问题标签 [scipy.ndimage]

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python - 在 Python 中使用 regionprops

我正在尝试分析灰度 TIFF 堆栈,其中给定的帧看起来像这样。我对其进行过滤(使用高斯模糊),然后对其进行二值化(使用 Otsu 的阈值方法)。

MATLAB 代码,效果很好:

示例图像中的每个白点都被拾取,其体积(以像素为单位)非常准确地由 给出object_size

Python代码:

Python 代码似乎工作得很好……除了大多数检测到的对象将有object_size1 - 200 个,然后几个将有几千个像素的大小。

这些功能有什么不同?我很乐意在 Python 中尝试另一种方法来计算对象大小,但我很难找到另一种方法。如果我能找到一个很好的 Matlabbwconncomp函数替代品,那么拥有这段代码的 Python 版本会很棒。

在此处输入图像描述

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python-3.x - 如何从图像中搜索数字、字母和字母数字?

我想做的是图像识别

  1. 给定图像(5000 × 3500)尺寸(白色背景)

  2. 图像将具有几何图形以及字母数字

  3. python会做识别。

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python - 在python中计算运行中位数的最短方法是什么?

我需要在 python 中计算运行中位数。目前我这样做:

在这里,数据存储在 dx(x 坐标)和 dy(y 坐标)中,中值被 dy 取代并绘制在 dx 上(必须移动 window/2)。假设 x 和窗口大小的均匀间距为 20。

有没有更短的方法?

例如,运行平均可以这样完成:

在站点包中预定义的运行 X函数也可以。

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python - 这个图像内核相关矩阵代表什么?

我正在尝试一些计算机视觉技术,特别是特征检测。我试图通过在图像和特征内核之间进行自相关来识别特征。

但是,生成的相关矩阵对我来说没有意义......谁能帮我理解如何解释或可视化这个矩阵,以便特征所在的位置很明显?

功能内核:

在此处输入图像描述

原图:

莱娜,原始图像

代码:

结果:

代码结果

因此,在第一个结果图像中,在 (150,200) 处有一个明显的最大值点。我将此解释为该功能最可能的位置。

然而,在第二个结果图像,相关矩阵结果中,没有明显的模式。我期待会有一些明显的高相关点。

帮助?

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python - 高斯核的值(系数)是多少?

可以使用以下命令将高斯滤波器应用于图像:

  1. cv.GaussianBlur(src, ksize, sigmaX[, dst[, sigmaY[, borderType=BORDER_DEFAULT]]] )

例如:

答案是:

  1. from scipy.ndimage import gaussian_filter gaussian_filter(a, sigma=1,mode='constant',cval=0)

例如,我的代码是:

答案是:

  1. 我们可以使用方程 $G(x,y) = \frac{1}{2\pi \sigma^2}e^{-\frac{x^2+y^2}{2\sigma^ 创建我们的过滤器2}}$,然后使用cv2.filter2D命令将此文件管理器应用于图像。

例如,我的代码是:

答案是:

所有这些方法的答案都是不同的,所以我的问题是过滤器使用了哪些内核值(系数)。

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python - 任何建议调整仅由 0 和 1 组成的 3d 图像数组的大小?

我想调整(缩小)脑肿瘤分割的地面真实 3d 图像的大小。

以下是一些 gt + 大脑图像:

在此处输入图像描述

Gt 图像是 3d numpy 数组,仅包含 0 和 1 值(只有绿色体素和黑色体素,gt 图像中不包括大脑)。

我使用了 scipy zoom,顺序为 3 和最近模式。调整图像大小后,其中一些还可以,但有些则不行。您可以在上面的第一张和第二张图片中看到问题。肿瘤区域有许多在调整大小之前不存在的孔。第三张图似乎没有问题。

我在缩放功能中修改了一些选项,但没有找到合适的解决方案。请帮我解决这个问题。谢谢你。

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numpy - numpy/scipy 中的异形渐变填充

寻找一种方法来填充任意形状内的所有值的梯度值......它必须遵循形状的轮廓。例如,gimp 中的“渐变形状”填充工具将为您提供:

在此处输入图像描述

输出应该是一个 2d numpy 数组。

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python - scipy.ndimage.generic_filter1d 不工作

我第一次尝试使用 scipy.ndimage.generic_filter1d ,但进展不顺利。这就是我正在尝试的

但我得到这个错误:

我正在使用 scipy 1.4.1 我做错了什么?

对于该功能,我也尝试了 np.mean 但后来我得到了这个:

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python - 为什么 find_objects 会给出一堆无,然后是整个图像的范围?

我试图找到在不同帧中检测到的所有对象,我认为这将给出阈值中检测到的每个区域的列表,但是find_objects给出了一堆“无”和整个图像的范围?

相关代码可以从这里测试

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python - Python中的2D局部最大值和最小值

我有一个数据框 df,代表一个相关矩阵,这个热图带有示例极值。显然,每个点都有 (x,y,value): 热图

我正在研究获取局部极值。我查看了argrelextrema,我在各个行上进行了尝试,结果符合预期,但这不适用于 2D。我也研究过scipy.signal.find_peaks,但这是针对一维数组的。

Python中是否有任何东西会返回超过/低于某些值(阈值)的局部极值?类似于 (x, y, value) 的数组?如果没有,那么你能指出我正确的方向吗?