问题标签 [reticulate]

嗨，这是我的第一个 stackoverflow 问题，如有任何错误，请提前道歉。我正在尝试开始使用 Rreticulate库。我已经安装了包，并尝试导入osPython 模块。一切似乎都很好，但是当我开始输入例如os$listdirR 时抛出此错误：Error in py_module_import(module, convert = convert) : ModuleNotFoundError: No module named 'rpytools'. 这是我的整个代码：

这是我的输出py_config()：

并py_available(TRUE)返回TRUE...

如果需要任何其他信息，请写信给我。

TL;DR :-) 获取 https url 在 python 和 R 中都有效，但在从 R 中运行 python 代码时无效。

在 RKeras 包的文档中运行一些代码时，我反复遇到致命错误："unknown url type: https"问题源于用 Python 实现的 Keras。

我深入研究了这个问题，发现这是在 Keras 调用urlretrieve模块six中的函数以从 https url 检索数据时发生的。

然后我在 iPython 中测试了代码，发现它运行良好。

然后我尝试在 R 中做同样的事情，但它失败了

但是，同样的事情在 R 中也适用于普通的 http

作为记录，https 在我的 R 中使用 httr 之类的包可以正常工作。

我在这里完全超出了我的深度。会发生什么？

这是关于我的环境的一些输出

回复：

和 Python（从 R 看）

将非常感谢您的时间和精力。

编辑：R中的更多调试信息：

我刚开始在 R 中使用 reticulate 包，但我仍然发现了一些问题。特别是，导入 matplotlib 并不顺利。我尝试了两种不同的方法，每种方法都有不同的错误消息。

首先，在 RStudio 的交互式 shell 中使用 repl_python：

打开的 REPL Python shell 似乎具有正确的版本和所有内容，但是当我尝试导入 matplotlib.pyplot 时，我看到以下内容：

ImportError：/lib/x86_64-linux-gnu/libz.so.1：找不到版本“ZLIB_1.2.9”（/home/craig/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/../ 需要../.././libpng16.so.16)

安装 zlib（使用sudo apt-get install lib64z1-dev lib64z1）似乎没有改变任何东西。FWIW，import matplotlib工作得很好，只要我不需要pyplot.

我也尝试在 R Markdown 文档中做同样的事情：

这次我看到了：

py_get_attr_impl（x，name，silent）中的错误：AtributeError：模块'matplotlib'没有属性'pyplot'调用：... $.python.builtin.object -> py_get_attr -> py_get_attr_impl -> .Call 执行停止

有什么想法可能会在这里发生吗？

谢谢！

更新：正如我在评论中提到的，安装 reticulate 的开发者版本修复了一些问题，但不是全部。如果我尝试运行这个 Rmd：

我收到以下错误消息：

当我尝试用谷歌搜索错误文本时，xcb 的类似错误似乎确实出现在一个上下文中，据我所知，它并不那么相关。

我希望arcpy在 R 中使用reticulate.

我尝试在 R 中运行此代码：

这给了我一个错误：

我不完全确定 Python 如何找到它的模块（显然它搜索 PYTHONPATH，但我不知道它是在哪里定义的）。

我确实了解该arcpy库实际上位于不同的文件夹中。做了一些挖掘，我想我找到了，所以我在 R 中尝试了这个：

但出现以下错误：

所以我不太确定这里发生了什么，但我觉得它与 Python 或reticulate没有在正确的位置寻找正确的文件有关？

我无法import matplotlib.pyplot as plt在 Rstudio 中。

我尝试了 SO 上已有的解决方案。

这是我的尝试：

我安装了网状包 devtools 安装方式。 devtools::install_github(rstudio/reticulate)

library(reticulate)

repl_python()

import matplotlib.pyplot as plt

import numpy as np

x = np.linspace(0,10, 100) plt.plot(x, x, label = "linear") plt.legend() plt.show()

我收到以下错误 - RuntimeError: module compiled against API version 0xb but this version of numpy is 0xa ImportError: numpy.core.multiarray failed to import

我也尝试过 RMarkdown。

收到以下错误 -

RuntimeError: module compiled against API version 0xb but this version of numpy is 0xa Traceback (most recent call last): File "C:\Users\Vidhya\AppData\Local\Temp\Rtmp6vCzV6\chunk-code-13e83c491e61.txt", line 2, in <module> import matplotlib.pyplot as plt File "C:\Anaconda3\lib\site-packages\matplotlib\pyplot.py", line 29, in <module> import matplotlib.colorbar File "C:\Anaconda3\lib\site-packages\matplotlib\colorbar.py", line 32, in <module> import matplotlib.artist as martist File "C:\Anaconda3\lib\site-packages\matplotlib\artist.py", line 15, in <module> from .transforms import (Bbox, IdentityTransform, TransformedBbox, File "C:\Anaconda3\lib\site-packages\matplotlib\transforms.py", line 39, in <module> from matplotlib._path import (affine_transform, count_bboxes_overlapping_bbox, ImportError: numpy.core.multiarray failed to import

我想使用 reticulate 包从 R 运行 gensim。我不确定我是否完全理解 reticulate 的语法，因为我可以让它与默认函数设置一起使用，但是当我尝试传递更多参数时它会失败。

但...

这里的“word2vec_gensim”是一个预训练模型，我不能包含它，因为它是一个大文件，但是选择你最喜欢的预训练模型。我认为我的问题在于我如何为 python 函数提供额外的参数。

编辑：我想通了

看起来 R 到 python 的通信没有按预期处理数字。

作品

我正在尝试通过 RStudio 绘制海生热图。

我reticulate在 R 中使用包。

下面是我的代码：

但是，我收到以下错误，并且我的 R 会话在到达 seaborn 热图线时被中止。我应该怎么做才能修复这个错误？

我正在使用reticulate包在 R 环境中研究 python 库及其函数。

我正在使用以下标准访问这些库

可以通过以下方式从 pvlib 库中获取模型：

无论我想要这个模型，我都可以使用存储它的变量名来调用它。

现在问题在于从库中调用不同的函数（例如pvlib）。

我相信我可以使用下面提到的方式来做到这一点。

这种方法对我不起作用。我不确定如何正确地做到这一点。如果有人指导我采用正确的方法，将不胜感激。

问候

我在启动我的 rstudio 会话时运行的第一行是：

但是，当我运行py_config()它时，它仍显示为仍在使用默认的 python 2.7 安装。

这是一个问题，因为我无法导入为 python3 安装的任何模块。知道为什么这不起作用吗？我非常密切地关注文档。

从我的二元分类模型中获得accuracy指标后keras，我需要知道模型做出了什么预测。所以，我对可变重要性感兴趣。我使用lime包。

Explain函数在函数中给了我以下错误py_get_attr_impl：AttributeError：'function'对象没有属性'func_name'。

我已经用 编译了keras模型R，但是这个问题似乎是错误来自 Python 版本。包有问题Reticulate？