问题标签 [lme4]

过去一切正常，但现在，在我将我的 Macbook 升级到 Mavericks 并将 R 升级到 3.0.2 之后，我还必须升级 languageR 和 lme4 包，现在 languageR 是 1.4，lme4 是 1.0.4。

问题是我总是收到这个错误：

有人建议使用其他方法来计算 p 值（lme4 和 languageR 兼容性错误：“输入模型不是 mer 对象”</a>）。但我不仅需要 p 值，还需要 pvals 的其他参数。 fnc可以返回。有人建议将lme4降级为'0.999999.2'（LMERConvenienceFunctions error on back and forwardfitting functions: model not a mer object），但不幸的是我无法在小牛上安装'0.999999.2'。它显示以下错误：

任何人都知道如何解决这个问题？

我在 Ubuntu (Precise Pengolin) 下安装 lme4 时遇到问题。我收到以下错误消息：

我的会话信息：

有任何想法吗？

线性混合效应模型传统上按以下方式制定。Ri = Xi × β + Zi × bi + εi 其中 β 表示估计的固定效应，Z 表示随机效应。因此 X 是经典设计矩阵。使用 R，我希望能够在使用 nlme 包中的 lme 拟合模型后提取这两个矩阵。例如，同样在 nlme 包中找到的数据集“Rails”包含 6 个随机选择的铁路轨道上的超声波传播时间的三个单独测量值。我可以为每个轨道拟合一个具有截距固定效应和随机效应的简单模型，如下所示。

X 设计矩阵只是一个统一的 18x1 矩阵（6 个轨道 * 3 个测量值），可以通过以下方式轻松提取：

我想做的是提取随机效应设计矩阵 Z。我意识到如果我使用 lme4 包拟合相同的模型，可以通过以下方式完成：

但是，我不知道如何从 lme 拟合模型中提取该矩阵。

我正在尝试对某些数据运行混合效应模型，但在其中一个固定效应中苦苦挣扎，我认为主要是因为它是一个因素？！

样本数据：

我的模型是这样的：

当运行返回错误信息时：

在互联网上搜索后，我发现了一个回复

但是对于我的生活，我不明白这个问题的答案！

我一直在使用旧版本的 lme4 运行线性混合模型。现在我已经更新了 lme4 我收到以下错误：

错误 en [[<-.data.frame( *tmp*, i, value = integer(0)) ：替换有 0 行，数据有 4211

我在这个网站上找到了一个答案，建议将所有分组变量放在 data 参数指定的数据框中。我已经这样做了，但我的代码仍然不起作用。

这里是：

错误 en [[<-.data.frame( *tmp*, i, value = integer(0)) ：替换有 0 行，数据有 4211

知道为什么会这样吗？非常感谢！娜塔莉亚·诺登

我正在运行一个多级模型。我使用以下命令validatedRS6作为结果、random预测变量和clustno随机效应变量。

但是，我收到以下错误

do.call(new, c(list(Class = "glmResp", family = family), ll[setdiff(names(ll), : 'what' 必须是字符串或函数)

我完全不知道出了什么问题并搜索了互联网。很抱歉，我无法提供数据，因为它来自尚未公布的干预措施。

我正在尝试自动化一种方法来识别和删除混合模型语句中的固定效果，使用lmer. 简而言之，我的方法是使用fixef获取固定效果名称，然后使用update从模型语句中删除这些名称。我遇到了一些障碍...

首先，如果固定因子不连续，则fixef返回附加处理水平的变量名称（例如，levels(variable1)=c("A","B","C")将返回variable1Band variable1C）。我试图通过部分匹配来解决这个问题，但我相信它不会在所有情况下都成功（见下文）。

其次，如果存在交互，则部分匹配会分崩离析并仅识别第一个术语（例如，variable1仅从variable1:variable）。我不知道如何解决这个问题。

这是一些示例代码：

任何帮助表示赞赏！

我试图弄清楚如何从一个只有随机截距和一个变量（性别）的简单 lmer 模型中组织随机效应的 ranef.mer 列表。

我已经使用 qqmath 绘制了随机效应，但我要么需要能够通过它们的簇号（在本例中为学校）来标记每个随机效应，要么组织 ranef.mer 输出。

我正在尝试建立一个具有嵌套随机效应和随机系数的模型，用于lmer()在 R 中使用的交互项。

从下面创建的数据中可以看出，我有一个二进制响应和两个解释变量。时间是连续的，二进制是一个因素。这些数据取自三个研究区（CO、UT、MT）的 6 个人（AAA:FFF）。因为个体只出现在一个 StudyArea，IndID 嵌套在 StudyArea 中。

因为我想考虑 IndID 和 StudyArea 之间的差异，所以我将这两个术语都包含为随机效应，并在下面的模型中调整了截距。

可以说，在 GLM 结构中，时间和 StudyArea（即（Time*StudyArea））之间的相互作用是一个重要的术语。因此，除了对截距进行调整外，我还需要对斜率进行调整，以说明作为 StudyArea 函数的时间差异。

虽然我在 Bates 的书 ( http://lme4.r-forge.r-project.org/book/Ch4.pdf ) 和其他添加随机系数的帖子中看到了许多示例，但我没有看到 rand coef 为交互项。

根据我从其他帖子中收集到的信息，模型结构应该类似于下面的模型，但我期待其他人的反馈和建议。此代码将适合模型，尽管我不确定它在理论上是否正确

注意：这些是虚构的数据，结果/p 值显然没有意义。

提前致谢。

我正在尝试分析通过 RPy 使用 lme4.lmer() 生成的一组线性模型的偏差。此处的此笔记本显示了一个完整的示例，其中包括我导入我的 deps、加载我的文件、运行我的 lme4.lmer() 并且无法让 anova 在它们上运行。

为了您的方便，这里再次粘贴失败的行，我希望看到它的工作。

此代码在 R 中完美运行，如下所示：

你能帮我让它在 RPy 中运行吗？