问题标签 [maxent]

For questions regarding programming in ECMAScript (JavaScript/JS) and its various dialects/implementations (excluding ActionScript). Note JavaScript is NOT the same as Java! Please include all relevant tags on your question; e.g., [node.js], [jquery], [json], [reactjs], [angular], [ember.js], [vue.js], [typescript], [svelte], etc.

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r - 在 R 中使用 dismo::predict 函数时导致 NA 的累积输出格式

我已经使用 R 中的 dismo 包运行了一个 maxent 模型。我可以使用 predict 函数将输出格式查看为“原始”或“cloglog”,但是当我尝试“累积”格式时,我得到“NA”值和空白输出。总之,此代码工作正常并生成彩色地图:

此代码不生成地图,仅生成 NA 值和空白图:

请帮忙,谢谢。

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r - 使用计数数据的物种分布模型

我已经阅读了使用不同机器学习方法(MaxEnt、随机森林、GBM ...)的 SDM 技术,并在使用包和其他方法的r环境下尝试了它们。dismo但是,据我所知,这些方法使用 0 和 1 的存在/不存在数据。

我正在使用一组数据,对于每个调查点,您都记录了目标物种的个体数量,无论是零个还是更多。我的问题是,是否有任何 SDM 方法可以考虑这些定量数据的存在?

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error-handling - java.awt.HeadlessException 错误通过 rJava 在“dismo”中运行 maxent

我正在尝试通过 rJava 在 macOS 上的 dismo 包中运行 maxent 函数并不断收到此错误消息。

有没有人见过它并知道如何修复它?太感谢了!

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r - R dismo::predict:使用什么参数?

我目前正在 dismo 包中的 R 中创建一个 maxent 模型。我使用 ENMevaluate 来评估我的模型的最佳设置。这导致以下代码:

现在我想使用预测功能。但是,我不确定我应该使用的论点。我是否必须使用与 maxent 模型中相同的参数,还是可以只使用以下代码?:

最好的问候,弗雷德里克

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maxent - Maxent - 每个网格单元只有一个背景点?

我目前正在开发一个 maxent 模型并且有两个问题。

  1. 我有 12.000 个单元格,所以我认为由于过度拟合,10.000 个背景点会太多。但是,我不确定哪个数字足够(6.000?)。

  2. 当我随机创建点时,一些网格单元格中的背景不止一个。这很好还是我必须过滤我的背景点,所以每个网格单元总是只有一个背景点?

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maxent - 如何在 sdm 包中指定分类层?

我想为植物物种创建一个 sdm 模型。

sp 是我的物种出现

来自 worldclim 的 bio 25 我的生物层

和 biocateg1 我的分类层

在 Maxent 中,您总是需要指定什么是分类层,而我无法找到如何使用 sdm 包来执行此操作。

通常没有分类层,这将是代码:

如何将我的分类层添加到函数并确保其用作分类变量?

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r - 使 Maxent 的环境栅格图层相同的问题

我有九个栅格图层 (.tif),每个图层都需要具有相同的范围、分辨率和 CRS 才能在 Maxent 中工作。我尝试将每一层转换为相同的 CRS 并将它们转换为 QGIS 中的 .asc 格式。之后,我尝试重新采样 R 中的图层以匹配其中一个图层,但这会导致错误,例如范围不重叠。我的问题是如何匹配所有这些层以继续使用 Maxent 并在 R 中使用“堆栈”功能?

这是带有栅格的 zip 文件:https ://drive.google.com/file/d/1lle95SPdQ7FyQSbFoFvmAzyuO2HUt7-L/view?usp=sharing

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csv - For 循环计算光栅文件文件夹的利基宽度 (raster.breadth),然后将结果写入 csv 文件

我正在尝试计算多个物种栅格文件(Maxent 输出)的栅格宽度,并使用 for 循环执行此操作。计算宽度的每个循环我也打算将结果保存为 csv 文件,但我遇到了问题。

这是我到目前为止的代码:

我稍微调整了一下以适合我在此处共享的发生数据和栅格文件的示例:https ://drive.google.com/file/d/1oA78dnZBSd9B_9EJuaWxg2isK-9lfQ5Q/view?usp=sharing

提前致谢!