r - 如何计算R中的真阳性率？

Question

我尝试使用 qvalue 函数来计算 TPR：

library(qvalue)
qval_obj=qvalue(pvalR)
pi1=1-qval_obj$pi0

但运行后：

qval_obj=qvalue(pvalR)
Error in smooth.spline(lambda, pi0, df = smooth.df) : 
  missing or infinite values in inputs are not allowed

或者

 qval_obj=qvalue(pvalR,lambda=0.5)
Error in pi0est(p, ...) : 
  ERROR: The estimated pi0 <= 0. Check that you have valid p-values or use a different range of lambda.

我检查了：

max(pvalR)
[1] 0.000352731
min(pvalR)
[1] 1.84872e-127
> sum(is.na(pvalR))
[1] 0
> sum(is.infinite(pvalR))
[1] 0
> length(pvalR)
[1] 129368

我也尝试使用这个标志： lambda=0 但是：

> qval_objR=qvalue(pvalR,lambda=0)
> pi1=1-qval_objR$pi0
> pi1
[1] 0

请指教，

谢谢安娜