问题标签 [graph-tool]

我已经通过 Mac Ports 安装了图形工具。几天前，我跑了

Graph-tool 是重新编译的（大约需要 30 小时（！））现在，当我想在 python 中包含 graph-tool 时，我收到以下错误：

我用“port installed | grep boost”测试了 boost 包的版本和变体： 结果：

对于 graph-tool 本身，“port installed | grep graph-tool”的结果是：

这是当我检查错误消息中出现的库链接到哪些库时的结果：

有人有想法吗？

谢谢，

托马斯

我似乎无法在图形工具的文档中找到 vertex_shape 的可能值列表，也找不到为此类事物设置属性映射的适当方法，或者是否有使用自定义形状的方法。

这是我的直觉：

有人知道这样的清单吗？图形工具完成编译后，我将检查属性映射是否有效... =c）

python的图形工具正在切断我的边缘，我似乎无法修复它，无论我破解多少......帮助！更改输出大小没有任何作用。

此外，我的边缘文本看起来像垃圾。有什么建议么？

我正在为 python 使用图形工具，这是一个实现 boost 的库。我需要仅使用具有 edge_property 的边进行深度优先搜索：

所以，我正在使用

使用此 DFSVisitor：

似乎我应该在检查边缘定义中进行某种检查，但我无法找到解释它的文档。我在 tree_edge def 中进行了检查，它成功过滤了所有 rel_need=true 边，但它不会改变遍历。如何制作仅遍历某些边缘而不是所有边缘的 DFSVisitor？

我应该如何在 python 中使用图形工具从邻接矩阵中创建图形？假设我们有adj矩阵作为邻接矩阵。

我现在做的是这样的：

但是感觉不对劲，我们有没有更好的解决方案呢？

（我想一个合适的标签是graph-tool，但我不能添加它，有足够权限的好心人可以制作标签？）

我想对图形数据库中的数据使用一些图形工具功能（比如 neo4j，但任何启用蓝图的图形数据库都会很好，请参阅Tinkerpop项目）。

我知道（并且已经涉足其中一些）py2neo，并且想研究Bulbs作为访问数据库和项目的一种方式，例如pyBlueprints。

我的问题是：如何在不将整个图形导出到 graphML（或现有的图形工具导入格式之一）等的情况下对图形数据库（例如 neo4j）中的数据使用图形工具功能？

我希望它比run query, find a subset of a graph, export, process with graph-tool, put data back into graph

我知道 Blueprints 提供了“到 GraphML 阅读器/编写器”，这是解决方案吗？

假设我们有一个完整的有向图，我们想通过它的距离矩阵计算最小生成树。有没有不涉及图论包的有效算法？这可能是神经网络的应用吗？

我试图在不同的顶点设置文本并绘制​​它们，但我不知道如何制作。我搜索了graph_tool documentaction，但我不知道如何制作它，因为那里的例子很混乱......

我的代码是：

等待任何线索

一旦已经将它们转换为数字格式，如何从 numpy 数组中删除正无穷大数？我正在使用一个在内部使用 numpy 的包，但是在返回某些数组时，某些值作为 1.79769313486e+308 正无穷大数返回。

是否有一种优雅而快速的方法来删除这些（在我的情况下我想要'0'），或者迭代数组是最好的解决方案？

我想知道 graph_tool 中是否有一个内置函数可用于查找从节点 s 到节点 t 的所有最短路径。

如果没有，有什么方法可以使用 shortest_distance() （在模块 graph_tool.topology 中）或 shortest_path() （在模块 graph_tool.topology 中）以某种方式（或任何其他内置函数）来计算所有最短路径只有其中一个，有效（我正在使用一个大约有 50 万个节点的图）。