问题标签 [jupyter-irkernel]

我在磁盘上有一张图片，想在 R Jupyter Notebook 的 markdown 单元格中显示它。我该怎么办？

我知道使用 Python 就像从显示中导入 Image 类一样简单。

我想尝试使用 R 内核在 jupyter 中生成报告（pdf 和可能是 html）。但是，我想以两种方式隐藏代码，具体取决于受众：

1. 所有代码单元
2. 一些代码单元

当我寻找这个时，我找到了 python 内核的答案。R中有没有办法做到这一点（没有python代码）？

我安装了 jupyter，conda install jupyter并且正在运行一个安装了 r 内核的笔记本conda create -n my-r-env -c r r-essentials

我正在运行笔记本并想从 shell 运行 bash 命令。

为了比较，在带有 python 内核的笔记本中：

有没有办法将 R 笔记本设置为在 bash 命令（可能还有其他魔法）方面具有与 ipython 笔记本相同的功能？

尽管我付出了所有努力，我还是无法在 Canopy 上为我的 IPython/Jupyter notebook 安装 R 内核。

我已密切遵循以下给出的明确说明：http: //www.michaelpacer.com/maths/r-kernel-for-ipython-notebook （或者， http: //irkernel.github.io/installation/）

一切顺利，直到在 Jupyter 上安装内核的最后一步：

这是我收到的奇怪消息：

我的配置如下：

• 带有 El Capitan 的 Macbook
• R 版本 3.2.2
• IPython 4.0.1
• Jupyter 4.0.6

以下代码在编写配备 R 内核的 ipython 笔记本时可以正常工作。不幸的是，第二个条形图导出到 html 失败（都带有 jupyter 的嵌入式选项和手动使用 nbconvert）。

真正奇怪的是，第一个条形图很好地导出，但不是第二个，而过程完全相同（显示前 50 个单词）。

这是我的配置：

• macosx 10.11.2 埃尔卡潘
• jupyter 4.0.6
• ipython 4.0.1
• R 版本 3.2.2

谢谢，

朱利安

我对使用 R 感到很自在，我想通过 Anaconda 进入 Python。
在尝试 Jupyter Notebook 并发现它与 R 兼容后，我真的很想使用它。

我在安装 R-essentials 中没有的 R 包时遇到问题；主要是因为我注意到它使用的 R 安装与我之前的安装不同。这不仅是一个不同的 R 安装，而且它还使用了以前版本的 R。在我的本地安装中，我已更新到 3.2.3，但在 Jupyter 的 Anaconda 环境中，我得到了 3.1。

我还找到了一个帖子来更改.libPaths变量以包含我已经安装的包。尽管如此，由于不同的 R 版本，我认为这是一个潜在的问题。

我想知道是否可以更新 Anaconda 中使用的 R 版本，或者是否可以指向本地安装的版本。

谢谢你。

我将 Jupyter 与 R Kernel 一起使用来创建培训表格。对于某些 R 包，我需要使用 32 位版本的 R 引擎，而对于其他（主要部分）64 位。

所以我的目标是能够非常轻松地从 R Kernel 32 位切换到 R Kernel 64 位。

从今以后，我唯一能做的就是

• 当我之前在 32 位版本的 R 引擎下安装内核时，在 Jupyter 下获得 32 位 R 内核
• 以前安装软件包时获得 64 位 R 内核，并且 R 内核在 64 位 R 引擎下

要安装内核，我的代码总是相同的：

如何在 Jupyter 中的 R 中运行 %%magic？

较长输出的自动滚动功能非常烦人，因为我有几个函数和脚本会输出大量输出。

上面的 Javascript 在 python 笔记本中可以正常工作，但在 R 笔记本中不能。

当我在 R 中运行 %% 魔术命令时，它会发出错误的声音：

有什么建议么？

根据这篇文章disable_autoscroll.py，可以将该 Javascript 放入 profile_dir/static/js/custom.js 文件中。请告诉我，Windows 机器上的 profile_dir 在哪里？

我发现：c:/Anaconda2/Lib/site-packages/notebook/static/custom/custom.js但那是中央 custom.js 文件。

参考：

长输出的自动滚动应该可以在 UI 中配置

我有一个数据集电影。

如何获取 MovieID 为“0000008”的行？我努力了：

两者都返回空数据集，这是错误的，因为我可以看到 ID 为“0000008”的行。

编辑：我尝试从 MovieID 中删除“”，但这会引发错误：

子集.matrix（电影，MovieID ==“0000008”）中的错误：找不到对象'MovieID'

编辑：电影数据是这样获得的：

我不知道这个问题是否特定于dada2。我猜它不是，但我无法以其他方式重现它。

我正在尝试mclapply从parallel带有dada2的Jupyter笔记本内部的库中使用。并行作业运行，尽管它完成内核的那一刻就死了，我无法重新启动它。在 R 终端内运行相同的工作流程没有问题。

在小型数据集上运行它没有问题：

运行相同的工作流程但使用完整的数据集（对不起，我无法在此处提供它，它太大，并且不公开）会导致内核死机，这让我认为这是一个内存问题，正在运行它在 Jupyter 环境之外没有问题。运行这个lapply没有问题。尝试在具有更多内存的 AWS 实例上运行它也会导致相同的错误。内核死亡时的终端输出是：

监控内存显示它永远不会变得非常高~200MB。所以我的问题是，如果它不是记忆，它会是什么？我意识到可能很难回答这个问题，但正如我所说，我无法发布完整的数据集。R 版本 3.2.2、Jupyter 版本 1.0.0、Dada2 版本 0.99.8、OSX 10.11.4