问题标签 [packrat]

我们最近在我的办公室安装了 RStudio Connect。对于我们的工作，我们制作了自定义包，我们通过打开项目和构建+重新加载在自己之间进行了更新。

我知道我可以让我们的自定义包在带有 RSConnect 的应用程序中工作的唯一方法是建立一个本地 repo 并设置我们options(repos)的包含它。

目前我有以下内容：

目前这很好用，我可以从本地 repo 安装我的自定义包。这向我表明本地存储库已正确设置。

另外，我已将DESCRIPTION文件更改为多出一行repository:LocalCurrent.

但是，当我尝试部署引用的 Shiny 应用程序或 Rmd 时，我在部署时收到以下错误：

我知道这是packrat在部署过程中无法找到我的本地存储库的问题（我相信在它使用的阶段packrat::snapshot()）。这很令人困惑，因为我本以为packrat会使用option("repos")类似于install.packages. 如果我遵循这些功能，我可以看到特定的失败点是packrat:::findLocalRepoForPkg("<PackageName", repos = packrat::get_opts("local.repos"))，即使在我定义之后它也会失败packrat::set_opts("local.repos" = c(CurrentRepo2 = paste0("file:",RepoAddress)))

如果我深入packrat:::findLocalRepoForPkg研究，它会失败，因为它找不到名为：“C://”的文件/文件夹。我原以为这肯定会失败，因为 repos 遵循 C://bin/windows/contrib/3.3/ 结构。回购协议在任何时候都不会具有它正在寻找的结构吗？

我认为这最后一部分表明我在本质上误解了一些东西。任何有关配置我的 repo 的指导packrat都可以理解它会很棒。

我在 Rstudio Server 上有一个工作项目，我想将所有包冻结为实际工作版本，以避免未来由于全局库更新而出现问题。

所以我跑

一段时间后，所有软件包都下载并安装，没有明显问题。所以我运行一个命令来获取状态：

我得到：

重新启动 R 会话、Rstudio 甚至服务器，但无济于事。不管我坚持，同样的信息。也许这不是将 Packrat 添加到现有项目的正确过程，但 Packrat 文档不是很完整。

Rstudio 服务器版本 1.1.456 R 版本：3.4.4

我需要使用packrat才能为 R 创建一种虚拟环境。我运行了这几行

一切正常，如 R 输出所示

然后我尝试lubridate使用install.packages. 包几乎没有依赖项（magrittr、stringi、和） stringr，安装所有东西需要 20 多分钟，这似乎很不寻常。Rcppglue

这些是我的会话的基本信息

我尝试使用我使用 R 包“packrat”安装的 R 包，它允许在 python 中创建类似于 virtuanlenv 的虚拟环境。但我没有成功。

在使用 RI 的控制台中可以成功运行以下代码：

我想使用 rpy2 做同样的事情，但我无法激活 packrat 环境。以下是我测试失败的内容。

但它在“importr”失败，因为它找不到包“mycustompackage”。要么不成功：

两者都不：

关于如何在 packrat 环境中使用 rpy2 有什么建议吗？

我正在尝试将项目从本地计算机移动到无法访问 Internet 且无权安装库的服务器。服务器已经安装了许多库。

对于我当前的项目，有一些库和依赖项在服务器上不可用。

所以，我正在尝试使用 packrat 将项目捆绑并移动到服务器。现在，捆绑包的大小变得越来越大，等等。我只想捆绑服务器上不可用的包。我怎样才能做到这一点？

我在开发服务器上开发了几个闪亮的应用程序。为了帮助部署到我们的生产服务器，我编写了一个函数，它使用 packrat 的 bundle 函数来捆绑应用程序。然后我的函数将捆绑包 sftps 到生产服务器，然后通过 ssh 发送命令以在生产服务器上调用 packrat::unbundle()。

当我第一次写这篇文章时，它似乎一切正常，但几个月，也许一年前，它开始搞砸了。它会报告该应用程序已在生产环境中恢复，但该应用程序无法在生产服务器上打开。当我查看应用程序的目录时，它不会包含与应用程序关联的所有文件。当我在开发服务器上打开包时，它不包含应该存在的所有文件。什么会导致 packrat::bundle() 不包含捆绑目录中的所有文件？例如，捆绑包包含 packrat 文件夹、.Rproj 文件、两个关联的 .csv 数据文件之一和一个 restart.txt 文件，但不包含 ui.R、server.R、global.R 或一个。 .csv 文件。它并不总是总是错误的，每隔一段时间它就可以正常工作......我很困惑......

