问题标签 [rscript]

我有一个 R 脚本，它查询数据库、运行一些分析、根据当前系统日期绘制一些图表。

我想让这个脚本每天在启动时运行，我想我可以很简单地使用带有必要参数的 rscript.exe 快捷方式来做到这一点。

这工作正常，但是脚本在运行后退出，对于查看图表不是很有用。

我用的是XP和win7。

有没有一种简单的方法可以将脚本的输出保留在屏幕上？我尝试将扫描合并到脚本中，但它不会暂停。

我知道我可以打开 rgui 并运行一行代码，但计划是将其部署到完全不熟悉 R 的同事的计算机上。

我正在编写一个使用 roxygen2 自动对我的包进行 roxygenize 的脚本。我希望它是可执行的，以便它可以成为准备和安装包的更大脚本的一部分，但由于某种原因我不能使它与 Rscript 一起使用。

这是代码：

如果我启动交互式 R 会话或使用 R CMD BATCH 提交代码，这将正常工作。但是，如果我通过 Rscript 直接将脚本作为可执行文件运行，我会得到这个输出和错误（无论脚本是在当前目录还是 bin 中，我都会得到错误）。

看起来 setPackageName 在 base R 中，所以我不知道为什么它不存在。此外，我在许多其他情况下使用 Rscript，这似乎是它失败的唯一地方。

任何帮助深表感谢。

我在单个 R 文件中有代码，我希望能够在开发期间在 RStudio 中获取（即定义我的函数等），并且还可以#! /usr/bin/env Rscript通过命令行使用语法运行（实际上，使用 Hadoop）。对于后者，我需要做的最后一件事是Rscript开始分析（即，使用对main()函数的调用）。对于前者，我不想main()调用我的函数。我希望能够测试代码是否在 Rscript 中运行（或者，在 RStudio 中），以便我可以执行main()或不执行。请问这样可以吗？

一种解决方案是将我的代码分成多个文件，但如果可能的话，我宁愿避免这种情况（使 Hadoop 的东西更容易一些）。

提前致谢。

我创建了一个 R 脚本，它需要先加载一些库。

问题是脚本需要 1.6 秒来完成它的计算（用 Linux 命令“时间”测量了很多次），而加载库只需要 0.7 秒！

该脚本经常运行，因此库加载的延迟几乎占实际工作负载的 80%！

有什么方法可以预先加载库，以便每次脚本运行时都不会加载它们？

有什么其他建议可以绕过这种缓慢吗？

我正在尝试生成此图。 使用这个包

以下是数据文件
RAND,PREF,SEA,SN

代码：

输出：ae$SAE 中的错误：$ 运算符对原子向量无效调用：logrelrisk

非常感谢任何帮助。

我有一个带有以下源代码的 R 脚本：

D_G.txt 是一个巨大的文件，大约 5 GB。

现在，计算是在 Microsoft HPC 集群上执行的，因此，如您所知，当我提交作业时，它会在不同的物理节点上“拆分”；就我而言，每个都有 4 GB 的 RAM 内存。

好吧，经过一段时间后，我收到了臭名昭著的错误cannot allocate vector of size xxx Mb消息。我尝试使用限制可用内存的开关：

但没有任何改变。

我已经尝试了 32 位和 64 位的 Rscript 2.15.0，但没有成功。

我必须开发一个 Web 界面，允许用户输入一些输入，这些输入将作为参数传递给 Rscript 并将结果返回给用户。

对于做过类似网络界面的人，我有一些问题：

1. 使用哪个 Web 框架
2. 什么是通信 Web 界面和 Rscripts 的最简单方法（在 Web 应用程序架构中）
3. 我应该在服务器上安装 R（如果是，如何从 Web 界面启动 Rscripts）

可能重复：
R 从依赖项中抑制启动消息

我已经阅读了有关使用sink("NUL")/sink("/dev/null")的信息，但它们都没有解决我遇到的问题。即使我将library()命令包装在sink("NUL")and中sink()，我对 Rscript 的调用也会输出我不想看到的各种信息：

最后的东西是我真正想要的唯一输出，也是我似乎能够用sink()命令抑制的唯一输出。似乎真的应该有一个参数来抑制这个输出（如果我的脚本在控制台中Rscript，它甚至不会出现）......任何输入？source

更新：已解决 我发现了这个问题。

使用 .libPaths() 函数，我能够确定在通过 PHP 运行 Rscript 时，安装 HH 包的默认目录不包含在库路径中，即使当 R 通过命令提示符。

我已经通过单独调用 .libPaths('new/file/path'); 解决了这个问题。在我动态创建的语法中。当我这样做时，测试 <-require('HH'); 测试; 返回真；

感谢所有帮助过的人。

我正在创建一个 PHP 脚本，它将在 R 中运行一些分析。此分析需要 hov.bf() 函数，它是HH包的一部分，但所有 R 输出（以及可能与 R 相关的进程) 从调用 hov.bf() 函数的行停止。如果我尝试通过 library('HH'); 加载 HH 库，则会出现相同的症状。令我困惑的是，通过（Ubuntu）命令提示符运行时，完全相同的 R 语法代码执行并输出所有打印语句（基本和 HH 函数）而没有错误。

代码概览：

PHP 创建 R 语法并写入文件 Rsyntax.txt。以下一些行位于 R 语法文件中：

生成语法文件后，PHP 然后运行：

当通过 PHP 运行时，输出文件将包含在调用 hov.bf() 之前创建的所有输出，但在此调用之后似乎没有运行任何内容。也就是说，“hello-1”存在于输出文件中，但“hello-2”和 hov.bf() 调用下的所有其他输出不会写入文件。但是，当我将 PHP 的 exec() 中的确切命令复制并粘贴到 Ubuntu 的命令提示符时，它会毫无问题地运行所有R 语法。我还尝试将 .Rprofile 设置为在加载 R 时默认加载 HH 包，但这并没有通过 PHP 解决问题。

如果有人有任何想法，我将不胜感激。我已经没有什么想法了。

谢谢你。

在 R 中，我正在使用 csv 读取带有注释的文件

该文件如下所示：

现在我使用提取未注释的行

这让我：

我正在通过一些单独的脚本修改这些数据，该脚本维护行数/列数，并希望将其放回原始读取数据（带有用户评论）并像这样将其返回给用户

由于我在 read.data 中提取的数据保留了行名 row.names(read.data)，所以我尝试了

但这不起作用，我得到了一堆 NA/s

有任何想法吗？