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更新：

在尝试了对此问题的评论中详述的各种事情后，我的问题已经演变。正如@apple16 所建议的那样，之前在这个问题中描述的问题确实可能是由于错误的JSON 造成的，或者与"$PATH"@RandyLai 讨论的那样与我的配置有关。

我可能已经确定了根本问题：字符编码。使用我在 Sublime Text 中的构建变体和我的.Rmd文档的 YAML 前端中的变音符号（我在这里提出原始问题时一直在这样做）会导致与最初描述的错误不同的错误，我似乎不再得到：

Error en yaml::yaml.load(front_matter)

有趣的是，这个错误不会在 RStudio 或终端（或从 shell 脚本）中使用相同的 YAML 引发，在这些地方一切都完美呈现。当我从 YAML 中删除变音符号时，ST 中没有错误；但是，如果我将变音符号放在主文档中，它们会像NA在生成的 HTML 中一样呈现。这种类似于之前发生的事情，我在下面描述为“古怪错误”的 HTML 输出。

在对这个问题的评论中，我尝试对我的事情做各种事情"$PATH"，现在就像@RandyLai 一样，似乎没有必要；我特别指的是添加路径 to pandoc:/etc/launchd.config在恢复默认路径后/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin，一切都在 ST 中工作，正如我现在描述的那样，无论我在SublimeKnitr-knitr's.sublime-build还是在R Box-R Markdown's中使用我的构建变体.sublime-build。

这是我的语言环境信息，以防有用：

Mi-Mac:~ LeGastronome$ locale
LANG=
LC_COLLATE="C"
LC_CTYPE="UTF-8"
LC_MESSAGES="C"
LC_MONETARY="C"
LC_NUMERIC="C"
LC_TIME="C"
LC_ALL=

我试图找出 Sublime Text 如何执行其.sublime-build文件。

在我的 Mac (v10.9.3) 上的 Sublime Text 3 中，我为SublimeKnitrknitr-Markdown和R Box的R Markdown语法创建了一个自定义构建变体；这是我.sublime-build的前者文件，它具有功能齐全的原始/默认构建，然后是我的错误变体：

{
  "selector": "text.html.markdown.knitr",
  "working_dir": "${project_path:${folder}}",
  "cmd": [ "Rscript -e \"library(knitr); knit('$file', output='$file_path/$file_base_name.md')\"" ],
  "shell": true,

  "variants":
  [
    {
      "name": "Render",
      "working_dir": "$file_path",
      "shell_cmd": "Rscript -e \"rmarkdown::render(input = '$file')\""
    }
  ]
}

这是我.sublime-build的 for R Box 的 R Markdown，它与 SublimeKnitr 的 knitr-Markdown 构建非常相似：

{
    "selector": "text.html.rmarkdown",
    "working_dir": "${project_path:${folder}}",
    "cmd": [ "Rscript -e \"library(knitr); knit('$file', output='$file_path/$file_base_name.md')\"" ],
    "shell": true,

  "variants":
  [
    {
      "name": "Render",
      "working_dir": "$file_path",
      "shell_cmd": "Rscript -e \"rmarkdown::render(input = '$file')\""
    }
  ]
}

在我的自定义构建变体中，我尝试使用这对键cmd和shell，以及shell_cmd上面代码中引用的，我认为这是 ST3 的新功能。无论如何，在终端中，两者都会做我运行时都不会发生的不良事情：

Rscript -e "rmarkdown::render(input = 'path/to/file.Rmd')"

也不是当我运行时，在 RStudio 中：

rmarkdown::render(input = 'path/to/file.Rmd')

使用 SublimeKnitr 的构建与使用 R Box 的构建一样，我得到了相同的结果。我得到的输出如下：

  1. 与映射：

    "cmd": [ "Rscript -e \"rmarkdown::render(input = '$file')\"" ],
"shell": true

    我得到：

    Error: pandoc version 1.12.3 or higher is required and was not found.
Ejecuci'on interrumpida
[Finished in 0.4s with exit code 1]
[cmd: ['Rscript -e "rmarkdown::render(input = \'/path/to/file.Rmd\')"']]
[dir: /path/to/pertinent/directory]
[path: /usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin]

