问题标签 [rscript]

我的问题：

我有一个myscript.R使用配置文件的 R 脚本，例如config.xml，将此类脚本提交给作业调度程序（例如，使用 qsub）的最佳方式是什么？

我希望能够以与我使用相同的方式使用脚本和文件，例如嵌入在 bash 脚本中的 C 或 Fortran 可执行文件。

我目前如何使用 FORTRAN：

以下是我使用已编译的 Fortran 可执行文件的方法示例，fex如下所示fscript.sh：

上面的内容fscript.sh可以发送到集群，并带有读取配置文件的指令，如下所示：

我目前如何以类似的方式使用 R：

为了以类似的方式运行 R，我使用的是 bash 脚本rscript.sh

这可以在命令行运行，例如

其中rscript.R包含类似的东西

我的问题

1. Rscript 或编译器会提供比我目前使用的 bash 更强大的方法吗？
2. 在哪种情况下，一种比另一种更合适（优点和缺点是什么）？
3. 在这两种情况下我将如何传递配置文件？

到目前为止我做了什么

除了提出上述 bash 脚本rscript.sh之外，我还阅读了有关Rscript和compiler的教程和一些文档，但我不清楚这些是否是一种优于另一种的上下文。此外，尚不清楚在任一上下文中传递配置文件的最佳方式。

这个问题与其他问题有关，例如，从 R 程序创建可执行文件的方法是什么，是否存在 R 编译器？. 但是，我认为这对于使用已编译的代码不是必需的。

我在 Windows 中使用 RScript，默认情况下它将图保存到 pdf 文件Rplots.pdf中，每页一个图。

我想将每个图保存到像 a 这样的图像文件.png中，这可能吗？

如何调用 R 脚本，如下所示

在 Windows 中？使用RorRscript时，不会读取任何内容。使用Rscriptor littler（都在 Linux 上），脚本按预期工作。

有没有办法在不更改 R 代码的情况下实现这一点？

--interactive也许相关：为什么Windows中没有开关？

我有兴趣为我正在创作的名为 Slidify 的 R 包提供命令行界面。它使用Rscript并且我认为这将使它成为跨平台的。脚本存储在子目录中inst/slidify。为了使用任何目录中的脚本，我.bash_profile像在 Mac 上一样将其路径添加到 my 中。

我的问题是

1. 我应该如何以自动化的跨平台方式处理脚本的安装？
2. 如何确保在此过程中保留文件权限？

3. 脚本的 shebang 行应该是什么？我目前正在使用

   #!/usr/bin/Rscript --vanilla --slave

我将不胜感激有关如何处理此问题的指针以及已经执行此操作的 R 包的任何示例。只是为了确保，我清楚这将如何工作，用户只需从命令行slides.Rmd运行即可生成幻灯片。slidify generate slides.Rmd

更新：

这是我从命令行在 Mac 上安装它的方法。我使用 37 个信号的优秀子库来创建脚本。

echo "$(path/to/clidir/slidify init -)" >> ~/.bash_profile exec bash

两个后续问题

1. 我可以将这些命令打包成 R 函数install_slidify_cli吗？
2. 如何为 Windows 用户镜像这些命令？

我目前正在编写一些代码

1. 通过 API 连接到服务器并获取一堆数据，
2. 按案例 ID 组织该数据，
3. 生成个案报告，
4. 每个案例创建一个 pdf（案例概述）文件，最后
5. 将这些文件推送回服务器。

我对 R 很熟悉，对 pdflatex 也有些熟悉。我刚刚发现了 bash 脚本——因为我已经开始在 Ubuntu 环境中工作——我现在开始意识到哪些程序最适合这项工作并不简单。

我目前的计划是在 R 中使用 RCrul 获取数据，在 R 中组织数据并生成一堆 .tex 文件。以后我打算使用 pdflatex 创建 pdf 文件，最后再次使用 R 将新创建的 pdf 文件推送回服务器。我已经开始写一个小的 bash 脚本，

我希望有人能告诉我什么软件最适合工作的各个部分，什么软件能给我最好的表现。

数据不是那么广泛，我将处理大约 500 到 2000 个案例和大约 20 到 30 个变量。

我在以下路径本地保存了一个 .R 文件：

RScript.exe 的命令是：

我尝试运行：

但它返回 1 - 并且 .R 脚本没有成功运行。我究竟做错了什么？我是 Python 新手，所以这可能是一个简单的语法错误......我也尝试了这些，但它们都返回 1：

谢谢！

我尝试通过 python GUI 运行 R 脚本。

在 R 控制台下，我安装了 rgl 包。在 windows-7 中，R 在当前用户文件夹下安装包，而不是 ProgramFiles\R... 文件夹。

我有一个简单的demo.r脚本：

如果我使用新安装的 rgl 包和以下命令行运行 demo.r 脚本：

它完美地工作！

现在，如果我使用以下脚本从 python 运行它：

我收到一条错误消息，提示未找到/安装 rgl。

我检查了如果我的 demo.r 只包含一个简单的打印到屏幕命令，它可以工作。这意味着当从 python 启动时，Rscript.exe 不再知道在哪里可以找到用户文件夹下的 rgl 包。

如果我将 rgl 包文件夹从用户文件夹复制到 ProgramFiles\R... 文件夹，那么它可以工作。

有谁知道我如何指定让 python 运行 R 脚本并使用用户文件夹中的包？

谢谢

我有一个简单的 csv 文件，其中包含 2 列数字，标题为“Colli_On”和“Colli_Off”。我编写了一个简单的 Rscript，它传递了 3 个参数——文件名和列名——并且想生成一个平淡无奇的奥特曼图。但是我收到以下错误消息

我哪里错了？

我需要knit2html使用Rscript. 我尝试了以下代码并且它有效

但是，当我引入 R 代码块（或任何涉及反引号的内容）时，该过程会挂起。所以以下不起作用

出于我的使用目的，我只能访问内容，因此不能将文件传递给knit2html，我知道这会起作用。

我的问题是如何使这项工作。我知道问题出在反引号，我已经尝试过逃避它们，但似乎没有任何效果。

与默认情况下会生成包含任何会导致脚本执行停止的错误消息的输出文件的类似命令不同R CMD BATCH，我无法找到使用Rscript. 我尝试在我的 linux shell 中使用管道来实现这一点：

但这只会传递错误发生之前发生的任何输出，因此该文件outputFile.R不包含任何错误信息。有谁知道如何捕获使用执行 R 文件RScript并将其保存到文件中发生的任何错误？