问题标签 [maxent]

For questions regarding programming in ECMAScript (JavaScript/JS) and its various dialects/implementations (excluding ActionScript). Note JavaScript is NOT the same as Java! Please include all relevant tags on your question; e.g., [node.js], [jquery], [json], [reactjs], [angular], [ember.js], [vue.js], [typescript], [svelte], etc.

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java - Apache open nlp maxent:处理“概率分布”标签的正确方法?

Apache open nlp maxent:是否可以设置“概率分布”标签?

我已经阅读了 football.dat、gameLocation.dat 和 realTeam.data,并尝试了“sports”包中的 CreateModel.java 和 Predict.java。预测结果是类概率分布,如loss[0.3686] win[0.4416] tie[0.1899],行尾的训练样例标签都是单类,如win

是否可以在训练数据中设置像loss[0.3686] win[0.4416] tie[0.1899]这样的概率分布标签?如果不是,除了将最大概率标签设置为标签之外,处理“概率分布”标签的正确方法是什么?例如,复制具有与概率成比例的类标签的示例是一种原则方法,还是其他系统方法。

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r - R中的核密度函数给出不相等的x和y分辨率

我希望你能帮助我解决我已经有一段时间的问题。我需要为 MaxEnt 制作一个偏差文件,为此我使用了本教程:https ://scottrinnan.wordpress.com/2015/08/31/how-to-construct-a-bias-file-with-r- for-use-in-maxent-modeling/并将其更改为我自己的情况。然而,我现在卡住了......

我需要使用 kde2d 函数来创建 2d 内核密度估计,然后将其转换为栅格。但是,创建的栅格具有不同的 x 和 y 分辨率。这是一个问题,因为我必须在 MaxEnt 中使用它,它不会接受不相等的 x 和 y 分辨率。

这就是我所做的:

对于 x 和 y,biasraster 的原始分辨率均为 0.00833333,但 dens.ras 的分辨率已更改为 0.0104052、0.00833333 (x,y)(因此 y 分辨率是正确的)。

从问题中可能可以看出,在编码(r)方面,我是一个完全的菜鸟。我一直试图弄清楚大约一个星期要做什么,但我找不到任何似乎有效的答案,所以我希望这里有人可以帮助我。

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r - 为 NLP 任务实现 maxent 的 R 包

我正在寻找一个为 NLP 任务实现 MaxEnt 的 R 包(即,对于具有大量参数的情况)。

要求是对医学文本执行命名实体识别。我习惯于依赖 CRF++ 进行序列标记工作,但对于手头的这个特定实体识别任务,我不想要转换/标签输入。

我检查了 Maxent Package - 它创建了一个我不想要的 tf-idf 表示。我需要将我的特征作为前后单词、pos 标签等的组合来提供。与使用 CRF++ 的方式非常相似。

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r - 计算二进制栅格中的面积

我运行了一些物种分布模型 (SDM),对几个物种使用了“dismo”包的 maxent,所以我将每个物种保存为一个光栅文件。

之后,我根据确定的阈值将此环境适宜性栅格(SDM 结果)转换为二进制地图。

我使用这个函数和这些命令行来进行转换:

现在我有了该二进制地图的栅格(即,只有两个值,0 和 1)。

我尝试使用以下参数将像素的总和设为 1,假设其他像素为 0,因此总和将等于所有值为 1 的像素的面积:

cellStats(spp, stat='sum', na.rm=TRUE)

我得到了一个我认为正确的数值结果(12,471)。但是,我对其他物种以及其他栅格进行了此操作,结果保持不变,尽管每个物种都有不同的二元图。

如何仅计算 R 中二进制地图栅格中值为“1”的像素的面积?

谢谢大家的关注。

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r - 如何将 Dismo 的 predict() 与基于数据框的 maxent 模型一起使用

我试图弄清楚 dismo 的 predict 函数如何根据以“x”作为数据框而不是栅格图层构建的模型来运行。我已经使用栅格图层成功运行了模型,并基于此制作了预测地图。

我的模型构建如下;

Sightings.data 是一个数据框,其中包含 GPS 目击位置,然后是这些时间和位置的条件。Presence.vector 是一个向量,指示行是存在点还是背景点。

我正在寻找答案;

  • 给定这种类型的模型,要提供哪些参数来预测
  • predict() 能够从这样的模型中提供什么

我已经使用栅格图层成功运行了模型,并基于此制作了预测地图。

predict() 的帮助文件不是特别详细,“使用 R 进行物种分布建模”没有成功涵盖该主题(示例仅列出“无法运行此示例,因为 maxent 不可用”输出)。

我尝试使用仅包含我有栅格图层的变量的数据框进行建模,并尝试像使用栅格构建的模型一样进行预测,但出现以下错误;