谢谢

我正在使用 R、RStudioknitr和packrat. 我有一个类似于以下的项目文件夹结构：

并根据RStudio 的限制和警告页面中给出的建议在文件的主目录和子目录中设置了.Rprofile适当的行。project_folder.rnw

当我packrat::init()在project_folder关卡运行时，packrat文件夹就设置好了。然后当我打开图书馆时file.rnw，packrat一切都设置好了。

但是，当我执行packrat::snapshot()它时会出现错误

Unable to tangle file knitr_rnw_location/file.rnw; cannot parse depndencies

并失败。有没有办法告诉packrat我忽略我的.rnw文件？所有library()这些都是从单独的.R脚本调用的，并且是source()通过.rnw文件调用的。它还搜索knitr块中声明的任何变量并给出错误

Error in eval(x, envir = envir): object 'my_variable_name' not found

最后，它确实声明

所以我只能假设这packrat::snapshot()是成功的。knitr有没有其他人在使用and时遇到同样的问题packrat？

非常感激，

是否可以在 R 个人库中为一个特定版本的 R 安装不同的包版本；然后能够使用脚本加载确切的包版本？

我正在尝试确保为每个项目在异地备份 Windows 的确切软件包版本二进制文件，以便将来如果需要复制，然后可以将它们粘贴回相关 R 版本下的个人库文件夹中。因此，您可能在 R\win-library 下的同一个 R 版本文件夹中拥有两个包版本。但是我注意到每个包文件夹都没有附加版本号，所以我不确定 R 将如何识别每个版本。

我packrat用来冻结应用程序的所有版本的依赖项。有时我会遇到“陈旧”的麻烦。

例如，今天我将一个软件包升级到了较新的版本。我通过在packrat-managed 项目中启动 R 来做到这一点：

但是，当我尝试生成新的快照文件时，什么也没有发生：

（该文件与以前没有什么不同 -MyPackage仍然列出旧版本。）

我确认确实安装了新版本，然后再次尝试快照：

嗯？不知道为什么两次之间的结果不同。

status()似乎确实正确地了解了情况：

我想我会强迫它，所以我补充说ignore.stale=TRUE：

真可惜。这可能与这是一个本地创建的包，从类似本地 CRAN 安装的事实有关吗？这将是一个packrat错误，因为（如上所述）install.packages()可以很好地找到源包。

所以我认为这里有两个潜在的packrat错误：

1. 无法对新安装的软件包进行快照
2. 无法下载软件包的源代码

FWIW，我认为第一个问题与这里的情况相同：https : //groups.google.com/forum/#!topic/packrat-discuss/HvD45u6w4Zg，其中 Kevin Ushey（作者/维护者packrat）说“有可能围绕“陈旧”包装的逻辑可以消失。”

问题：Repository:包DESCRIPTION文件中字段的用途和来源是什么？

描述文件的官方文档中似乎都没有提到它，Hadley 的书中也没有提到它。它似乎在 CRAN 上传期间自动填充 - 例如，它不在dplyr's original DESCRIPTION source中，但它存在于CRAN tarball描述中：

背景：我问是因为packrat似乎使用该字段的存在/不存在来确定是否可以在某个存储库中找到一个包 - 如果没有，它需要您手动下载它。对于托管在类似 CRAN 的本地存储库中的本地开发包来说，这是一个问题。

我们可以开始将Repository:字段添加到我们的本地包中，但这对于所有以前的版本来说有点痛苦，它会弄乱他们的 tarball 校验和等。而且我不想在不了解它的用途的情况下这样做。