问题标签 [imagej-macro]

我想要一张图片每个点的强度，我应该调用哪个函数？假设我的图片的像素是 125 x 125，我想要 (0,0) 到 (125,125) 的强度，是否有一个函数可以让我给出一个坐标，它会返回一个像这样的强度

我想编写一个宏/脚本来打开文件打开对话框，然后使用带有各种选项的 BF 导入所选图像。

我在这里找到了这个 JS 脚本来做后面的部分：

我还在这里找到了常规的宏语言文件打开对话框：

我如何在 JS 脚本中做这两件事？具体来说，如何在 JS 中创建文件打开对话框？

如果用宏 IJM 语言而不是 Javascript 更容易做到这两点，那么如何创建 BF 对象并设置导入选项？

我有一个包含许多图像的文件夹。这些被分组为三个图像的集合，其中一个文件名以 . 结尾dsRed).tif，另一个文件名以. 结尾，另一个文件FITC).tif名以DAPI).tif.

我如何告诉 ImageJ 对每个图像执行不同的操作，具体取决于它具有哪个文件名结尾？

我试图设置宏来运行不同的阈值，例如：

基于此处找到的脚本的不同文件名：http: //imagej.1557.x6.nabble.com/open-file-with-specific-partial-name-td5002910.html 和此处： http://rsb.info。 nih.gov/ij/macros/Batch_RGB_Merge.txt但我在格式化时遇到问题，如果其他功能与我的三个文件名结尾一起使用。

循环

给出输出

但是，取消注释imageRows = 6;

给出预期：

ImageJ 使用 Rhino 引擎来运行 Javascript 宏。

注意：上面的循环嵌套在另一个循环中。但出于调试目的，我注释掉了外循环中的所有其他行。

编辑：对于它的价值，我将外部循环的其余部分排除在：

和完全相同的行为。

我在 R 中有一个脚本（由其他人编写），它使用带有“-batch”开关的 shell() 调用 ImageJ 进行图像分析：

分析确实开始了，但似乎 R 在分析完成之前继续执行下一行，因此尝试在创建某些文件之前访问它们。

如果我使用调试器断点运行它，并等到它完成后再继续，一切正常。但是，如果我尝试将其作为一个整体运行，则会因读取空文件夹而导致错误。

shell() 命令有一个可选参数“等待”，默认值为“TRUE”，但我猜想启动 ImageJ，而不是它的完成，被认为是 shell 的“完成”，这就是 R 继续的原因。那么我能做些什么来强制 R 等到 ImageJ 完成呢？我知道我可以在一个 while 循环中检查创建的文件的数量，所以它实际上会一直保持到所有文件都被创建为止。但我宁愿有一个更优雅、更不危险的解决方案。谢谢！

我正在从三个通道 .svs 图像中读取裁剪区域并将作物保存为 .tiff 图像。目前，图像使用单独的 RGB 通道保存。

我以这种方式裁剪图像：

给

然后我保存图像：

我最终得到了三个通道图像。

我想合并频道。

我发现了两种可能的方法来做到这一点：

http://javadoc.imagej.net/ImageJ1/ij/plugin/RGBStackMerge.html

http://rsb.info.nih.gov/ij/developer/api/ij/ImagePlus.html#flatten--

我试过croppedImage.flatten()并得到：

我也尝试导入RGBStackMerge类：

和做

但这给出了：

我对 imagej 有一个小问题：我在一个文件夹中有 .tif 文件，其中包含三个不同的文件（蓝色通道、绿色通道、红色通道）。我想将它们转换为单独的图片，然后只保留绿色的我想用宏来做这个，但我不能让它工作。我可以打开 .tif，然后将其转换为单独的图像（Image-0001、Image-0002 和 Image-0003）。但后来我想将它们重命名为 blueImage、greenImage 和 redImage。

谷歌搜索让我明白了这一点，但是这个将图像保存为单独的文件并且它给出了一个错误。

我不能让这个工作，任何人可以帮助我吗？

谢谢

我尝试用 Fiji 编写一个非常简单的宏，以便自动合并通道并增强对比度。

使用“增强对比度”，我不知道如何使用宏中亮度和对比度窗口的“自动”按钮。通道 2 比第一个强。

并且使用“应用 LUT”，当我有这行时会发生错误：“必须首先使用图像>调整>亮度/对比度或使用图像>调整>阈值定义的阈值级别来更新显示范围。” 我更改了阈值级别，它仍然不起作用...

你能给我什么建议？

我知道这已在其他地方发布，这并不是一个难题，但我对在 FIJI 中编写宏非常陌生，甚至很难理解各种在线资源中描述的解决方案。

我在同一个文件夹中有一系列图像，并希望对它们都应用相同的操作并将生成的 excel 文件和图像保存在输出文件夹中。具体来说，我想打开，平滑图像，进行最大强度 Z 投影，然后将图像阈值设置为相同的相对值。

这个阈值是导致问题的一个步骤。相对值是指我想设置阈值，以便包含相同百分比的强度直方图。目前，在斐济，如果您转到图像>调整>阈值，您可以移动滑块，以便对图像的一定百分比进行阈值处理，它将在打开的窗口中为您显示该值。就我而言，98% 是我想要达到的目标，例如，对除前 2% 的数据之外的所有数据进行阈值处理。

一旦阈值应用于 MIP，我将其转换为二进制并进行粒子分析并保存结果（汇总表、结果、图像叠加。

我的方法是尝试自动化所有步骤/进行批处理，但我一直很难根据网上找到的说明来调整我所写的工作。相反，我只是一个一个地打开目录中的每个图像并应用我编写的宏，然后手动保存结果。显然这是一种乏味的方法，所以任何帮助将不胜感激！

我一直在使用我的简单宏：

我修改了在 ImageJ 留言板上找到的以下宏以批量拆分通道，创建一个名为“OneChannel”的新文件夹并将输出保存在新文件夹中。代码按预期工作：它创建新文件夹，拆分通道，并以新名称保存它们。唯一的问题是它将新文件保存在与原始文件相同的文件夹中，之后我必须手动将它们拖到新创建的文件夹中。我试过弄乱这个，但我不能让它工作。任何输入将不胜感激，我对 Java 很陌生。