0

我正在尝试将一堆 .gbff 基因库文件转换为 .gbk 以解析序列等。我得到以下代码来工作并转换单个文件，

import Bio
from Bio import SeqIO
count = SeqIO.convert("filename.gbff", "genbank", "filename.gbk", "genbank")

但我无法让任何带有“*.gbff”的代码工作。前任。

from Bio import SeqIO
count = SeqIO.convert("*.gbff", "genbank", "*.gbk", "genbank")

我不断收到错误“文件”，第 1 行计数 = SeqIO.convert(“ .gbff”，“genbank”，“. gbk”，“genbank”) ^ SyntaxError：无效语法“我已经检查了很多语法有时我想知道 python 是否无法将 .gbff 识别为文件格式。有没有办法解决？还是我没有注意到我正在做的一些愚蠢的错误？

提前致谢！！

4

1 回答 1

0

在这里我尝试从如何通过 Biopython SeqIO.convert() 复制目录中的多个文件？



from Bio import SeqIO
import os


for path, dirs, files in os.walk(os.getcwd()):
    
    # print(files)
    for filename in files:
        if filename.split('.')[-1] == 'gbff':
            print(filename)
    
    
            count = SeqIO.convert(filename, "genbank", filename.split('.')[0]+'.gbk', "genbank")

使用 gbff（https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/000/866/645/GCF_000866645.1_ViralMultiSegProj15620/GCF_000866645.1_ViralMultiSegProj15620_genomic.gbff.gz的多个副本）

不确定你说的是同一个.gbff

于 2021-10-27T16:32:23.183 回答