我正在使用rentrez 包在NCBI 的核核/核苷酸数据库中搜索Stratiomyidae(有机体)COI(基因)序列。但是,即使我知道它们应该在那里,我也没有找到摘要结果。
这是我的代码:
search_COI <- entrez_search(db="nuccore", term="stratiomyidae[ORGN] AND COI", use_history = T)
sum_COI <- entrez_summary(db="nuccore", web_history = search_COI$web_history)
search_COI 对象显示有 1540 条记录与我的搜索匹配。但是 entrez_summary 函数给了我以下错误:
Error: No esummary records found in file
4.
stop("No esummary records found in file", call. = FALSE)
3.
parse_esummary.list(whole_record, v, always_return_list)
2.
parse_esummary(whole_record, v, always_return_list)
1.
entrez_summary(db = "nuccore", web_history = stratiomyidae_search_COI$web_history)
这非常令人沮丧,因为我对不同的苍蝇科(Acroceridae)使用了完全相同的代码并且有 0 个问题。我尝试过使用 retmax 和 version 参数,但这在这些步骤之后的步骤中给我带来了问题。