问题标签 [pdist]

我正在使用 pdist 命令来查找存储在矩阵中的 x 和 y 坐标之间的距离。

它返回一个 15 元素向量。：

有没有办法将这些距离与它们派生的坐标相关联，即将它们存储在具有一般行形式的矩阵中：

找到的每个长度在哪里有一行？

提前致谢

可以在这里找到 Minkowski 的距离方程。

如果我们想计算 中的 Minkowski 距离MATLAB，我认为我们可以执行以下操作（如果我错了，请纠正我）：

到目前为止，上述命令将执行链接中显示的等式。

现在，对于 Minkowski 的距离，我想添加这部分|-m(i)|^p，其中m(i)有一些价值。

我看到了pdist源代码，但是，想问一下，如何通过添加这个简单的部分来修改 Minkowski 的距离，无论是在pdist代码中，还是从调用代码中（我认为我们可能必须对参数进行一些更改）。

谢谢。

我在 MATLAB 中使用 Knn 分类器。这是我的代码：

现在我想使用我自己的距离函数。可以肯定的是，它正在工作，我首先想定义我的“自己的”欧几里得距离。之后我想试试卡方距离。

我的问题：如何创建自己的距离函数。我知道我应该使用pdist()，但我无法让它工作。得到一些提示会很棒。

我想从字典数据中计算距离矩阵，如下所示：

每个键（“a”、“b”、“c”）的值是一个不同大小的 np.ndarry。我有一个dist()函数可以计算y["a"]和y["b"]through之间的距离dist(y["a"], y["b"])。

这样得到的距离矩阵将是：

我已经尝试scipy.spatial.distance.pdist过pdist(y, mydist)，但收到错误消息：

谁能告诉我如何自己实现这个pdist？我想使用 pdist 结果进行进一步的层次聚类。

我有一个简单的函数来计算两个向量之间的距离，这样距离 = 点积 / 两个向量中元素的总和。

例如：simpleDistance([1 2], [3 4]) = (3 + 8) / (3 + 7) = 11/10 = 1.1

给定这个小矩阵 r，我想计算 r 中每两行之间的相似度（距离 = simpleDistance）

我想使用 pdist 函数而不是两个嵌套循环，因为它更快！

但是，我收到此错误

对于上面的矩阵 r，我希望 dist 矩阵是

注意：循环或填充矩阵后，我用 inf 填充对角线值，因为我不关心行到自身的距离。

因此，我有一个 numpy 字符串数组，我想使用此函数计算每对元素之间的成对编辑距离：来自http://docs.scipy.org/doc/scipy的 scipy.spatial.distance.pdist -0.13.0/reference/generated/scipy.spatial.distance.pdist.html

我的数组示例如下：

但是，由于它没有“editdistance”选项，因此，我想提供一个自定义的距离函数。我试过这个，我遇到了以下错误：

我想在matlab中使用自定义距离的链接函数。

我的距离函数的形式是：

所以给定一个

距离将是一个向量[1x8646];

是一个矩阵132x132，包含 te 行之间的所有成对距离matrix

我怎样才能mydistance嵌入linkage？

每个人。我有一个名为“数据”的 3 维数据点矩阵，其维度为 N*3。现在，我正在尝试获得两个值：

首先，距离矩阵“Dist”的索引“m”和“n”，其中

这样

其中“rc”是某个截止距离，“m”是行索引，“n”是列索引。

二、条件距离“ConDist”，其中

此代码适用于小型“数据”（其中 N < 3500），但是，对于大型“数据”（N > 25000），此过程需要太多时间/内存。因此，我尝试通过执行以下操作来最小化时间/内存：

这里，我只计算了“squareform”命令的下三角边，以减少计算时间（或者说内存，不知道MATLAB怎么会觉得这段代码简单多了）。但是，计算“Dist”变量似乎仍然需要大量时间/内存

是否有更快/更少内存消耗的方法来计算“m”、“n”和“ConDist”？非常感谢您提前。

我想测量 5 维数据集之间的距离（欧几里得）。它看起来像这样：

index，然后是点（center），第三个是另一个点（x），所有的点都是5D的。我想使用 pdist，因为它适用于 nd。但问题是这些点在矩阵 X 中排列为 m n 维行向量。虽然我上面只有数据格式而不是矩阵，并且还包含不应该的索引。

我的代码是：（S是上面的格式）

我有一个自定义函数来计算图像的两个像素（表示图形上的节点）之间的权重

其中a = [x1 y1]和b = [x2 y2]是表示图像像素的坐标，img是灰度图像，r和L是常数。在函数imgint1和是和imgint2上像素的灰度强度。ab

我需要计算图像的一组点之间的权重。

我想使用 pdist 函数而不是两个嵌套循环，因为它更快！

例如，让nodes一组像素坐标

和img = [ 128 254; 0 255], r = 3,L = 255

为了获得这些权重，我使用了一个中间函数。

为了最终得到整套权重

但它总是给我一个错误

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这是我的代码的一个简短示例，它应该可以工作，但我得到了上面提到的错误。如果您在 MATLAB 上复制/粘贴代码并运行代码，您将看到错误

我的目标是获得一个表示像素之间距离的邻接矩阵。对于上面的示例，所需的邻接矩阵是：