问题标签 [q-value]

我们得到一个包含 2 列（样本、实验条件）和n行（例如基因）的矩阵，我们的目标是识别两个样本之间（在特定 FDR 处）发生显着变化的基因。

如何使用 R 执行此操作？

下面是fdrtool包手册中的一个示例，它显示了如何从 p 值向量计算 FDR：

但问题是我们这里只有两个观察向量，而不是 p 值。有任何想法吗？

这是可以使用的示例数据：foo <- matrix(runif(1000), ncol=2)

我假设我们没有重复信息、p 值等。但可以肯定的是，两个样本之间值相差很大的基因肯定有更强有力的证据。在这种情况下有没有办法分配 FDR？

所以，我一直在寻找一种在 Python 中获得调整后的 p 值（又名校正的 p 值、q 值、FDR）的方法，但我还没有真正找到任何东西。有R函数p.adjust，但如果可能的话，我想坚持使用 Python 编码。Python有类似的东西吗？

如果这是一个不好的问题，请提前道歉！我确实首先搜索了答案，但没有找到（Matlab 版本除外）......感谢任何帮助！

我有一个包含 1893 个 p 值的数据框，我使用 R 包将其转换为 qvalues qvalue：

qvalue 手册指出，您可以通过以下方式直接绘制（使用 qplot 函数）qvalue 函数的输出：

但是，这会导致错误：

不知道如何为 qvalue 类型的对象自动选择比例。在 as.data.frame.default(x[[i]], optional = TRUE, stringsAsFactors = stringsAsFactors) 中默认为连续错误：无法将类“qvalue”强制转换为 data.frame

任何人都知道如何解决这个问题并qplot绘制qvalue函数的输出？

我有一个向量如下，我喜欢将 q 值转换为 p 值（根据 q 值估计 p 值）。

我使用下面的代码进行转换，但我不确定：（我从这里获取此代码“ https://stats.stackexchange.com/questions/51070/how-can-i-convert-aq-value-distribution- to-ap-value-distribution ")

此外，我喜欢使用“q-value”R 包，但对于这个包，我必须有一个模拟或数据重采样（例如，引导程序、排列）“空统计”，但我不知道我该怎么做。

使用 Q_value 进行转换的代码：

我需要一些帮助来找到一种方法来计算 R 中的 Welch p 值的 q 值，使用置换 FDR 方法，就像 SAM 技术一样。

假设我的数据如下

我可以获得每个“行 x-vs-y”的韦尔奇 p 值列表，如下所示

然后如何使用置换 fdr 调整 p 值？据我所见， p.adjust不能这样做，samr只允许 t-statistic 或 wilcoxon ，而且我找不到任何可以帮助我的包。有什么建议么？

我尝试使用 qvalue 函数来计算 TPR：

但运行后：

或者

我检查了：

我也尝试使用这个标志： lambda=0 但是：

请指教，

谢谢安娜

我在数据框中有 1493313 个 p 值：

我正在尝试使用 qvalue 包来计算真阳性率。(TPR)

我正在这样做并收到错误：

如果这可行，我将通过以下方式计算 TPR：

我那里没有任何 NA 或无限值，并且

历史图（dt$pvals）

我不需要使用 qvalue 函数，如果您知道在 R 中计算 TPR 的任何其他方法，请告诉我。

我有一个用于比较控制和治疗的数据集，并将 limma 用于 pval。在我得到这样的数据之前，它适用于我的大部分数据。我可以看出控制和治疗之间存在差异。但我收到错误：“smooth.spline(lambda, pi0, df = smooth.df) 中的错误：不允许输入中的缺失或无限值”。

谁能给我一些建议如何传递错误？非常感谢！

eb.fit 代码

我正在参加一个在线课程，在那里我发现提交了许多Q-Values。所以，我写了一个 Python 脚本来自动计算它。我使用了以下等式。 但是脚本没有按应有的方式执行。它给出了错误的答案。虽然我可以通过在纸上做同样的事情来得到正确的答案。

这里，T 是转移概率，R 是奖励。谁能帮我从头开始编写这个 Q 值迭代算法。我是强化学习的初学者。虽然我已经提交了答案并且通过在纸上完成了所有正确的操作，但我想对其进行编码。

当我使用 ggplot 函数时，我感到很困惑。

当我用 ggplot 输入以下代码时：我实际上得到了火山图并且没有收到错误

但是，在使用 ggplot 添加第二个代码后，我收到一条错误消息。这是代码和错误消息：

为了修复之前Qval not found的错误，我尝试了这段代码：

现在我得到：控制台的错误消息输出：

有谁知道如何解决这个问题？我很困惑为什么它在第一个 ggplot 函数中被识别，但在其他函数中却没有？

让我知道