问题标签 [random-effects]

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r - 如何正确地将重复措施包含在我的 lmer 中

在我的研究中,我多年来一直在不同地区的相同地点取样。每个站点每年都有不同的属性,这对我的研究问题很重要。我想知道,该地点的特性是否会影响该地点的生物多样性。我对属性和区域的相互作用很感兴趣。

概述:

  • 生物多样性 = 响应
  • 场地属性 = 固定系数,每年变化
  • 地区=固定因素,每年相同的地区
  • Site = 随机效应,在不同的采样年份重复采样
  • 年份 = 随机效应,是“站点”重复的因素

目前我的模型看起来像这样:

我不确定这是否是重复措施的原因。或者我正在考虑这个,因为它还包括多年来网站的嵌套性,但也许这不是必需的:

这种方法的问题在于,它仅在我的站点属性不为零时才有效。但是我在不同的属性中有零,我也需要分析它们的影响。

如果您需要更多信息,请向我索取。谢谢你的帮助!

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r - 在 BayesX 模型中使用形状文件中的边界文件

我正在使用形状文件.shp,然后将其转换为边界文件.bnd,以BayesX将其用作模型中的随机效果。但它会ERROR: map is disconnected, spatial effect cannot be estimatedBayesX日志文件中抛出一个错误。可能是什么问题呢

这是代码

这是数据

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r - 使用函数 lmer() 将随机效应合并到广义线性混合模型中的循环

下面是我的数据框的一小部分。实际的数据框对每个变量都有一个明确的名称;不仅仅是“DepVar1 和 DepVar2(2 个响应变量)”或“IndVar (1-9)”(9 个解释变量 - 1 个分类变量和 8 个连续变量)。

我想 通过将lme4 包中的函数 glm() 更改为lmer()来调整Bergan 编写的循环,以生成一系列广义线性混合模型 (GLMM),其中包含解释变量的所有可能组合 (Indvar 1- 9) 使用 (1|IndVarType) 语法指定随机效应来解释响应变量(DepVar1 和 DepVar2)的方差。

在运行循环以生成所有 glmm 模型后,我的目标是使用AICcmodavg包中的函数aictab()按最低 AICc 值对最佳 glmm 模型进行排序, 以显示相关统计信息: (1) Delta_AICc;(2) AICcWt;(3) Cum.Wt。

我一直在尝试调整 Bergans 代码以包含随机效应 (1|IndVarType),但到目前为止我还没有成功。任何建议如何做到这一点?我做了一些搜索,只能找到包含 glm() 函数的循环示例。如果有人有解决方案,请提前非常感谢。

代码

AICc信息

数据结构

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r - 如何在 lmer 中修改随机效应

有没有办法在 lmer 模型中修改(覆盖)随机效应?对于固定效果,有一个称为插槽my_lmer@beta,我可以使用以下方法更改固定效果:

对于随机效应,是否有类似的方法可以做到这一点?lmer-object 是否已经包含随机效果,或者稍后由 eg 计算ranef()

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syntax-error - 条件二项似然、概率链接、随机效应的 R2WinBugs 数据输入不兼容复制错误(牛皮癣示例)

我正在编写使用 NETWORK META-ANALYSIS 计算不同治疗效果大小的指南,如示例 6.a 中所做的那样。 这里

它在 winBugs 中运行良好,但我想使用 R2winugs 在 R 中进行分析,以便我可以自动化数据输入。

它根据日志很好地读取了模型,但是在读取数据时它被挂断了。

EG display(log) check(C:/Users/Temp User/.../Plaque_Psoriasis_Project/RE_Psoriasis.bug.txt) 模型是语法正确的数据(C:/Users/Temp User/.../Plaque_Psoriasis_Project/data.txt )

这是程序挂起的地方。陷阱屏幕显示

不兼容的副本

BugsCmds.TextError [000003A1H]

…………

我尝试将数据读取为:

数据 <- 列表(t=t,C=C,r=r,n=n,na=na,nc=nc,ns=ns,nt=nt,Cmax=Cmax,meanA=meanA,precA=precA)

并作为

数据<-列表(“t”,“C”,“r”,“n”,“na”,“nc”,“ns”,“nt”,“Cmax”,“meanA”,“precA”)

两者都不起作用。

我让 R2winbugs 在文档中做玩具学校的例子,这样它就可以工作了。

有什么想法吗?

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r - 面板数据中的自相关

我使用了一个随机效应plm模型(来自 package plm)来估计我的系数,并且我使用它vcovHC来纠正异方差性。

但是,我怎样才能纠正自相关呢?我应该使用vcovNWorvcovSCC吗?因为我尝试了vcovHC Arellano但是,正如预期的那样,我获得了与使用 only 相同的结果vcovHC

在这样的模型中如何考虑残差自相关?

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r - 在 R 中指定 3 级随机截距

我正在使用 R 中的lmer()函数(lme4包)来分析一项纵向研究,其中我测量了 120 名受试者,6 次。首先,我指定了一个这样的模型:

X1是一个时变变量(level-1),X2是一个主题级变量(level-2)。

由于这些主题嵌套在多个团队中,因此建议我在团队级别(级别 3)包括一个随机截取。但是,我只发现如何同时包含随机截距和斜率:

有谁知道如何只向模型 1 添加一个 3 级随机截距?

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r - 如何使用逻辑回归(glmmML)分析 R 中的面板数据?

目前,我正在研究 CEO 离开公司的可能性(如果离开,二元变量 =“1”)。我的数据是 2013-2015 年期间 50 家公司和 51 个人的不平衡面板数据。

我试图使用该glmmML包运行两个回归模型(固定和随机效应)。但是,我收到以下警告:

当我更改变量集时,我会得到相同的警告和毫无意义的回归结果。我想知道是我做错了什么还是我使用的数据有问题?也许,有人可以共享代码来运行固定和随机效应模型以及逻辑回归的 Hausman 检验?

PS我使用的数据如下所示:

这是我使用的数据概述

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jags - JAGS/WinBUGS 中的嵌套随机效果

我有兴趣在 JAGS 中拟合以下嵌套随机效应模型。

SAS 代码

我的问题:如何指定随机效果部分?

我对个人进行了重复测量。这些人进一步嵌套在家庭中。注:每户人数不同!

期待您的回音

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r - R geepack:使用 GEE 进行不合理的大估计

我正在使用geepackR 来估计逻辑边际模型geeglm()。但我得到了垃圾估计。它们大约大了 16 个数量级。但是 p 值似乎与我的预期相似。这意味着响应本质上变成了阶跃函数。见附图拟合边际模型

这是生成绘图的代码:

这是回归表:

希望得到一些帮助。谢谢!

亲切的问候,

马吕斯