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我的问题：

我有一个myscript.R使用配置文件的 R 脚本，例如config.xml，将此类脚本提交给作业调度程序（例如，使用 qsub）的最佳方式是什么？

我希望能够以与我使用相同的方式使用脚本和文件，例如嵌入在 bash 脚本中的 C 或 Fortran 可执行文件。

我目前如何使用 FORTRAN：

以下是我使用已编译的 Fortran 可执行文件的方法示例，fex如下所示fscript.sh：

!#/bin/bash/
mpirun [arguments] "fex" -f $1

上面的内容fscript.sh可以发送到集群，并带有读取配置文件的指令，如下所示：

qsub [arguments] fscript.sh 1 config.xml

我目前如何以类似的方式使用 R：

为了以类似的方式运行 R，我使用的是 bash 脚本rscript.sh

#!/bin/bash
CONFIG=$1
env $CONFIG R --vanilla < myscript.R

这可以在命令行运行，例如

qsub [arguments] rscript.sh config.xml

其中rscript.R包含类似的东西

library(XML)
config <- Sys.getenv("CONFIG")
config <- xmlList(xmlParse(config.xml))
myfunction(config)

我的问题

  1. Rscript 或编译器会提供比我目前使用的 bash 更强大的方法吗？
  2. 在哪种情况下，一种比另一种更合适（优点和缺点是什么）？
  3. 在这两种情况下我将如何传递配置文件？

到目前为止我做了什么

除了提出上述 bash 脚本rscript.sh之外，我还阅读了有关Rscript和compiler的教程和一些文档，但我不清楚这些是否是一种优于另一种的上下文。此外，尚不清楚在任一上下文中传递配置文件的最佳方式。

这个问题与其他问题有关，例如，从 R 程序创建可执行文件的方法是什么，是否存在 R 编译器？. 但是，我认为这对于使用已编译的代码不是必需的。

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2 回答 2

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和什么compiler有什么关系？它将R 代码编译为 R 解释器的字节码，因此它可能不会做你怀疑的事情。

对于脚本，使用Rscript（随处可用）或littler（早于 Rscript）。

实际上，我们为此编写脚本的目的更明确地编写了 littler ，而我的“使用 R 的 HPC 简介”讲座（请参阅演示页面）实际上有将此类脚本提交给slurm 调度程序/资源管理器的示例（因为我从未访问过）。qsub

这里还有许多Rscript与命令行解析相关的其他问题。那应该让你开始。

于 2012-08-29T17:58:33.963 回答
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根据Dirk 的回答和另一个问题Parsing command line arguments in R scripts，我提出了以下解决方案，使我能够创建一个接受配置文件名称的 R 可执行文件

来自 OP的myscript.shandrscript.R可以合并为以下newrscript.R 

#!/usr/bin/Rscript
config.file <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
config <- xmlParse(config.file)
myfunction(config)

然后可以从命令行调用它，以与原始使用非常相似的方式传递配置文件的名称myscript.sh：

./newrscript.R config.xml
于 2012-08-29T20:49:43.337 回答