问题标签 [lammps]

我正在尝试在 Windows 上的灯上运行模拟。在我尝试使用命令提示符通过将 - “lmp_serial -in in.crack” 写入文件目录来运行它之后，我收到以下错误。

它在proc 0上显示错误：无法在.crack中打开输入脚本：没有这样的文件或目录（src/lammps.cpp.494）

请帮我修复它。提前致谢。

我在集群的主节点中安装了一个可执行的 lmp_mpi。我无法在所有节点上运行这个可执行文件，因为 mpirun 找不到这个可执行文件（很明显）。有谁知道如何将此可执行文件链接到我的计算节点？

将作业提交到集群中的两个节点时出现此错误：[proxy:0:1@node3] HYDU_create_process (utils/launch/launch.c:75): execvp 文件 lmp_mpi 错误（没有这样的文件或目录） 图像

我想在LAMMPS中使用Open3d。Open3D详细介绍了如何使用 cmake 查找预安装的 Open3D 包。

使用上述内容，我编写了一个 cmake 文件，我相信 LAMMPS 在其构建阶段使用它来查找包并链接它们。奇怪的是，这条线

似乎导致编译器在 LAMMPS src 代码中发现错误，即

如果我注释 target_link_libraries 语句，代码编译得很好（但不链接到 Open3D）。抱歉无法提供 MWE，因为我不知道如何以简单的方式复制此行为。您能否向我解释一下为什么 target_link_libraries 命令会导致编译器在 LAMMPS src 代码中发现错误并提供解决方案来防止这种情况发生？如果相关，我正在使用 Clion 2021.1.2 和

I am doing a relaxation calculation using gpu in a system of 800,000 atoms. Sometimes, I get the following error. Can you please tell me the cause and how to fix it?

我正在使用 AMMPS v3.9 运行 Windows 10 Pro，并且我正在尝试将 DocumentRoot 从默认位置C:\Program Files\Ampps\www更改为C:\Users<MyID>\OneDrive\www。

事实证明这比我想象的要困难一些。我在网上搜索并找到了可以更改它的东西（甚至是 StackOverflow 上的东西），但似乎都不起作用。有没有相对简单的方法来做到这一点？

我已经最小化了两个原子系统的能量。现在我有了他们的坐标。如何计算两个原子之间的距离？使用它们的坐标找到两个原子之间的距离的命令是什么？

我正在尝试LAMMPS在环境中运行脚本Colab。但是，每当我尝试将fix命令与RIGID包中的参数一起使用时，控制台都会给我同样的错误。

我测试了不同的安装和构建方法，例如通过apt存储库和CMAKE：

Method 1

Method 2

我还通过调用external scriptusing 该file()方法并编写命令来LAMMPS使用该command()方法对其进行了测试。

我code在python脚本中返回错误的部分是::

...

或者 LAMMPS 脚本中的相同行称为：

...

输出错误是：

有什么建议我能做什么？

这项工作的主要目标是通过满足以下条件，用指定数量的具有指定半径的球体填充一个大盒子：

1. 每个球体至少与另一个球体接触（没有任何重叠，只是接触）（可以指定每个球体的最小接触数，例如每个球体可以与 [1 到 n] 个其他球体接触）。总介质必须是连续的，即所有球体都必须有到其他球体的连接路径；没有任何分离的球体组。
2. 球体是随机分布的（以避免将它们并排排列，例如排成一排，因此，避免空隙空间分布的严重差异）在整个盒子体积中分布相当均匀，而不仅仅是从盒子的一侧填充一些百分比，并且像那样。

预期的模型将是：

为此，一开始我去找了一些优化库，比如pyomo，但是对于大数据（大约 100000 到 500000 个球体）使用优化方法根本不适合这个问题，因为我搜索了那些（就时间和 …）。

所以，我尝试了另一种创新的方法：

为了这个目的并且为了在大盒子中均匀分布球体以使球体之间的空隙分布均匀，我将大盒子分割成数千个部分（具有相同大小），包含相对相同的球体体积（就总体积而言）该段中的球体）。为每个框指定了球体的数量及其半径（因此，我在此示例中为每个段创建了两组球体）：