    请注意，我确实已经pandoc安装并完全运行，例如：

    Mi-Mac:~ LeGastronome$ pandoc --version
pandoc 1.12.4.2
Compiled with texmath 0.6.6.1, highlighting-kate 0.5.8.1.
Syntax highlighting is supported for the following languages:
    actionscript, ada, apache, asn1, asp, awk, bash, bibtex, boo, c, changelog,
    clojure, cmake, coffee, coldfusion, commonlisp, cpp, cs, css, curry, d,
    diff, djangotemplate, doxygen, doxygenlua, dtd, eiffel, email, erlang,
    fortran, fsharp, gcc, gnuassembler, go, haskell, haxe, html, ini, isocpp,
    java, javadoc, javascript, json, jsp, julia, latex, lex, literatecurry,
    literatehaskell, lua, makefile, mandoc, markdown, matlab, maxima, metafont,
    mips, modelines, modula2, modula3, monobasic, nasm, noweb, objectivec,
    objectivecpp, ocaml, octave, pascal, perl, php, pike, postscript, prolog,
    python, r, relaxngcompact, restructuredtext, rhtml, roff, ruby, rust, scala,
    scheme, sci, sed, sgml, sql, sqlmysql, sqlpostgresql, tcl, texinfo, verilog,
    vhdl, xml, xorg, xslt, xul, yacc, yaml
Default user data directory: /Users/LeGastronome/.pandoc
Copyright (C) 2006-2014 John MacFarlane
Web:  http://johnmacfarlane.net/pandoc
This is free software; see the source for copying conditions.  There is no
warranty, not even for merchantability or fitness for a particular purpose.

  2. 与映射：

    "shell_cmd": "Rscript -e \"rmarkdown::render(input = '$file')\""

    我得到了所需的文档类型 HTML，但 HTML 非常错误，并且与从终端和 RStudio 运行上述代码时得到的不同；此外，仅在 Sublime Text 中，我收到以下警告：

    pandoc: YAML header is not an object "source" (line 1, column 1)

    请注意，如果像上面引用的原始构建配置一样，我使用括号“ [ ”，如下所示：

    "shell_cmd": [ "Rscript -e \"rmarkdown::render(input = '$file')\"" ]

    当我尝试运行构建变体时，除了保存我的文件之外，Sublime 不构建也不做任何事情。

我的问题似乎是特定于用户的，因此我正在寻找有关如何.sublime-build执行文件的更精确信息。我从一些非官方文档中了解到，默认情况下会运行一些 Python；但是，如上所述，当我从终端运行与我的构建变体中包含的相同代码时，怎么可能呢，即：

Rscript -e "rmarkdown::render(input = 'path/to/file.Rmd')"

我从 Sublime Text 得到了如此不同的结果？谢谢你的帮助。

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1 回答 1

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你的系统好像不是英文的。当您在终端中运行 R 时，由于“LC_CTYPE”是 utf-8，R 会将文档读取为 UTF-8 文档。但是，如果命令在 Sublime 中启动，“LC_CTYPE”是空的，因此 R 不知道要使用什么编码。

有几种解决方案。

  1. 最简单但吸引力较小的解决方案是将系统语言切换为英语。

  2. 另一种可能的方法是通过将 LANG=en_US.UTF-8 添加到 ~/.Renviron 来将 R 默认语言环境更改为 utf8

  3. 另一种可能的解决方案是在 .sublime-build 文件中添加变量 LANG。在此处检查选项 env

  4. 或者在 rmarkdown::render 函数中指定 UTF8 编码。

于 2014-06-18T01:25:04.980 回答