python - 使用python循环遍历目录中的文件

Question

我已经编写了一个 python 函数，它将获取单个 genbank 文件并将核苷酸序列拉出，将其写入原始文件。

from Bio import SeqIO
from Bio.SeqRecord import SeqRecord
_Sequences = []
def func(file):
    for rec in SeqIO.parse(file, "genbank"):
        id = "{}:{}{}".format(rec.id, rec.features[2].location, rec.description)
        sequence = SeqRecord(rec.seq, id=id, description="")
        _Sequences.append(sequence)
    SeqIO.write(_Sequences, file, 'fasta')
    return

然后..

func("file.fasta")

这对单个文件很有用，但我需要弄清楚如何遍历目录中的所有文件并执行此命令。我有一段时间没有使用 python，因此感谢您的帮助。

Answer 1

试试这个：

import glob
 

print(glob.glob('yourDirectory//*.*'))
for filename in glob.glob('yourDirectory//*.*'):
    print(filename)
    # your code here