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我正在从三个通道 .svs 图像中读取裁剪区域并将作物保存为 .tiff 图像。目前，图像使用单独的 RGB 通道保存。

我以这种方式裁剪图像：

var path = currentFolder + "images" + File.separator + imageName; 
var options = new ImporterOptions(); 
options.setId(path); 
options.setAutoscale(true); 
options.setCrop(true); 
options.setCropRegion(0, new Region(X, Y, deltaX, deltaY)); 
options.setColorMode(ImporterOptions.COLOR_MODE_COMPOSITE); 
var croppedImage= new ImagePlus();
croppedImage= BF.openImagePlus(options); 

print("cropped image class: " + croppedImage.getClass());

给

cropped image class: class [Lij.ImagePlus;

然后我保存图像：

IJ.saveAs(cropedImage, "tif", outputFileName);

我最终得到了三个通道图像。

在此处输入图像描述

我想合并频道。

我发现了两种可能的方法来做到这一点：

http://javadoc.imagej.net/ImageJ1/ij/plugin/RGBStackMerge.html

http://rsb.info.nih.gov/ij/developer/api/ij/ImagePlus.html#flatten--

我试过croppedImage.flatten()并得到：

javax.script.ScriptException: sun.org.mozilla.javascript.internal.EvaluatorException: Java class "[Lij.ImagePlus;" has no public instance field or method named "flatten".

我也尝试导入RGBStackMerge类：

importClass(Packages.ij.plugin.RGBStackMerge);

和做

finalImage = new ImagePlus();
finalImage = RGBStackMerge.mergeChannels(croppedImage, false);
print ("final image class: " + finalImage.getClass() + " length: " + finalImage.length);

但这给出了：

Started svs_to_cropped_tiffs.js at Fri Jan 22 22:58:10 PST 2016 javax.script.ScriptException: sun.org.mozilla.javascript.internal.EcmaError: TypeError: Cannot call method "getClass" of null
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从BF类 javadoc：

static ImagePlus[] openImagePlus(ImporterOptions options)

BF.openImagePlus()返回一个对象数组（在您的输出中表示）。您应该通过访问返回数组的第一个元素来访问您的图像：ImagePlus[LgetClass()croppedImage[0]

您建议的两种方法都应该起作用：

finalImage = croppedImage[0].flatten();

或者

finalImage = RGBStackMerge.mergeChannels(croppedImage[0], false);

您可以在 ImageJ wiki上的脚本工具箱页面上找到如何使用 Bio-Formats 打开图像的示例。

于 2016-01-24T10:19:46.743 回答