问题标签 [lme4]

我有两个相关的响应变量 (y1,y2) 由相同的协变量集 (x1,x2) 解释，每个变量的均值 = 0。

我有一个随机分组因子（'group'），它是异方差的（y1 的组 ~ N(0,sigma_u1) 和 y2 的 N(0,sigma_u2)）。

我想通过也是异方差的随机误差对响应之间的相关性进行建模。

我正在使用以下代码生成示例数据集。后面是我尝试的 nlme 代码（这给了我一个错误）。我将不胜感激有关如何正确执行此操作的任何指导。

如果我的代码看起来很笨拙，我提前道歉。

谢谢！

我希望围绕我的多级模型系数估计计算 95% 的置信区间。

对于具有单个分组变量的模型，我没有问题，但是当我添加一个额外的时，我遵循的引导方法（ http://www.ats.ucla.edu/stat/r/dae/melogit.htm ）基本上坏了分组变量。

我调查了 bootMer（lme4 新实现的部分），结果相同。

这是问题的一个例子：

---------------------------------------- 已编辑以包含可重现的示例 ---------------- ------------

对这个问题的有用评论和通过示例给出了答案 - 这不是添加第二个分组变量本身，而是导致问题的分组变量中的缺失。

对于遇到此问题的其他人来说，这是一个可行的示例。

为了说明起见，这是一个简单的功能...

示例数据（完整）

与这些数据一起工作正常

但是，当我们在分组变量中引入缺失时......

我正在使用他们 github 帐户lme4上的 README.md 文件进行安装，但在安装依赖项时失败。我尝试单独安装它们，但在安装软件包时仍然崩溃。我在 RHEL6 上使用 R/3.0.2。在构建期间，编译器争论 RScript 不存在，我检查它在 R/bin 文件夹中。 minqa

这是 R INSTALL 的日志：

我正在尝试从 github 加载 lme4 的开发版本，但到目前为止一直没有成功。我希望我能引导我朝着正确的方向前进。请耐心等待，因为我是编码新手。

我在带有 osX 10.9 的 Mac 上使用 Rstudio（版本 0.98.49）和 R 版本 3.0.2。我使用调用 $xcode-select --install 在终端中安装了命令行工具。我还下载了 MacTeX（虽然我不确定这是必要的）。我收到命令失败的错误，并且不知道如何成功加载它。请看下面的代码。

我确信我遗漏了一些明显的东西，但我感谢任何帮助，因为我继续学习。谢谢！

我正在尝试使用 lme4 的开发版本和本教程对混合效应模型进行功率分析。我在教程中注意到 lme4 会引发收敛错误：

当我为我的数据集运行代码时，会出现同样的警告，其中：

使用此更新版本进行的常规 glmer 调用的估计值也与我使用更新的 CRAN 版本时略有不同（在这种情况下没有警告）。关于为什么会发生这种情况的任何想法？

编辑

我试图指定的模型是：

我拥有的数据集有一个主体间（年龄，居中）和两个主体内变量（相似度：2 个级别，percSem：3 个级别），用于预测二元结果（错误记忆/猜测）。此外，每个受试者内部单元格都有 3 个重复测量值。因此，每个人总共有 2 x 3 x 3 = 18 个二元响应，总共有 38 个参与者。

我正在尝试预测在我的二项式数据上运行的 glmer 模型随时间变化的值（x 轴中的天数）。Total Alive 和 Total Dead 是计数数据。这是我的模型，下面是相应的步骤。

正如您在代码中看到的（1：index），我们已经考虑了过度分散。

然后，我们使用疏浚命令来确定具有主要影响（CO2.Treatment、Lime.Treatment、Day）及其相应交互作用的最佳拟合模型。

然后为他们制作了一个工作区变量

然后，我们进行模型平均以平均最佳拟合模型的系数

但现在我想创建一个图表，Y 轴上的 Total Alive 和 X 轴上的 Days 以及取决于模型输出的拟合线。我知道这很棘手，因为模型连接了 Total.Alive 和 Total.Dead （请参阅cbind(Total.Alive,Total.Dead)模型。

当我尝试运行预测命令时出现错误

我一直在使用 package 中的anova.merMod函数lme4通过科学出版物的似然比检验获得固定效应的 p 值（大多数审稿人仍然要求我所在领域的 p 值）。我注意到该函数使用（参见下面的示例）anova.merMod重新计算函数，这是一个非常好的功能，它迫使不太熟悉的用户正确地进行测试。但是，我一直在尝试阅读package 的大部分文档，但找不到此功能的注释（例如，请参阅，它会将用户引导至）。这让我很困惑。lmerREML = FALSElme4?anova.merMod?vcov.merMod

问题：为什么文档中没有明确提及此功能？也许我理解错了？

附言。R-mailing lists上似乎有关于此的问题，但答案让我更加困惑。

编辑 sessionInfo：：R version 3.0.2 (2013-09-25)，lme4_1.0-5

我目前在 glmer 中拟合模型（尽管同样的问题适用于 lmer）。

但是我有两个（我认为是）嵌套的固定效果。我正在测试人们与他们的性别和体重相比花多长时间进食。显然，某人的体重取决于他们的性别（性别之间的体重分布不同），但我在我的模型中关心这一点。我想测试最重的女性是否比最轻的女性吃得更多，最重的男性是否比最轻的男性吃得更多，但我想要一个模型来看看是否存在人口范围效应。

这就是我想通过将两个固定效果也作为嵌套随机效果来做到这一点的方式：

我对 R 还不是很熟悉，我想用lmer函数构建混合效果的线性模型。
我们有 3 个自变量，每次有 2 种模态：

• 组（G3 和 G5）
• 频率（低频和高频）
• 条件（NR 和 PH）

和一个因变量：

• 反应时间 (RT)。

这是我的数据样本，数据提取manipfreq：

我特别感兴趣的是：

• 主要影响：“组”、“频率”、“条件”
• 两种交互方式：“条件*组”和“条件*频率”</li>
• 三向交互：“组*频率*条件”</li>

以及仅在 NR 条件下的双向交互“组*频率”

我编写了一个模型，该模型考虑了我的 IV 和与我的主题和项目相关的截距和斜率之间的相互作用。
这是我的模型（如果我错了，请纠正我）：

我需要找到 F 和 p 值。

我会很感激你的帮助。

我正在尝试使用 lme4 进行 LMM，并弹出此消息：

initializePtr() 中的错误：包“Rcpp”未提供函数“dataptr”

我应该怎么办？