问题标签 [lammps]

使用 cmake 编译时出现此警告：

我尝试了很多解决方案，例如安装 libproj 或 libvtk6dev

我在 Debian 10 上，当我想安装涉及 VTK 的 granoo、lammps 和其他时发生这种情况。

谢谢

我正在尝试将 DREIDING 力场用于聚合物。如何获取 DREIDING 的参数？例如，如果我有乙烯。力场的参数是什么？是否有任何数据库可以获取它们或任何软件？

我正在尝试在具有 Linux 环境的集群中运行 Lammps 软件的模拟，但是我的模拟崩溃并返回以下错误。

我认为这个错误不应该与软件直接相关，而是与 mpi 相关。

谁能给我任何关于这种错误的见解？我不太了解 mpi 的工作原理。

最近我在我的 M1 Mac mini 上做一些分子动力学模拟 (LAMMPS)。

对于一个简单的任务，我使用命令：

我相信这意味着单CPU计算。我需要 4 分 45 秒的运行时间。然后我尝试使用 4 个内核运行：

我需要 1 分 51 秒。

但是当我使用 8 个内核时：

它没有跑得更快，花了我 3 分 38 秒。

为了对比，后来我试了2核和6核，我在这里总结一下：

有人知道是什么原因吗？这与 Open MPI 有关吗？（如果不是Mac预装的，我后面就没装了）

我正在尝试使用自制软件在我的 M1 Macbook Pro 上安装灯泡。但是每次我执行 $brew install lammps$ 命令时，它都会显示：瓶子不可用。我想知道这是兼容性问题吗？或者我在这里缺少的一些简单的东西？需要注意的是，我对灯泡真的很陌生。谢谢，任何帮助将不胜感激。

我想添加一个取决于原子位置的力场。我试图计算原子位置，将其用作变量，然后设置力场，但我得到了消息：

错误：修复 addforce 的变量名不存在

我试过的代码是：

我在尝试将此软件用作 python 库时遇到了麻烦。LAMMPS 网站 ( https://lammps.sandia.gov/doc/Python_head.html ) 中出现的说明似乎适用于 Linux 操作系统，而我有 Windows，所以我很难理解它们。

在使用代码构建灯期间

我得到了那个错误：

我该怎么办？为什么？

问题定义：我想构建半径为 40 埃（4nm）的磁赤铁纳米粒子（γ Fe2O3）的球形纳米粒子。我有大型散装系统的 lammps 数据文件（复制：10 10 10, 160000 个原子）。我是python的初学者，但我设法在python中编写了一个代码我尝试从所有三个轴的中心删除x，y，z坐标，这不在半径距离内，但它不起作用，只有在查看之后VMD 中的输出我知道我做错了，但我不知道如何从立方体中切出一个球体，请有人帮助我。以下是我的python代码。提前致谢。

使用 VMD 软件从数据文件输入图像 代码输出图像

我在 WIndows 10 上安装了 LAMMPS 以在 GPU 上执行计算。非常小规模的计算完成没有任何问题，但是在计算某种规模的结构时，我得到了以下错误。

第 467 行的文件“/home/akohlmey/compile/lammps-packages/mingw-cross/lammps/lib/gpu/geryon/ocl_kernel.h”中的 OpenCL 错误：-4。

我可以做什么样的操作来解决这个问题？我的英语很差，但谢谢你的好意。