问题标签 [rdata]

我可以做这个：

我得到了我的距离。但是data其中有超过 1000 行，我想要每行基于 GP 和点的十个最相似的记录，但我不太清楚。

就像是：

但显然这行不通。这里有快速修复吗？

示例数据：

我有一个自定义函数，如下所示：

它被应用在一个数据框上，plyr就像......

我不知道如何将其迁移到dplyrusing (我猜) mutate()。如何传递数据框的当前行？我试过这个..

但错误是case永远不会通过......完全混淆了。

两个数据集：

尝试获取每个唯一的数据框pid及其比较列表，例如：

来不及了。。

我计算了一个需要很多时间的 R 对象。但是在使用将其保存到文件write.csv时，我收到错误消息

我还尝试将此对象保存到.rda文件，以及将整个工作区图像保存到.RData文件，但仍然permission denied出现错误。有没有办法以某种方式将该对象保存到磁盘上，而不是使用 root 访问权限运行 R 并再次重新计算整个事情？..................................................... ..................................................... ...........

更新 ：

我正在努力Ubuntu 12.04。我尝试使用以下方法保存 R 对象：

..................................................... ..................................................... ...........

回答 ：

我使用命令创建了一个同名的文件（比如file_name.csv）touch。我使用命令更改了它的访问权限chown，由我（不是root用户）拥有它。然后我使用write.table带有append=TRUE选项的命令将数据帧写入新创建的文件，它按预期工作。

我有一个仅包含一个列表对象的 83.356MB RData 文件。列表对象有 10 个元素，每个元素都是“状态”对象，它是在使用 twitteR 包查询 Twitter API 时创建的。当我昨天尝试加载这个对象时，我等了半个小时，它仍然没有加载。当我离开它过夜时，它崩溃了R。

所以总结一下，我无法将这个 RData 文件加载到 R 中。我不认为 83MB 太大，而且我相信它在 R 的任何内存限制下，所以我不明白为什么它没有加载.

看起来最直观的是 .rdata 文件可能是 R 加载的禁食文件格式，但是在扫描一些堆栈帖子时，似乎更多的注意力集中在了提高 .csv 或其他格式的加载时间上。有确定的答案吗？

目标：我试图下载.RData我上传GitHub到Shiny应用程序的数据集（格式），并将该数据集用于各种绘图目的。

技术：我正在使用包中的source_data函数repmis将数据加载到我的 R 会话中。这种加载发生在global.R文件中，所以我确信加载的任何数据都可用于在server.R文件中绘制函数。

问题：如果我将所有函数从global.R移至server.R但就在shinyServer()函数之前，我看到数据已加载到我的 R 工作区中。
但是，应用程序没有可用的数据Shiny，没有产生错误，只是没有任何东西可用于绘图，甚至无法使用dim().

类似的问题：这里有一个类似的问题，但我没有从中获得任何帮助——无论如何，我是在加载数据Global.R而不是在server.Ror中ui.R。
另一个问题在这里，但是用户将数据读入反应源。我的数据不会改变，所以我将它加载到global.R文件中。

全球.R

服务器.R

用户界面

我在 256GB RAM 服务器上运行 RStudio Server，在另一个服务器上运行 MS-SQL-Server 2012。该数据库包含允许我构建具有约 1 亿个节点和约 1.5 亿条边的图的数据。

我已经计算了从这些数据构建这个图表需要多长时间：

• 第一次 SELECT 查询 = ~22M 行 = 12 分钟 = df1 (dataframe1)
• 第二次 SELECT 查询 = ~30M 行 = 8 分钟 = df2
• 第三次 SELECT 查询 = ~32M 行 = 8 分钟 = df3
• 第 4 次 SELECT 查询 = ~63M 行 = 70 分钟 = df4
• edges = rbind(df1, df2, df3, df4)= 6 分钟
• mygraph = graph.data.frame(edges)= 30 分钟

所以两个多小时。mygraph由于我的数据非常稳定，我想我可以通过保存到磁盘来加快速度。但是当我试图加载它时，它就是不会。等了 4 个小时后，我放弃了，以为出了点问题。

所以我重新启动服务器，删除我的 .rstudio 文件夹并重新开始，这一次以edgesRData 和 RDS 格式（save()以及saveRDS()，compress = FALSE每次）保存来自每个 SQL 查询的数据帧和数据帧。每次保存后，我都会load()对readRDS()五个数据帧进行计时。load()和几乎相同的时间readRDS()：

• df1 = 1.1 GB 文件 = 1 分钟
• df2 = 1.4 GB 文件 = 2 分钟
• df3 = 1.7 GB 文件 = 6 分钟
• df4 = 3.1 GB 文件 = 13 分钟
• 边缘 = 6.8 GB 文件 = 21 分钟

够好了，我想。但是今天当我开始一个新的会话并尝试对其load(df1)进行一些更改时，我再次感到有些不对劲。在等待它加载 20 分钟后，我放弃了。内存、磁盘和 CPU 不应该是问题，因为我是唯一使用此服务器的人。我已经重新启动服务器并删除了我的 .rstudio 文件夹，我想也许里面的东西挂起了我的会话，但数据框仍然无法加载。虽然load()据说正在运行，iotop但没有显示磁盘活动，这就是我得到的ps

ps -C rsession -o %cpu,%mem,cmd %CPU %MEM CMD 99.5 0.3 /usr/lib/rstudio-server/bin/rsession -u myusername

我不知道接下来要尝试什么。加载 RData 文件比查询位于不同服务器上的 SQL 数据库需要更长的时间，这对我来说毫无意义。即使它确实如此，那为什么在我保存数据帧后计时load()和readRDS()时间时速度如此之快？

这是我第一次在 StackOverflow 上问一些问题，如果我忘记提及一些对您能够回答这个问题很重要的事情，非常抱歉。如果我这样做了，请告诉我。

编辑：布兰登在评论中要求的一些附加信息。操作系统是 CentOS 7。数据帧在前两列（col1=node1；col2=node2）中包含边列表，另外两列用于边属性。所有列都是字符串，长度在 5 到 14 个字符之间。我还在我的原始帖子中添加了每个数据帧的大致行数。谢谢！

我正在尝试自定义我的 R 设置。我了解我们可以将函数（.First/Last）放入Rprofile.siteor的部分.Rprofile。但我想走.Rdata路线。据我了解，如果我的工作目录中的任何 .R 文件中有 .First/.Last 函数。然后当我打开我的.Rdata文件时，我的自定义设置应该被加载。

虽然我在退出会话时得到了一个 Adios，但是当我打开我的.Rdata. 无论如何，下面是我的 .First 和 .Last 函数。

我需要使用Shiny Server部署一个 ShinyApp 。要运行，我的应用程序需要来自.RData文件的数据（~300 Mo）。该.RData文件加载了load(...)位于global.R文件中的语句。电脑的功能，加载可能需要几分钟，对用户很不友好。

我们如何才能使.RDate文件只加载一次，以便每个新用户都不需要重新加载.RData文件？

谢谢。