问题标签 [genbank]
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biopython - SeqIO.parse 在 genbank 文件中抛出错误
我正在使用一些 genbank seq 文件并具有以下代码：
虽然它可以运行 seq 文件（包含多个 seq）中的大多数 seq，但我收到以下错误。关于如何解决这个问题的任何想法？
也许删除有问题的序列？它开始记录92126，93145然后抛出错误。
我已经尝试重新下载 seq 文件，但这并不能解决问题。
文件“C:\python38\lib\site-packages\Bio\GenBank\Scanner.py”，第 516 行，在 parse_records 记录 = self.parse(handle, do_features) 文件“C:\python38\lib\site-packages\ Bio\GenBank\Scanner.py”，第 499 行，如果 self.feed(handle, consumer, do_features) 解析：文件“C:\python38\lib\site-packages\Bio\GenBank\Scanner.py”，第 466 行, 在 feed self._feed_header_lines(consumer, self.parse_header()) 文件“C:\python38\lib\site-packages\Bio\GenBank\Scanner.py”中，第 1801 行，在 feed_header_lines previous_value_line =structured_comment_dict[ KeyError: 'Assembly -数据'
python - 修改 Genbank 文件
嗨，我正在尝试在文件中搜索特定的单词列表。如果找到其中一个词，我想在下面添加一个换行符并添加这个短语 \colour = 1（我不想删除我正在搜索的原始词）。
这是我在整个文件中寻找的单词列表之一：
如您所见，extract 包含我正在寻找的短语之一，我想在下面添加一个带有短语的换行符/colour = 1
任何帮助都会很棒！
r - Rentrez 错误：在文件中找不到摘要结果
我正在使用rentrez 包在NCBI 的核核/核苷酸数据库中搜索Stratiomyidae（有机体）COI（基因）序列。但是，即使我知道它们应该在那里，我也没有找到摘要结果。
这是我的代码：
search_COI 对象显示有 1540 条记录与我的搜索匹配。但是 entrez_summary 函数给了我以下错误：
这非常令人沮丧，因为我对不同的苍蝇科（Acroceridae）使用了完全相同的代码并且有 0 个问题。我尝试过使用 retmax 和 version 参数，但这在这些步骤之后的步骤中给我带来了问题。
biopython - 使用 biobython SeqIO 模块编写和保存 GenBank 文件
我想以 genbank 文件格式保护一些 DNA 序列，以包含有关基因、域等的信息。我知道如何创建 SeqRecord 对象并将我想要的所有信息包含在文件中：
我在屏幕上为 SeqRecord 对象打印的内容如下所示，其中似乎包含了所有内容：
但在生成的文件中，缺少有关 SOURCE、ORGANISM 和 Taxonomy 的信息：
谁能帮助我如何在输出文件中包含注释信息？
我发现 GenBank.Record 模块可以包含所有信息，并且在屏幕上看起来非常漂亮，但是没有关于如何将 Record 对象保存到文件的信息......
python - 使用 biopython 从 genbank 文件中获取功能时出现 KeyError
我对 python 很陌生，但我一直在使用它从 genbank 文件中提取基因序列。问题是有时我会得到我想要的输出（将序列打印到文件中），有时它会返回一个关键错误。这取决于我使用的是哪个加入。有谁知道为什么它有时会给出一个关键错误？我认为这可能与基因库记录本身有关，但它们看起来非常相似并且基因在那里（在基因特征限定符中）。EG 适用于 HG738867.1，但不适用于 AP019703.1。这是我的代码 -
这是追溯 -
提前致谢！
biopython - 在两个 gb 文件中搜索匹配的序列
我有两个 Genbank 文件，我正在提取执行以下操作的基因：
这工作得很好，我能够获得我需要的基因的序列、GC 含量和翻译。
第二个 Genbank 文件是一种非常相似的细菌菌株。我的想法是使用新提取的序列：
要搜索第二个 Genbank 文件：
但是，很明显，我收到了一个错误：
我一直试图在 bioPython 指令上找到这些信息，但没有什么与我需要的相似。有没有办法在不运行对齐的情况下做到这一点？
python - 使用python循环遍历目录中的文件
我已经编写了一个 python 函数，它将获取单个 genbank 文件并将核苷酸序列拉出，将其写入原始文件。
然后..
这对单个文件很有用，但我需要弄清楚如何遍历目录中的所有文件并执行此命令。我有一段时间没有使用 python，因此感谢您的帮助。
python - BioSeqIO 无法识别 .gbff 文件
我正在尝试将一堆 .gbff 基因库文件转换为 .gbk 以解析序列等。我得到以下代码来工作并转换单个文件，
但我无法让任何带有“*.gbff”的代码工作。前任。
我不断收到错误“文件”，第 1 行计数 = SeqIO.convert(“ .gbff”，“genbank”，“. gbk”，“genbank”) ^ SyntaxError：无效语法“我已经检查了很多语法有时我想知道 python 是否无法将 .gbff 识别为文件格式。有没有办法解决？还是我没有注意到我正在做的一些愚蠢的错误？
提前致谢！！
r - 如何在R中匹配字符串模式
我正在寻找一个好的库来使用 R 提取 genbank (gbk) 文件的信息。
这是gbk文件的常见结构
所以我想提取与 CDS 相关的信息，比如
对于第一个 CDS 将类似于：
并为其余的 CDS 执行此操作，可能是数千个！
抱歉，我不知道如何在 R 中做到这一点
谢谢