问题标签 [reticulate]

我正在尝试使用网状包通过 R 使用 Python。我成功地将网状连接到 Python 3.6 与Sys.setenv(RETICULATE_PYTHON = "/usr/local/bin/python3"). 然后在注意到我的 Python 3.6 没有 Numpy 之后，我使用输入pip3 install numpy到命令行并安装了它。现在，当我打电话时，我在使用 Reticulate 时遇到以下问题py_config()：

卸载 Numpy 解决了这个问题，但是我没有 Numpy。:(

谁能告诉我发生了什么以及如何解决它？

R 包reticulate有一个自定义$运算符，它充当.等效 Python 模块/对象中的运算符。由于$ 无法评估的第二个参数，在这种情况下如何将参数传递给它？

reticulate自述文件上的示例用法是

我在下面的函数之后，...它将是带有零个或多个参数的 python 调用。

由于函数在全局环境中不存在，因此python_object需要属于类python.builtin.object或python.builtin.module参数需要作为字符传递。

例如。

我的想法类似于

或者

但是这些都没有奏效。

我正在尝试使用 Reticulate 包从 R 中使用 Python 的 NLTK 包。在大多数情况下，我是成功的。

现在，我想使用 NLTK 的ne_chunk()函数执行命名实体识别（即确定哪些标记代表命名实体以及它们代表什么类型的命名实体。）。我的问题是该函数返回一个类的对象nltk.tree.Tree，我不知道如何在 R 中解析它。

如果ne_chunk()最多输入十个标记-标签对，它将返回一个可以使用 转换为字符的结果，可以as.character()通过正则表达式函数对其进行解析（这只是一个 hack，我对此并不满意）。然而，超过十对，它将返回树的简写表示，使用 R 方法无法从中提取任何有意义的数据。

这是一个最小可重现的示例：

这是处理上一个示例中的文本时返回的简写：

以下是ne_tagged_tokens所属的类：

我对使用替代的、预先存在的 R 包的建议不感兴趣。

在 R 中使用 Reticulate 我创建了一个像这样的 numpy 数组：

但是，我无法将其转换回向量。

每当我通过 Reticulate 处理 numpy 时，我都会遇到这个问题。有什么方法可以将我的 Python 数组转换回 R 矩阵或向量？

I'm trying to use arcpy from R via reticulate. For the most part, it works really well. However, I'm running into some issues when trying to do raster algebra. Consider the following code:

Error in randrast + randrast : non-numeric argument to binary operator

It seems that even though reticulate recognizes that the rasters are Python objects ("python.builtin.Raster" "python.builtin.object"), it doesn't know to use Python's + operator rather than R's. I tried importing arcpy with convert = FALSE but the error is the same.

I can get around this by defining Python functions to mimic the basic arithmetic operators.

But obviously this is gets pretty cumbersome for more complex statements.

Does anyone know of a way to force reticulate to use Python's arithmetic operators for Python objects, rather than R's?

我正在使用 python 3.6 和 numpy 1.13.3。在 numpy 导入时，我收到一个错误Cannot import name 'dtype'

reticulate::import("numpy")投掷

我是否需要使用一些旧版本的 numpy 来解决这个问题

我正在尝试为 R ( github ) 中的 keras 包实现自定义层。

我正在实现的层基于此处可用的 AttentionWithContext 层：gist

这是我的代码：

当我运行它时，我收到一条神秘的错误消息：

我试图探索这个错误，我认为它可能来自这一行： reticulate::tuple(input_shape[[3]],input_shape[[3]], NULL)

在原始代码中，在 python 中，我们可以看到： (input_shape[-1], input_shape[-1],)

我找不到在 R 中创建这种结构的方法。

有任何想法吗 ？

我正在尝试按照设置说明开始Reticulate工作。RMarkdown但是，我无法在单独的 Python 单元或 Python 和 R 单元之间共享状态，因为文档表明我应该能够。这是我的设置和输出：

单元格 1（设置）：

输出：

单元格 2（在 Python 中设置变量）：

单元格 3（尝试访问 R 中的 Python 变量）：

输出：

单元格 4（在 R 中设置变量）：

单元格 5（尝试在 Python 中访问 R 变量）：

输出：

单元 6（尝试在后续 Python 单元中访问先前的 Python 变量）：

输出：

任何帮助或建议将不胜感激！我已经尝试过指向reticulate不同的 Conda 环境和 Python 安装，但没有成功。谢谢！

我正在尝试通过R 包将 python 模块limmbo（https://github.com/HannahVMeyer/limmbo）与 R 一起使用。reticulate我已经成功安装limmbo了 Anaconda2。我现在正在尝试使用该函数limmbo$core$vdbootstrap$LiMMBo$runBootstrapCovarianceEstimation，如下面的代码所示。当我运行下面的代码时，我收到一个关于将 float64 转换为 integer64 的错误。

然后我运行python代码：

当我尝试运行 R 函数时出现问题limmbo$core$vdbootstrap$LiMMBo$runBootstrapCovarianceEstimation：

也许我遗漏了一些东西，但是如果以下代码是我的 Rmd 文件的内容

当我编织文件时，最后一个块的输出是 7（如预期的那样）。另一方面，单击 Rstudio 中的 run all 按钮（或逐个运行块），NULL最后一个块的结果。

与R 笔记本示例相比，似乎flights在 python 块中分配一些东西应该py$flights可用于 R，但情况似乎并非如此。

问题：

1. 有没有办法从 R 访问在以前运行的 Python 块中创建的变量（不是针织）？如何将在 python 块中创建的变量“导出”到 R？
2. 什么是了解当我单击 Rmarkdown 文件的 python 块中的运行按钮时会发生什么的好参考？

编辑：好的，所以在这里看到第一个答案后，我确实将 knitr 和 rmarkdown 都更新到了最新版本，但仍然遇到同样的问题。我添加py_available(TRUE)到我的文件中以确保它已初始化，仍然是最后一个块在7编织时产生，但是一个接一个地运行块会导致

问题是：在 python 块中分配一个值在 R 环境中a没有做任何事情。py$a也许 R 和 python 之间的这种“共享”环境不是包应该如何工作的？此外，对于一些额外的信息