python - 从图形工具中的邻接矩阵创建加权图，python 界面

Question

我应该如何在 python 中使用图形工具从邻接矩阵中创建图形？假设我们有adj矩阵作为邻接矩阵。

我现在做的是这样的：

        g = graph_tool.Graph(directed = False)
        g.add_vertex(len(adj))
        edge_weights = g.new_edge_property('double')
        for i in range(adj.shape[0]):
            for j in range(adj.shape[1]):
                if i > j and adj[i,j] != 0:
                    e = g.add_edge(i, j)
                    edge_weights[e] = adj[i,j]

但是感觉不对劲，我们有没有更好的解决方案呢？

（我想一个合适的标签是graph-tool，但我不能添加它，有足够权限的好心人可以制作标签？）

Answer 1

Graph-tool 现在包含一个向图形添加边列表的功能。例如，您现在可以执行以下操作：

import graph_tool as gt
import numpy as np
g = gt.Graph(directed=False)
adj = np.random.randint(0, 2, (100, 100))
g.add_edge_list(np.transpose(adj.nonzero()))

Answer 2

这是 Tiago 对加权图的回答的扩展：

adj = numpy.random.randint(0, 10, (100, 100)) # a random directed graph
idx = adj.nonzero()
weights = adj[idx]
g = Graph()
g.add_edge_list(transpose(idx)))

#add weights as an edge propetyMap
ew = g.new_edge_property("double")
ew.a = weights 
g.ep['edge_weight'] = ew

Answer 3

这应该是对Tiago's answer的评论，但我对此没有足够的声誉。

对于最新版本（2.26），graph_tool我相信那里缺少转置。邻接矩阵的i,j条目表示从顶点j到顶点的边的权重i，所以它应该是

g.add_edge_list(transpose(transpose(adj).nonzero()))