问题标签 [prcomp]

我正在尝试使用标记的数字数据矩阵构建 PCA。我正在尝试仅选择某些列 (6-78) 以包含在 PCA 中，但出现错误（语法？）

这是代码：

错误是：

[.data.frame(data, , c(6:78))中的错误：选择了未定义的列

这是我的数据框的结构：

一位教练在视频中做到了这一点。他只是快速解释说他这样做是因为 R 的默认性质。但是，我以前从未见过这个应用程序。这是正确的，他为什么这样做？

我正在努力更改双标图的加载标签。我使用 prcomp 函数来运行 PCA 和 ggbiplot。我试图用 改变它loading.label.label = c("a","b","c","d")，但它没有用。我在下面附上了我的代码和情节。

我正在使用prcomp()并收到此错误消息。我试图做一个代表，但无法重现该错误。我试过：

df是一个 data.frame，即 alist而不是numeric。我已经没有想法了！我还能尝试什么？

我必须使用不同葡萄酒的红外光谱在高维数据集上执行 PCA，然后将其绘制为 2D。我必须在情节上将红葡萄酒涂成红色，将白葡萄酒涂成绿松石色。

这是我想出的代码：

我认为它看起来和运行都很好，但我从教授那里得到的反馈是：

“你为什么要重新调整 pca 的数据？这在这种情况下没有意义（否则请解释）并导致不同的结果”

由于我是个傻瓜，我不太了解反馈 - 我在哪里扩展数据？我的方法从根本上是错误的吗？如果你们中的一个神童可以帮助一个非常绝望的女孩，我将不胜感激。谢谢！

我正在进行 RNA-seq 分析，我对哪些基因驱动基因表达的组织特异性变异感兴趣。PCAs 在 RNA-seq 分析中很常见，但大多数软件包（例如 DESeq2）仅将其用于 2D 图。因此，我使用了 prcomp 和 fviz_pca_ind 来生成我的 2D 图，这样我就可以进一步分析。但是，由于输入数据结构，我似乎无法将我的分组信息（即组织）包含在我的 prcomp 对象中，因此无法对我的样本进行颜色编码或在我的组周围产生置信区间。

套餐：

我从一个 DESeq2 对象的方差稳定转换开始（很抱歉这是多长时间......）：

即使是子集，数据集也太大了 - 这是一个链接（希望这是可以接受的） https://drive.google.com/file/d/1Gtw5GUCAyBVr3MI6CpgsF4n81KZuq8WI/view?usp=sharing

还有我的 PCA 代码（这本质上只是 DESeq2 中的函数）

还有我的可视化代码：

产生这个：

正如您将在 prcomp 对象中看到的那样，没有分组信息。关于如何 1) 将此信息包含在 prcomp 对象中或 2) 将此信息合并到图形代码中的任何想法？fa

不确定这是由于我对 R 的了解有限还是完全不可能，但这是我的问题。

我有一个由许多样本的化学特征组成的数据集。为了找到可能的相关性，我运行了一个 PCA，现在我需要根据其样本数绘制每个样本（一旦投影到每个组件上），而不是使用两个主要组件的双标图（是的，我知道这很奇怪，但我真的需要这样做）。

我将发布一个虚拟数据集以及我运行 PCA 的方式

现在我被困住了。我需要绘制它们并查看每个样本，本质上，它的“值”一旦投影到每个组件上，然后查看样本深度函数的可变性：通常我会用它ggbiplot(GV7.pca)来获得我的数据的快速图形表示，但这只考虑了前两个主要组成部分（我对一些不太重要的部分感兴趣）和我制作的数据数量，因此几乎看不到任何东西。

任何想法？

我尝试创建一个闪亮的应用程序来打印具有层次聚类的 pca ggplot 并出现以下错误：警告：错误：您正在将函数作为全局数据传递。你是不是把data论点拼错了ggplot()。可能是什么问题呢？这是服务器：

我搜索了很长时间，以寻找距离与相关双图的直接解释，以及如何转换 PCA 的标准输出以实现两个双图的解释。我看到的所有堆栈溢出解释1 2 3 4 都用数学术语让我大吃一惊。如何使用 R 的 prcomp 的输出创建距离双图和相关双图？

使用 prcomp 后如何绘制第二和第三主成分。

我最感兴趣的变量的第二和第三主成分解释了更多的差异。

这是我用于第一个和第二个的代码。