问题标签 [rscript]

更新：

在尝试了对此问题的评论中详述的各种事情后，我的问题已经演变。正如@apple16 所建议的那样，之前在这个问题中描述的问题确实可能是由于错误的JSON 造成的，或者与"$PATH"@RandyLai 讨论的那样与我的配置有关。

我可能已经确定了根本问题：字符编码。使用我在 Sublime Text 中的构建变体和我的.Rmd文档的 YAML 前端中的变音符号（我在这里提出原始问题时一直在这样做）会导致与最初描述的错误不同的错误，我似乎不再得到：

有趣的是，这个错误不会在 RStudio 或终端（或从 shell 脚本）中使用相同的 YAML 引发，在这些地方一切都完美呈现。当我从 YAML 中删除变音符号时，ST 中没有错误；但是，如果我将变音符号放在主文档中，它们会像NA在生成的 HTML 中一样呈现。这种类似于之前发生的事情，我在下面描述为“古怪错误”的 HTML 输出。

在对这个问题的评论中，我尝试对我的事情做各种事情"$PATH"，现在就像@RandyLai 一样，似乎没有必要；我特别指的是添加路径 to pandoc:/etc/launchd.config在恢复默认路径后/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin，一切都在 ST 中工作，正如我现在描述的那样，无论我在SublimeKnitr-knitr's.sublime-build还是在R Box-R Markdown's中使用我的构建变体.sublime-build。

这是我的语言环境信息，以防有用：

我试图找出 Sublime Text 如何执行其.sublime-build文件。

在我的 Mac (v10.9.3) 上的 Sublime Text 3 中，我为SublimeKnitrknitr-Markdown和R Box的R Markdown语法创建了一个自定义构建变体；这是我.sublime-build的前者文件，它具有功能齐全的原始/默认构建，然后是我的错误变体：

这是我.sublime-build的 for R Box 的 R Markdown，它与 SublimeKnitr 的 knitr-Markdown 构建非常相似：

在我的自定义构建变体中，我尝试使用这对键cmd和shell，以及shell_cmd上面代码中引用的，我认为这是 ST3 的新功能。无论如何，在终端中，两者都会做我运行时都不会发生的不良事情：

也不是当我运行时，在 RStudio 中：

使用 SublimeKnitr 的构建与使用 R Box 的构建一样，我得到了相同的结果。我得到的输出如下：

1. 与映射：

   我得到：

   请注意，我确实已经pandoc安装并完全运行，例如：

   /li>

2. 与映射：

   我得到了所需的文档类型 HTML，但 HTML 非常错误，并且与从终端和 RStudio 运行上述代码时得到的不同；此外，仅在 Sublime Text 中，我收到以下警告：

   请注意，如果像上面引用的原始构建配置一样，我使用括号“ [ ”，如下所示：

   当我尝试运行构建变体时，除了保存我的文件之外，Sublime 不构建也不做任何事情。

我的问题似乎是特定于用户的，因此我正在寻找有关如何.sublime-build执行文件的更精确信息。我从一些非官方文档中了解到，默认情况下会运行一些 Python；但是，如上所述，当我从终端运行与我的构建变体中包含的相同代码时，怎么可能呢，即：

我从 Sublime Text 得到了如此不同的结果？谢谢你的帮助。

我正在尝试使用 R 创建一个时间序列图，其中从 REST 请求中获取日期，然后我想以一周为间隔对日期发生进行分组和计数。我遵循 R 中 ts() 的示例并尝试了绘图，效果很好。但是我找不到任何示例来说明如何根据现有数据创建日期聚合。有人可以指出我正确的方向吗？

这是我解析的 REST 数据的示例：

REST 响应摘录....

此致，代码 B。

如何让我的 Rscript 参数更改目录？

如果我的命令行参数是 Rscript test.R "foo1"，我想这样做setwd("~/foo1")，但我得到它无法更改工作目录的错误。

示例命令行是Rscript test.R 0 1 10 "~/foo1"

我最近在 Linux Redhat 服务器上安装了 R 3.1.0 的本地版本，如下所示：

此外，我在我的 .bashrc 中更新了 PATH 和 R_LIBS。如果我运行path/to/local/R/bin/Rscript --version，那么它会返回正确的版本号。但是，如果我给它一个打印它的测试脚本，sessionInfo它会从系统范围的 R 安装中产生信息。

我还需要做些什么来使用 Rscript 运行本地版本的 R 吗？从在这里阅读类似的问题，看起来上面的代码应该是所有必要的。这里有一个类似的 SO 问题，但尚未解决。

编辑： 我刚刚在 VM 中启动了 Ubuntu，并且能够在本地安装 R 并毫无问题地运行 Rscript（使用上面列出的相同命令）。我疯了吗？此服务器上的 Redhat 环境中是否有任何可能会破坏安装的东西？健全性检查？

I have the following list in R and I want to replace all NULL in the list with zero. Is there a better way of doing this rather than iterating through the list?

我已经尝试过 Rscript 和 R CMD BATCH。

例如，如果我运行这个简单的 R 脚本：

通过使用

我得到以下 test.Rout 文件：

我没有看到预期的输出：

任何地方 - 在命令行或 test.Rout 文件中。

使用 Rscript 我在命令行上也看不到任何输出。

如果我在 RStudio 中运行它，我有一个很长的 R 脚本，它会在特定目录下写入一个报告文件。但是，当我使用 R CMD BATCH 运行此脚本时，我看不到目录中生成的文件。在相应的 .Rout 文件中，我看到代码各行的类似运行语句 - 而不是执行结果。

我正在使用 Ubuntu 12.04 LTS。

我究竟做错了什么？

谢谢！

在 bash 脚本中使用 rscript

我传递的文本文件的内容有参数。脚本

"$SCRIPTS/myscript.R" "$filecontent"

当文件有 +- 超过 4000 行时，我得到以下信息

/usr/bin/Rscript: Argument list too long

有什么办法可以增加接受参数的长度，以便我可以传递大文件？

我正在尝试使用 Rscript 从命令行运行一些 R 脚本。我在 mac 和 linux 上都尝试过，并在两者上都遇到了以下问题。如果我只是将它输入到 R 中，下面的测试脚本就可以正常工作：

该脚本只是打印出函数“is”。但是，如果我把它放在这样的文件中：

然后使用“./test.R”或“Rscript test.R”运行它，我收到以下错误：

似乎 Rscript 中没有像 R 中那样定义“is”函数。我怎样才能使我的脚本工作？

注意：显然我的目标不仅仅是打印出“is”函数。我正在尝试使用 gamlss，而“is”函数被 gamlss 调用，导致出现此错误。

编辑：在 R 中， sessionInfo() 给出：

从 Rscript 中，它给出：

下面的脚本工作得非常好和快，可以用 +-4000 行以下的文件进行标记注释。超过这个大约 4000 行，脚本就会挂起。并且从不处理数据。输入文件是纯文本，并使用 bash 脚本在 R 脚本的参数中给出

我正在使用 Rscript 运行 R 脚本，但我在屏幕上得到了很多输出。我可以在静默模式下运行 Rscript（意味着没有任何屏幕输出）吗？