问题标签 [packrat]

我来自 python 游乐场，是 R 的忠实粉丝，virtualenv当然也是 R 的新手，我打算借助packrat. （至少它看起来很直观。）

到目前为止，如果没有packrat，我将"Clean and Rebuild"在 RStudio 中运行我的包并且事情按预期工作。

但是现在我已经packrat在项目上安装并初始化了，这反过来又将所有后续安装路由到lib目录中的文件夹/packrat。这再次按预期工作。

现在的问题是重建我的包（顺便说一句，packrat通过安装到packrat::install()）每次我运行时，我都会在RStudio"Clean and Rebuild"的窗口中收到以下错误：Build

实际上，我有devtools,roxygen2和其他软件包（包括我自己的）安装了packrat.

我错过了什么？

我有 2 个 RStudio 项目，其中一个（项目 RED）依赖于另一个（项目 BLUE，除了许多其他 CRAN 依赖项）。我一直在我的计算机上全局安装这两个项目和所有 CRAN 依赖项，但现在我正在尝试将它们适应packrat在新计算机中（目前我只全局安装了packrat包本身）。

1. 我真的不需要配置任何本地存储库（它只是对另一个本地项目的单一依赖），而且我读过我实际上不需要这样做。
2. 在 RStudio 上，我打开项目 BLUE 并转到Build > Install and Restart，并且所有 CRAN 依赖项都在本地安装，这要归功于packrat. 一切都很好，我得到了安装路径：/Users/MYUSER/Documents/GitHub/PATHTOMYPROJECT/packrat/lib/x86_64-apple-darwin15.6.0/3.6.1
3. 我打开然后项目 RED 并选择packrat > Use packrat with this project > Add local repository > [Path of step 2]

然后我得到这个错误：

我正在对不同 git 分支上的 R 项目进行重大更改，其中包括对packrat包和版本的更改。当我在进行这些更改后切换回原始 master 分支时，我需要运行packrat::restore()以返回原始项目状态，因为我只跟踪packrat.lock文件。然后，如果我切换回开发分支，我必须packrat::restore()再次运行以从我离开新更改的地方继续。

我有这个正确的吗？您能否建议一个更好的工作流程来消除packrat::restore()可能需要大量时间的运行？

这也使得很难安排作业从主分支自动运行。我必须确保在packrat::restore()计划运行脚本之前切换到主分支并运行，并且在后台作业运行时我无法在开发分支上工作。

在 2018 年期间，我参与了一个历史性的奴隶制地图闪亮应用程序项目。

我的闪亮应用已成功部署在 shinyapps.io 上。你可以看看我的项目 here

今天，我想升级我的应用程序，但不幸的是 UI 无法在本地工作（白屏、无模式窗口等......这里）

我从 Shinyapps.io 下载了我的应用程序包，以使用 2018 年使用的 packrat 和隔离包版本，但没有成功。我不清楚如何做到这一点。在 Rstudio 中的 Packages > Packrat > Options project > local repositories 字段中。我是否必须指明捆绑包的 packrat 文件夹的路径？

这是地图中使用的包

我的shinyapps bundle tar 在我的github 上

我正在尝试使用 packrat 从不同的 R 项目中获得一些可重复性。但是，从快照恢复时，它始终无法获取 Bioconductor 包。curl 在尝试从 CRAN 获取它们时返回 404，即使packrat.lock文件指示 pkg 源是 Bioc，并且 BiocManager 已安装并加载到 packrat 目录中。例如：

重现：

我正在尝试设置一个packrat项目，但它一直失败，因为其中一个包（从 GitHub 安装）依赖于一个当前在 CRAN 上没有二进制版本的包。这是我收到的错误消息：

同样，需要明确的是，raampGBV仅存在于 GitHub 上（它是一个特定于项目的包），而naijR位于 CRAN 上。当我尝试自行安装raampGBV时，naijR源包是从 CRAN 下载并安装的，没有任何问题。但是当通过 packrat 尝试时，它失败了。

我目前正在尝试熟悉 Packrat 解析。因此，我已阅读此处链接的 2002 年的 PDF 论文，并在第 2.3 节中将 Packrat 缓存描述为一个初步过程（在实际解析之前发生），其中通过从右到左读取输入来预先构建完整的缓存表. 只有这样，才能开始真正的从左到右的线性解析。

但是在我发现的每个 PEG 解析器实现中，“缓存”选项通常是在实际从左到右解析期间发生的缓存过程。例如这里。

两种方法有什么区别吗？谢谢你。

所以我试图使用检查点包（日期为 2020 年 3 月 1 日）安装 Rcpp。

我的大多数包都很好，但是 Rcpp 专门创建了很多临时目录，然后将其删除，例如：

这是 84 个字符长，我相信有些更长。

Checkpoint 也创建了许多目录，例如这里有一个自定义库：

这是 67 个字符，其中 52 个仅在管理多个检查点日期或版本时需要。

这意味着对于文件路径，例如：

假设即使是临时文件也不能超过 255 个字符，那么我肯定有 < 60 个字符可用于所有 Rcpp 临时对象。

我使用以下代码进行了测试：

它失败是因为许多“找不到文件或目录”，我认为实际上失败了，因为无法创建 00LOCK-Rcpp/00new/Rcpp/include/Rcpp/ 然后将所有 .h 文件解压缩到它。我很好奇，所以我运行了以下内容：

它安装得很好。

关于如何制作检查点的任何想法要么不创建这么多嵌套目录，要么在整个软件包安装之前忽略 file_path 255 限制？

现在，我可能会将目录向上移动几级，但如果我能深入了解我的猜测是否真的正确，或者我是否遗漏了什么，我将不胜感激！

I have been using renv on a R project, but now want to remove it from renv versioning, i.e. delete all renv associated files, but still have access to the libraries that I used installed under renv. How do I do this? Alternatively, how do I migrate from renv to packrat?

我最近将我的 R 版本更新为 4.0.0，从那时起我无法将任何内容部署到 RStudio Connect。我尝试部署不同的 R Markdown 项目，几周前效果很好，结果总是一样的。

部署选项卡显示如下内容：

然后 packrat 安装几个缓存的包，过了一会儿它显示如下：

之后，部署会一直加载而没有任何更改，如果我尝试在 Connect 中打开项目，我会收到错误 504。

我该如何解决这个问题？我必须回到 R 版本 3.6.2 吗？