我正在尝试升级一些旧的 f77 代码来分析分子动力学轨迹。我在使用 OpenACC 指令的现代 fortran 方面取得了一些成功。我现在的目标是使用 GPU 读取通常很大的 LAMMPS 轨迹文件,大约几 GB。首先,我想知道这是否有意义?如果是,那么,如何有效地做到这一点?
轨迹文件通常包含多个时间步长的系统配置。该数据结构具有以下结构的多个块:一个时间戳,几行关于粒子数和盒子尺寸的几行,然后是当时所有粒子的位置、速度等。这种块结构重复连续的时间步长。
我真的很感激有关此的建议。谢谢!!