问题标签 [packrat]

我使用 git 已经有一段时间了，但最近才开始使用 packrat。我希望我的存储库是自包含的，但同时我不想包含 CRAN 包，因为它们是可用的。似乎一旦在带有 packrat 的项目中打开 R，它就会尝试使用项目库中的包；如果它们不可用，那么它将尝试从项目库中的 src 安装；如果它们不可用，它将查看该计算机中安装的库。如果计算机中没有可用的库；接下来会看 CRAN 吗？

我应该在我的 git repo 中至少包含哪些文件（例如，packrat.lock）？

我正在用 packrat 构建一个 R 包。该软件包已通过本地保存的源文件进行了全面测试和安装

如果所有依赖项（在 Imports: 字段中指定）都安装在本地计算机上，则可以工作。但是，我想将该软件包安装在未安装依赖项的另一台服务器上。当我尝试这样做时，我得到了错误

我还尝试安装我通过调用创建的 packrat 包

但我得到同样的错误。

我认为问题在于，在安装“myPackage”时，R 搜索 .libPaths() 的第一个元素，没有找到任何内容，并且由于指定了“repos = NULL”，因此无处安装软件包，因此错误是抛出。

我仍然试图避免的解决方案是将包含所有依赖项的存储库传输到服务器并在安装包时指向存储库。理想情况下，我只需要传输 myPackage.tar.gz。

我的问题是，是否有某种方法可以指向可以找到所有依赖项的内部 packrat 库，并从那里导入命名空间。

我之前在 RStudio 中打开了 packrat()。我现在希望完全删除并禁用它（即恢复到安装 Packrat 之前的状态）。我试图在 Rstudio 中找到一个选项来禁用它，但可以找到任何东西。因此，我通过（在 OSX 10.9.5 上）将 R 和 RStudio 的图标从应用程序文件夹拖到垃圾箱中卸载了 R 和 RStudio。但是，在重新安装 R（版本 3.2.3）后，R 控制台显示以下消息，并且弹出窗口提示我选择 CRAN 镜像：

Packrat 未安装在本地库中 - 正在尝试引导安装...本地没有可用的 Packrat 源 tarball --- 请选择在此会话中使用的 CRAN 镜像 ---

所以，我在库中找到了一个名为“packrat”的文件夹。删除后，我现在在启动 R 时收到以下信息：

文件中的错误（文件名，“r”，编码 = 编码）：

无法打开连接

另外：警告信息：

在文件中（文件名，“r”，编码=编码）：无法打开文件'packrat/init.R'：没有这样的文件或目录

这与在以下内容中发现的错误相同：Trouble with packrat corrupting R functional but no .Rprofile or .Rhistory files are found when I search in Finder and I not know which working directory to search in手动。有人可以建议如何实施上面链接的解决方案吗？

我正在使用packrat我的本地 R 包。我正在尝试将其添加MultinomialCI为依赖项，但无法将其加载到packrat. 特别是，我不知道如何手动快照。

Rstudio 的包查看器看起来与此类似：

我了解我希望该Packrat字段为非空或匹配Version字段中的 1.0。我不确定为什么Source是空白 - 也许这是问题的一部分？我使用 CRAN 从 CRAN 安装 MultinomialCI install.packages。

我也尝试packrat::snapshot过手动运行快照：

我对“No package 'file182c4636542b' ...”错误感到恼火。它应该在寻找我的包裹名称，对吗？

我试过打电话packrat::snapshot('C:\\My\\Package\\Directory')无济于事。同样的错误。：/

这也是我的会话信息，

我提前感谢任何帮助！

更新

我尝试运行packrat::restore，然后它识别出我的包名，但出现了同样的错误：

我正在使用一个R 包，它是一个 RStudio 项目，并且我正在使用 packrat 来保存我的项目所依赖的包源的本地副本。

每次提交时，我都会让Travis-CI 检查我的 R 包，但每次 Travis 构建我的包时，它都会获取最新版本的依赖包，而不是我packrat/目录中的版本。

我可以在richfitz/wood中看到，他在文件中似乎已经实现了这个目标.travis.yml：

和一个相当复杂的make/packrat.mk文件，它可以让一切正常工作。

我的问题是配置我的项目（例如我的.travis.yml文件）以告诉 Travis 机器从我packrat/在 github 上的目录而不是从 CRAN 获取包的最简单方法是什么？

