像协变量的点过程进行建模。我将栅格转换为 im 对象以与 spatstat 一起使用，但使用 im 作为协变量时遇到了问题在模型中。像素值是数字的，但这些实际上只是不同景观区域的代码，所以问题的关键是让模型将像素值作为因子而不是数字来读取。我尝试了以下两种方法（R代码和数据如下所示）。第一个包括在将栅格对象转换为 im 对象之前将栅格值从数值转换为因子。使用 as.factor() 函数，这似乎具有将值转换为因子的预期效果。但是，当我使用这个协变量运行 ppm 模型时，ppm() 函数不包括模型中每个因子水平的参数（与参考水平相比）。相反，它将协变量视为数字，只有一个协变量的一个参数。第二种方法是运行 ppm 模型，其中因子（协变量）用于在公式参数中指定协变量，而不仅仅是协变量本身。这实际上适用于拟合模型，与参考相比，为每个因子水平提供了一个参数。但是，当我运行 predict.ppm() 来获得我的预测时，它会失败，因为我在公式参数中使用了 factor()。问题是，我如何运行 ppm 模型，使其将协变量图像的值识别为因子，从而为每个因子水平（减去参考值）拟合具有参数估计的模型，并允许使用 predict.ppm 进行预测()。

此处的点过程数据为 csv 格式：https ://www.dropbox.com/s/tp1opzsmc14e2hb/EbolaData_AnalyticSet_8.8.14.csv?dl=0

协变量的 tiff 文件在这里：https ://www.dropbox.com/s/0fyt0jflokrpp5z/anthrome2000_global_5min.tif?dl=0

R代码如下：

我有一组受复杂多边形约束的点（纬度和经度）。但是，有些点不在多边形的范围内，我想从原始数据框（不是 ppp 对象，如下所述）中对这些点进行子集化。

正如预期的那样，错误消息1 point was rejected as lying outside the specified window出现了。我将如何对原始数据框进行子集化df以找出哪些点被拒绝？

我正在寻找一种方法来获取一个SpatialLines对象内所有交叉点的 xy 坐标或SpatialLinesDataFrame. 我找到了的函数gIntersect，rgeos但它只查看两个数据集之间的交集。由于我正在使用超过 50 万行的数据集，因此需要花费太多时间来为每一行创建一个单独的文件并检查是否有任何行与另一行相交。在 ArcMap 中有一个 Intersect 函数可以在几秒钟内完成，我想知道 R 中是否也有这样的函数。谢谢！

我想请你帮忙找出为什么当我使用函数信封时，我的参数不被接受，而是定义了“未使用的参数”。我使用的数据是没有标记的 ppp，我想用模拟数据和我的数据创建一个 L 函数图。这是我的 ppp 数据的代码：

接着：

所需的模拟次数

要显示的所需 p 显着性水平

而此时的包络函数似乎不是很开心：

这似乎是一个通用错误，我不确定它是由包 spatstat 引起的。请帮助我找到解决方案，因为我无法继续进行分析。

非常感谢，

玛蒂娜

我试图通过显示网格中每个像素的交叉次数来传达 2D 空间中线条的集中度。我正在描绘类似于密度图的东西，但单位更直观。我被 spatstat 包及其线段类 (psp) 所吸引，因为它允许您通过端点定义线段并将整条线合并到计算中。但是，我正在努力寻找正确的功能组合来计算这些数量，并希望得到任何建议。

如下面的 50 行示例所示，密度函数生成 (0,140) 中的值，pixellate 函数计算每个像素的总长度并获取 (0, 0.04) 中的值，as.mask 生成是否一条线穿过每个像素。我希望看到比例取整数值的东西，比如 0..10。

pixellate.psp 函数允许您有选择地指定要在计算中使用的权重。我考虑尝试对其进行操作以标准化像素以对每个交叉点进行计数，但权重仅应用于每条线（而不是特定于线/像素对）。我还考虑过为每一行计算一个二进制掩码并添加结果，但似乎应该有一种更简单的方法。我知道您可以沿一条线对点进行采样，然后按像素对点进行计数。但是，我担心要正确采样，以便每个像素的线交叉只有一个点。

在 R 中是否有一种直接的方法可以做到这一点？否则，这是否是对未来软件包增强的适当建议？这是否更容易用另一种语言（如 python 或 matlab）完成？

上面的示例和我的测试是在 x86_64-w64-mingw32 上使用 spatstat 1.40-0、R 3.1.2。

我对 R 非常陌生，正在尝试确定包含约 500k 点的形状文件是否是随机分布的。无论我输入什么参数，我都会收到相同的错误消息。

这是我从一开始就拥有的：

所以我的下一个尝试是：

和我最后的尝试：

就像我说的，我对此很陌生，只有业余 python 经验，但我是一名研究生，需要将此功能用于项目。任何帮助将不胜感激。

干杯

我想找到点和多边形边界之间的最小距离（所有点都在多边形内）。如果可能的话，我该如何提取这些值？，这样我就可以找到个体数量与与边界的距离之间的相关性。

多边形采用 .SHP 格式，点在 X/Y 坐标上。

任何遗漏的信息请告诉我！非常感谢您的帮助！

我很惭愧用一个愚蠢的（但对我来说非常必要的）问题来打扰你。我有一堆纬度/经度点几乎随机分布在 ca 的一个矩形内。2 x 3 度（纬度 x 经度）。

我需要计算到第二个最近邻居的最大距离以及到最远邻居的最大距离。我使用包spatstat计算了这些，

，分别获得的距离为 0.3 到 4.2。

我需要以公里为单位的这些距离。所以，我认为距离由nndistwhere 以弧度表示。
因此，如果 θ = a /r，其中 θ 是以弧度为单位的对角，a 是弧长，r 是地球半径），则计算a方程变为：a = θr。

但是，以这种方式转换的距离范围为：

a = 6371 * 0.3 = 1911.3，并且

a= 6371 * 4.2 = 2650.2

这显然是错误的；因为使用 Qgis 测量的最远点之间的最大距离仅为 480 公里……</p>

谁能指出我错在哪里？

非常感谢提前！！！

'spatstat' 包的安装工作正常。但是当我加载包时，>library(spatstat)我得到以下响应：

loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]) 中的错误：es gibt kein Paket namens 'goftest'

另外：警告信息：

Paket 'spatstat' wurde under R Version 3.0.3 erstellt

错误：Laden von Paket oder Namensraum für 'spatstat' fehlgeschlagen

翻译成英文：

loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]) 中的错误：包 'goftest' 不存在

另外：警告信息：

Paket 'spatstat' 已在 R 版本 3.0.3 下创建

错误：为“spatstat”加载包和命名空间失败

有什么想法有什么问题吗？我重新安装了很多次，仍然出现同样的错误。