示例半径文件：https ://drive.google.com/file/d/1RIL6n0yGSNBYmI-t_FmuW1vL29ncDUK8/view?usp=sharing

在我的小例子中，我有两个盒子粘在一起（这些盒子是那个片段的例子），我会用球体填充它们。框的每个顶点的坐标和 ID 可用，例如：

将球体放置在盒子壁的指定距离内（随机）；如果我们可以按预期直接分配球体，则可以省略此步骤：

结果初始创建的坐标文件 ( Rand_Pos)：https ://drive.google.com/file/d/1Aphl8ndEYnfv78cIUfiP-8vMi05Tjb8K/view?usp=sharing

之后，由于我不知道任何合适的pythonic代码可以做到这一点，我用另一个软件在它们之间进行了排斥（它们是重叠的），但是无法控制距离并且它们失去了联系：

此图像中的分布是可以接受的；球体分布在盒子的所有部分。但是，很明显，球体之间没有接触（它们之间没有任何接触）。我认为这项工作与Voronoi tessellation
非常相似，也许可以通过scipy和...中的此类相关算法来处理。但是，不知道能不能。

如果有人帮助实现目标，我将不胜感激。建议的答案在处理大数据的时间方面必须是有效的。

仅用于固化重叠的测试数据，如果需要，由 7 个球体（红色圆盘显示球体重叠位置）

半径：https ://drive.google.com/file/d/1EJkYk8AuvJjtqFdFerAjFQtvMmGtrRfi/view?usp=分享 位置：https ://drive.google.com/file/d/1ERzXZN79jxXnGbO3IhHfOgYtpcZN2STj/view?usp=sharing

我有一台新电脑，我正在重新安装我的整个开发区。但是我在设置 mysql 工作台时犯了一个错误。

因此，在我的旧笔记本电脑上，我使用 lamp en phpmyadmin 来设置我的 localhost 以创建本地 wordpress。站点存储在 de phpmyadmin mariadb 中，wordpress 站点存储在 htdocs 文件中。您在 phpmyadmin 中配置数据库，从 wordpress 配置文件。接下来，如果你去 localhost/sitename .. 我得到我的本地 wordpressite。

由于我是一名初级 java 开发人员，有人说要尝试也学习使用 mysql 工作台。我已经设置了一个 mysqlserver 和 mysqlworkbench。使用 commandbashes，我可以看到我的连接正常。msql workbench 中的连接也有效。下面是这个的副本：

我使用lampp做的下一件事是在htdocs中放置一个新的blanc wordpress，制作config.php文件，然后能够通过在webbrowser中访问我的localhost来设置wordpress。

这是不可能的。因为，没有安装lamp，所以我没有htdocs文件。另一方面，mysql 工作台确认我现在有一个本地主机。

我的问题是：是否有必要安装lampp并创建一个类似的本地主机，或者是否可以使用mysql工作台的本地主机设置这个程序？或者也许根本不可能将 mysql 工作台用于 wordpresssite？我在这里遗漏了一些东西。

由于我还将使用 intellij Ultimate 连接到数据库，因此我必须正确设置它。但这次我宁愿在没有 phpmyadmin 的情况下这样做。

感谢您的反馈意见。

氪，

雅尼克

我正在尝试升级一些旧的 f77 代码来分析分子动力学轨迹。我在使用 OpenACC 指令的现代 fortran 方面取得了一些成功。我现在的目标是使用 GPU 读取通常很大的 LAMMPS 轨迹文件，大约几 GB。首先，我想知道这是否有意义？如果是，那么，如何有效地做到这一点？

轨迹文件通常包含多个时间步长的系统配置。该数据结构具有以下结构的多个块：一个时间戳，几行关于粒子数和盒子尺寸的几行，然后是当时所有粒子的位置、速度等。这种块结构重复连续的时间步长。

我真的很感激有关此的建议。谢谢！！