Packrat生成一个锁定文件，其中包含存储库中实际使用的所有包（包括依赖项）。我认为使用此锁定文件为项目网站生成引用会很好。

锁定文件具有这种格式。

等等我想最终得到一个 bibtex 文件，包括对所有包的引用 + R 和 Packrat 版本。然后我想通过 Rmarkdown 附加这个参考书目。

第一部分可以完成。我可以用正则表达式匹配来解决一些问题，但我认为我应该解析文件。Packrat 中有一个内部函数，我将为此使用它，尽管内部函数当然不是最佳的。

但是，我不确定之后如何连接引用，我也认为有人可能以前做过这个，因此这个问题。简单地将它们连接为字符串可能会起作用，但它们似乎缺少标识符，我需要通过 markdown 文件中的标识符来提及它们。

我使用packrat构建了一个包来处理依赖版本。

当我R从包路径开始时，~/private/research/sp.util我可以看到 packrat 处理我的库：

当我从别处开始

我猜想什么packrat是加载.Rprofile它在包目录中生成的文件并设置.libPaths().

问题是当我这样做时library(sp.util)，除非我在正确的目录中，否则将加载错误的包。（我通过sessionInfo() 从内部/sp.util和外部开始进行测试，并且从逻辑上讲，其中的包Depends不一样）

我想要做的是使用Rscript /path/script.r，sp.util在其中加载script.r并加载正确的（即packrat-local）依赖项。我不想必须从给定路径启动 Rscript。

我需要设置libPaths()自己R_LIB_USER来做吗？

并说我需要多个包使用packrat它甚至是执行上述操作的可行选择吗？

我使用 packrat (v 0.4.8.-1) 创建了一个快照和 R 包依赖项的捆绑包，这些依赖项与相应的 R 代码一起使用。我想向其他人提供 R 代码和 Packrat 包，以使我正在做的工作（包括 R 环境）完全可重现。

我使用与我用来编写 R 代码和创建捆绑包的计算机不同的计算机测试了拆分。我在 R studio 中打开了一个 R 代码文件，并调用 library(packrat) 来加载 packrat（也是 v 0.4.8-1）。然后我调用了 packrat::unbundle(bundle = "directory", where = "directory")，它解绑成功。但随后调用 packrat::restore() 给了我错误“这个项目还没有被打包。运行 'packrat::init()' 来初始化 packrat”。似乎不需要 init() ，因为我不是要创建新快照，而是要使用捆绑包中的快照。Packrat 页面（https://rstudio.github.io/packrat/) 和 CRAN 提供的关于拆分的文档很少，以帮助解决此问题，或者我可以将我的代码的用户指向以获取说明（他们可能会熟悉 R，但可能没有使用过 Packrat）。

那么，有人可以提供清晰的分步说明，说明捆绑快照的用户应该如何解绑，然后使用保存的快照来运行 R 代码文件？

我有一个闪亮的应用程序在 beta.rstudioconnect.com 上部署没有问题。我向它添加了一些地图，然后无法再让它工作；其中一个软件包似乎不受支持。我想我可以通过在部署之前在我的项目中使用 packrat 来解决这个问题。然而这并没有奏效。现在我似乎无法回到原来的版本，也不明白问题出在哪里。以下任何一项对任何人都有意义吗？我该怎么做才能恢复我原来（工作）的光泽？我不得不从输出中取出一些行来适应它：

我在 MAC OS 上的 Rstudio 中构建了一个包，为了更好地管理依赖关系，我使用了 PackRat 工具。现在，我的包通过了所有的测试、检查，并且正在成功构建。我也在 GitHub 上上传了它，但是我看到 packRat 文件夹也被上传了，我认为这不是必需的。而且我当然从未在 CRAN 上的任何包中看到过 packRat 文件夹。

如何完全摆脱 packRat 文件夹或如何隐藏它以防止进入我将在 CRAN 上提交的包的源代码？

我的理解是，为了避免将 packrat 文件夹放在 Github 上，我们可以转到 Rstudio>tools>project options>packrat 并检查选项“git ignore packrat library and sources”。

但是我不知道在提交给 CRAN 时 Packrat 文件夹会发生什么或应该发生什么。

请问有什么帮助吗？谢谢..