问题标签 [graph-tool]

我开始使用graph-tool，从 pandas 数据框中导入边列表，df例如：

所以基本上是有向边的列表。我根据教程将它们导入图形工具：

根据 add_edge_list( edge_list ) 的文档： edge_list可能是形状为 (E,2) 的 ndarray，其中 E 是边数，每行指定一个 (source, target) 对。

运行上述代码设置edge_list = df.values，并绘制图形，我得到：

这不是数据帧的原始edge_list的表示。我试图设置*edge_list* = df.values.tolist()：

获得：

这实际上是正确的。任何人都可以重现这个？这里的问题是我正在使用巨大的网络（〜4 * 10 ^ 6节点），我认为该.tolist()方法会在此过程中浪费大量内存。

编辑：添加用于绘制图形的代码：

我创建了一个图表 ( graph1.xml)，并保存在之前的脚本中。我现在已经加载了该图并正在尝试绘制它。当我在 python2.7（在 Ubuntu 上）中键入以下内容时：

我收到一条消息说：

所以图形对象显然包含很多顶点和相当多的边。因此，我继续执行以下代码：

返回消息说：

当我打开运行代码的文件夹时，test-radial1.png确实会出现一个名称为文件的文件，但它似乎只显示了一些顶点：

为什么会这样？

我有一个有向图，我试图找到前 k 个最短路径。目前我已经在图形工具中实现了网络，它提供了最短路径算法，但据我所知没有 k 最短路径算法。我遇到过这篇文章（使用 graph_tool 的所有最短路径），但我毕竟不是连接两个节点的路径。

NetworkX 似乎为此实现了一个功能（https://networkx.readthedocs.org/en/stable/reference/generated/networkx.algorithms.shortest_paths.generic.all_shortest_paths.html?highlight=all_shortest_paths）。有没有办法在图形工具中以某种方式做到这一点，或者我最好切换工具箱并使用 NetworkX？

我目前正在使用模块（图形工具）的当前版本（v1.12）。然而，目前正在开发的版本（v1.13）也可以通过 Git 获得，其中包含一些在发布版本中未实现的功能。我想使用这些功能，但由于我不知道它运行的稳定性如何，我不确定是否要覆盖当前安装的版本。据我所知，开发版本必须从源代码编译。我知道一旦我编译它并将它安装在我的硬盘驱动器上，我可以以不同的名称将它导入 python，但是如何在不覆盖旧版本文件的情况下编译它？我正在使用 Ubuntu 14.04。

我已经从 Git ( https://git.skewed.de/count0/graph-tool ) 下载了 graph-tool v1.13。该INSTALL文件指示我./configure在源代码目录中运行，但该configure文件不存在。我需要做什么来安装它？

编辑：如果我autoconf在目录中运行，我会收到以下消息：

我不完全确定如何处理这些消息或者它们是否是预期的行为，但如果我运行由此创建的configure文件，它会返回以下错误：

我目前正在从 Git 版本编译 graph-tool v1.13。我已经设法从中生成configure文件，autogen.sh但现在遇到了麻烦。

运行./configure我收到消息：

我已经检查gcc -v并g++ -v收到了回复gcc version 4.9.3 (Ubuntu 4.9.3-8ubuntu2~14.04)。据我所知，这应该支持 C++14，那么我哪里出错了？我正在运行 Ubuntu 14.04。

我目前正在从源代码编译 v1.13 dev。我已经使用autogen.sh. 我现在正在使用该命令运行配置脚本，./configure --enable-openmp CXX='g++-5'但这会返回错误configure: error: No usable boost::iostreams found。我不记得在编译 v1.12 时遇到过这个错误，但也许我只是不记得了。我检查了使用 Anaconda 安装的 boost 版本，它告诉我它是最新的，所以我认为我可能只需将脚本指向正确的位置，但还没有找到适合我在线的解决方案。我在这里可能做错了什么？

这似乎是 config.log 中的相关条目：

编辑：重新安装 boost usingapt-get install libboost-all-dev意味着我可以运行 configure 但现在我收到以下警告：

我试图在我的有向图中找到两个节点之间的 k 个最短路径。为此，我运行以下代码片段：

这将返回以下错误：

关于为什么会出现这种情况以及如何解决问题的任何想法？

所以我花了一整天的时间试图找出解决方案。我正在尝试在具有 14.04 操作系统的机器上安装图形工具。最初我无法成功，因为我的机器上没有 gcc 5。安装后，我正在尝试以下操作：

我收到以下错误：

我在 graph-tool 或 stackoverflow 的邮件列表中看不到有关此问题的解决方案。如果有人可以帮助我，我将不胜感激。

提前致谢。

我正在尝试在具有 4GB RAM 的笔记本电脑上安装图形工具。我意识到 RAM 不够用，因此我使用此处给出的说明创建了一个 4GB 大小的交换文件。但是，之后我仍然不断收到以下错误sudo make：

我无法理解这个问题。我需要告诉系统使用交换文件中的内存的任何特定方式吗？

提前致谢。