Apache open nlp maxent：是否可以设置“概率分布”标签？

我已经阅读了 football.dat、gameLocation.dat 和 realTeam.data，并尝试了“sports”包中的 CreateModel.java 和 Predict.java。预测结果是类概率分布，如loss[0.3686] win[0.4416] tie[0.1899]，行尾的训练样例标签都是单类，如win。

是否可以在训练数据中设置像loss[0.3686] win[0.4416] tie[0.1899]这样的概率分布标签？如果不是，除了将最大概率标签设置为标签之外，处理“概率分布”标签的正确方法是什么？例如，复制具有与概率成比例的类标签的示例是一种原则方法，还是其他系统方法。

我希望你能帮助我解决我已经有一段时间的问题。我需要为 MaxEnt 制作一个偏差文件，为此我使用了本教程：https ://scottrinnan.wordpress.com/2015/08/31/how-to-construct-a-bias-file-with-r- for-use-in-maxent-modeling/并将其更改为我自己的情况。然而，我现在卡住了......

我需要使用 kde2d 函数来创建 2d 内核密度估计，然后将其转换为栅格。但是，创建的栅格具有不同的 x 和 y 分辨率。这是一个问题，因为我必须在 MaxEnt 中使用它，它不会接受不相等的 x 和 y 分辨率。

这就是我所做的：

对于 x 和 y，biasraster 的原始分辨率均为 0.00833333，但 dens.ras 的分辨率已更改为 0.0104052、0.00833333 (x,y)（因此 y 分辨率是正确的）。

从问题中可能可以看出，在编码（r）方面，我是一个完全的菜鸟。我一直试图弄清楚大约一个星期要做什么，但我找不到任何似乎有效的答案，所以我希望这里有人可以帮助我。

我正在寻找一个为 NLP 任务实现 MaxEnt 的 R 包（即，对于具有大量参数的情况）。

要求是对医学文本执行命名实体识别。我习惯于依赖 CRF++ 进行序列标记工作，但对于手头的这个特定实体识别任务，我不想要转换/标签输入。

我检查了 Maxent Package - 它创建了一个我不想要的 tf-idf 表示。我需要将我的特征作为前后单词、pos 标签等的组合来提供。与使用 CRF++ 的方式非常相似。

我运行了一些物种分布模型 (SDM)，对几个物种使用了“dismo”包的 maxent，所以我将每个物种保存为一个光栅文件。

之后，我根据确定的阈值将此环境适宜性栅格（SDM 结果）转换为二进制地图。

我使用这个函数和这些命令行来进行转换：

现在我有了该二进制地图的栅格（即，只有两个值，0 和 1）。

我尝试使用以下参数将像素的总和设为 1，假设其他像素为 0，因此总和将等于所有值为 1 的像素的面积：

cellStats(spp, stat='sum', na.rm=TRUE)

我得到了一个我认为正确的数值结果（12,471）。但是，我对其他物种以及其他栅格进行了此操作，结果保持不变，尽管每个物种都有不同的二元图。

如何仅计算 R 中二进制地图栅格中值为“1”的像素的面积？

谢谢大家的关注。

我试图弄清楚 dismo 的 predict 函数如何根据以“x”作为数据框而不是栅格图层构建的模型来运行。我已经使用栅格图层成功运行了模型，并基于此制作了预测地图。

我的模型构建如下；

Sightings.data 是一个数据框，其中包含 GPS 目击位置，然后是这些时间和位置的条件。Presence.vector 是一个向量，指示行是存在点还是背景点。

