问题标签 [graph-tool]

到目前为止，我一直在将 networkx 用于我所有的网络图形应用程序；但是，这个新项目需要图形中包含 10^8 个节点的图形，并且 networkx 并不是为了处理这个数量的节点而构建的（它变得非常慢），所以我切换到了图形工具，它看起来会快得多。

在使用图形工具时，我想用用户定义的系统标签来标记图中的每个顶点；这样我就可以通过标签而不是索引来查找它们。我已经尝试过查看文档，但似乎对此没有任何支持；属性映射映射来自 vertex_indices -> values，但我想要相反。

我缺少对此的实际支持吗？否则，我最好的选择只是创建一个 python 字典并将标签映射到 vertex_indices 吗？

我目前正在安装 graph-tool-2.2。根据安装的描述，我先运行Linux命令行：

并成功配置。然后当我输入：

它已经运行了几个小时，而且似乎根本没有停下来。我很好奇“制作”通常需要多长时间，以及如何解决问题。

这是我用于绘图的基本脚本：

这里的主要问题是丑陋的边缘文本和离父节点太近的顶点。据我了解，这是因为默认情况下fit_view=True，结果图像会缩放以适合大小。当我设置fit_view=False结果图像时没有图表（我只看到一小块）。

也许我需要另一个输出大小fit_view=False或一些额外的步骤？

我有一个使用图形工具生成的过滤图形GraphView()。

原始图g有 10,069 个顶点，而结果图有 9,197 个。但是，使用新的（过滤的）图表，当我使用 列出入度时indeg = g.degree_property_map("in")，in 中的元素总数list(indeg.a)仍然是 10,069。这在绘制具有 9,197 个节点的新过滤图时会出现问题，其中顶点大小设置为 的函数indeg，主要是因为元素数量不匹配。

代码片段看起来像这样

运行时，给出以下ValueError

为GraphView对象添加预期样式的正确方法是什么？

你好堆栈社区！

我不确定我的问题是与图形工具相关还是与 gtk 相关，但可能两者兼而有之。此外，很抱歉，如果我在尝试解决它时所做的事情是愚蠢的，我不是受过正规教育的程序员，所以我知道的和谷歌所能找到的和理解的一样多。

这是问题所在：在 I 之后brew install graph-tool，启动 python 并尝试import graph_tool.all我得到以下错误：

以前我确信如果import pygtk; pygtk.require('2.0'); import gtk有效，这意味着错误是图形工具问题，但不一定是这种情况，因为图形工具可能使用 gtk (3??) 和 GObject (对吗？) 和上检查 gtk2 和 pygtk （这个问题让我想到了这个想法）。我尝试重新安装 gtk、GObject 和所有依赖项。擦除所有与 brew 相关的和 brew 本身，然后重新安装所有内容（如此处）。仍然出现同样的错误。我还尝试从 brew 中取消链接并再次链接它以确保，但这也不会改变任何东西。

我还检查了什么：

我正在运行 MAC OS X 版本 10.10.3，自制安装的 python 2.7.10（python --version返回Python 2.7.10是由 brew 安装的；which python指向/usr/local/bin/python）。brew info graph-tool表明它的所有要求都在那里（甚至是可选的）。已安装 GTK 2.24.28、GTK+3 3.16.4、PyGobject 2.28.6、GObject-introspection 2.28.6、Cairo 1.14.2、Py2Cairo 1.10.0、pango 1.36.8、XQuartz 2.7.7 等，它们的依赖项也很好。gi 1.2 已安装（通过 pip），gi.repository 确实不存在。我知道这个问题，但我安装了 PyGObjects。

我也阅读了这个问题和回复，但据我判断，这些都不能解决我的问题。

我花了两天时间寻找解决方案，因此感谢您的帮助。

我正在将 csv 文件中的有向加权图加载到 python 中的图形工具图中。输入 csv 文件的组织结构为：

1,2,300

2,4,432

3,89,1.24

...

其中一行的前两个条目标识边缘的源和目标，第三个数字是边缘的权重。

目前我正在使用：

但是加载数据需要很长时间（我有 1000 万个节点的网络，大约需要 45 分钟）。我试图通过使用 g.add_edge_list 使其更快，但这仅适用于未加权图。有什么建议可以让它更快吗？

我正在尝试在 Mac 上使用 Graph-Tool 2.2.44 通过以下方式使用其函数 graph_tool.draw.graph_draw() 可视化一些网络：

将显示可视化窗口。但是，无论我如何更改参数 output_size，绘图画布的实际大小都保持不变（似乎是默认大小 600*600），这在可视化一些大图时确实很困扰我。

有人知道吗？

非常感谢！

使用 Python 2.7 我尝试导入图形工具：

每次我执行上述命令时，都会返回以下错误并且 Python 崩溃。

dyld：惰性符号绑定失败：找不到符号：__ZN5boost6python6detail11init_moduleEPKcPFvvE 引用自：/usr/local/lib/python2.7/site-packages/graph_tool/libgraph_tool_core.so 预期在：平面命名空间

dyld：找不到符号：__ZN5boost6python6detail11init_moduleEPKcPFvvE 引用自：/usr/local/lib/python2.7/site-packages/graph_tool/libgraph_tool_core.so 预期在：平面命名空间

跟踪/BPT 陷阱：5

我在 Mac OSX 10.10 上安装了带有自制软件的图形工具。有谁知道如何解决这个问题？

我尝试使用自制软件在 Mac OSX 10.10 上安装图形工具。brew 构建过程工作正常，但是当我尝试导入 graph-tool 时，我得到了这个问题中描述的错误。自制软件的另一个问题是我总是为 python2.7 构建图形工具，并将包安装在 Python 2.7 的坐包文件夹中。但我想将它与 Python 3.4 一起使用。这就是我尝试从源代码构建图形工具的原因。

该./configure命令也自动使用 Python 2.7。所以我通过它传递了所需的 Python 版本./configure PYTHON=python3.4

然后它会检测到正确的版本以及相关路径，但会因以下错误而崩溃：

配置：错误：
无法将测试程序链接到 Python。也许主要的 Python 库已经安装在一些非标准的库路径中。如果是这样，通过 LDFLAGS 环境变量将其传递给配置。
示例：./configure LDFLAGS="-L/usr/non-standard-path/python/lib"

==================================================== ===================== 错误！您可能必须为您的发行版安装 Python 包的开发版本。这个包的确切名称因人而异。

==================================================== =====================

无论有无PYTHON变量集，都会发生错误。从./configure我的输出可以看出，除了最后一行，一切正常，它说：

检查python开发环境所有组件的一致性...否

上面这行是什么意思，如何在我的机器上正确安装图形工具？

我通过graph-tool库创建了两个图表：

然后：

如果我想屏蔽g3和g2in ug，怎么办？