我已确保数据框列名和栅格图层具有相同的名称,但不包括强制性的纬度和经度列;

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java - maxent RJava 情况 1001

maxent我一直在努力克服使用包中的功能的一系列错误dismo

Loading required package: rJava Unable to find any JVMs matching version "(null)". No Java runtime present, try --request to install. Error: package or namespace load failed for ‘rJava’: .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details: call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) error: unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so': dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so, 6): Library not loaded: @rpath/libjvm.dylib Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so Reason: image not found Error: package ‘rJava’ could not be loaded In addition: Warning message: running command '/usr/libexec/java_home' had status 1

我试过:1-更新我的 R 版本 2-删除并重新安装最新的 Java 版本 3-删除并重新安装 rJava 4-安装 JGR

没有人解决了这个问题。有什么帮助吗?

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r - 将 NA 作为环境凸包外区域的光栅文件

我正在寻求您的 R 技能支持。对于我的一篇论文,我正在使用遥感变量(LT 波段 3、4、5、7、DEM 和 NDVI)对亚马逊地区树种的分布进行建模,并且我计划将所有站点从“凸我的预测器的船体”。我已经审查了 R(convhull、convhulln)中的几个包和函数,但没有成功。

我已经提取了超过 6000 个存在点的所有变量值。我需要对那组点做一个凸包,然后把它带到地理空间,然后把所有东西都屏蔽掉。所以基本上我需要一个带有 NAs 和 1s 的光栅文件(凸包外的 NAs 区域和凸包内的 1s 区域)

预测变量

有什么建议么?

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r - 发生建模后从栅格绘制多边形

我想使用 BIEN 使用的相同方法为物种出现绘制多边形,所以我可以同时使用我的多边形和他们的多边形。他们使用 Maxent 来模拟物种的出现,当它们有更多的出现点时。

例如,这是一个 BIEN 多边形:

Mormolyca ringens 多边形 Mormolyca ringens 多边形

好的,然后我正在尝试绘制我的多边形,因为 BIEN 缺少一些我需要的物种。

此时,我有以下图像:

预测例子的发生 预测例子的发生

我正在尝试使用此代码从该栅格制作一个多边形:

并且:

但我不断得到我范围的像素版本

你能给我一个提示,这样我就可以从这个栅格中提取一个多边形,就像 BIEN 的一样?(我也是建模和 R 的新手......欢迎任何提示)

编辑:这是 px 控制台输出:

先感谢您

编辑2:解决方案

感谢@Val,我得到了这个:

现在我得到了我想要的!谢谢!(图中的多边形不一样,只是因为我在得到@Val 的答案时使用了我在环境中拥有的不同数据集)

奖金问题:

你知道如何平滑边缘,所以我得到一个非像素化的多边形吗?

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r-raster - 从 maxent 预测的点中提取环境价值

我用maxent来预测感兴趣物种的物种分布模型。我想从maxent(例如> 0.8)预测的高置信度中提取点(坐标),并使用这些点使用栅格和Worldclim数据库提取它们的详细环境因素。但是,我不知道如何才能以高置信度快速提取点。有没有专家知道如何做到这一点?

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r - 在 R 中使用带有 MaxEnt 的测试样本文件

我最近在 R 中使用 MaxEnt 做了很多工作(dismo-package),但只使用交叉验证来验证我的鸟类栖息地模型(只有一个物种)。现在我想使用一个自己创建的测试样本文件。我必须手动选择这些点进行验证,并且不能使用随机测试点。

所以我的 R 脚本看起来像这样:

在“maxent()”命令之后,我遇到了多个错误。首先,我收到一个错误,指出他需要超过 0 个(这是默认值)“随机测试点”。所以我添加了“randomtestpoints = 20”(希望不会阻止程序使用该文件)。然后我得到:

问题是,当我使用默认的交叉验证运行脚本时,如下所示:

...一切正常。

我还尝试了多种方法来以正确的格式获取我的 csv-validation-data。两行(标记 X 和 Y),三行(标记物种,X 和 Y)和其他东西。我宁愿使用我用 read.csv 创建的“punkteVG”-vector(这是验证数据)......但似乎 MaxEnt 想要他的文件。

我无法想象我的问题是如此罕见。之前一定有人使用过参数“testsamplesfile”。