我正在寻找答案；

• 给定这种类型的模型，要提供哪些参数来预测
• predict() 能够从这样的模型中提供什么

我已经使用栅格图层成功运行了模型，并基于此制作了预测地图。

predict() 的帮助文件不是特别详细，“使用 R 进行物种分布建模”没有成功涵盖该主题（示例仅列出“无法运行此示例，因为 maxent 不可用”输出）。

我尝试使用仅包含我有栅格图层的变量的数据框进行建模，并尝试像使用栅格构建的模型一样进行预测，但出现以下错误；

我已确保数据框列名和栅格图层具有相同的名称，但不包括强制性的纬度和经度列；

maxent我一直在努力克服使用包中的功能的一系列错误dismo。

Loading required package: rJava Unable to find any JVMs matching version "(null)". No Java runtime present, try --request to install. Error: package or namespace load failed for ‘rJava’: .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details: call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) error: unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so': dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so, 6): Library not loaded: @rpath/libjvm.dylib Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so Reason: image not found Error: package ‘rJava’ could not be loaded In addition: Warning message: running command '/usr/libexec/java_home' had status 1

我试过：1-更新我的 R 版本 2-删除并重新安装最新的 Java 版本 3-删除并重新安装 rJava 4-安装 JGR

没有人解决了这个问题。有什么帮助吗？

我正在寻求您的 R 技能支持。对于我的一篇论文，我正在使用遥感变量（LT 波段 3、4、5、7、DEM 和 NDVI）对亚马逊地区树种的分布进行建模，并且我计划将所有站点从“凸我的预测器的船体”。我已经审查了 R（convhull、convhulln）中的几个包和函数，但没有成功。

我已经提取了超过 6000 个存在点的所有变量值。我需要对那组点做一个凸包，然后把它带到地理空间，然后把所有东西都屏蔽掉。所以基本上我需要一个带有 NAs 和 1s 的光栅文件（凸包外的 NAs 区域和凸包内的 1s 区域）

预测变量

有什么建议么？

我想使用 BIEN 使用的相同方法为物种出现绘制多边形，所以我可以同时使用我的多边形和他们的多边形。他们使用 Maxent 来模拟物种的出现，当它们有更多的出现点时。

例如，这是一个 BIEN 多边形：

Mormolyca ringens 多边形

好的，然后我正在尝试绘制我的多边形，因为 BIEN 缺少一些我需要的物种。

此时，我有以下图像：

预测例子的发生

我正在尝试使用此代码从该栅格制作一个多边形：

并且：

但我不断得到我范围的像素版本

你能给我一个提示，这样我就可以从这个栅格中提取一个多边形，就像 BIEN 的一样？（我也是建模和 R 的新手......欢迎任何提示）

编辑：这是 px 控制台输出：

先感谢您

编辑2：解决方案

感谢@Val，我得到了这个：

现在我得到了我想要的！谢谢！（图中的多边形不一样，只是因为我在得到@Val 的答案时使用了我在环境中拥有的不同数据集）

奖金问题：

你知道如何平滑边缘，所以我得到一个非像素化的多边形吗？

我用maxent来预测感兴趣物种的物种分布模型。我想从maxent（例如> 0.8）预测的高置信度中提取点（坐标），并使用这些点使用栅格和Worldclim数据库提取它们的详细环境因素。但是，我不知道如何才能以高置信度快速提取点。有没有专家知道如何做到这一点？

我最近在 R 中使用 MaxEnt 做了很多工作（dismo-package），但只使用交叉验证来验证我的鸟类栖息地模型（只有一个物种）。现在我想使用一个自己创建的测试样本文件。我必须手动选择这些点进行验证，并且不能使用随机测试点。

所以我的 R 脚本看起来像这样：

在“maxent()”命令之后，我遇到了多个错误。首先，我收到一个错误，指出他需要超过 0 个（这是默认值）“随机测试点”。所以我添加了“randomtestpoints = 20”（希望不会阻止程序使用该文件）。然后我得到：

问题是，当我使用默认的交叉验证运行脚本时，如下所示：

...一切正常。

我还尝试了多种方法来以正确的格式获取我的 csv-validation-data。两行（标记 X 和 Y），三行（标记物种，X 和 Y）和其他东西。我宁愿使用我用 read.csv 创建的“punkteVG”-vector（这是验证数据）......但似乎 MaxEnt 想要他的文件。

我无法想象我的问题是如此罕见。之前一定有人使用过参数“testsamplesfile”。